2018 Fiscal Year Annual Research Report
Risk estimation of pancreatic adenocarcinomas based on epigenome-wide association study
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16H02472
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
金井 弥栄 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (00260315)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山地 太樹 国立研究開発法人国立がん研究センター, 社会と健康研究センター, 室長 (10466203)
新井 恵吏 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (40446547)
伊藤 秀美 愛知県がんセンター(研究所), がん情報・対策研究分野, 分野長 (90393123)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | エピゲノム / エピゲノムワイド関連解析 (EWAS) / 膵がん / DNAメチル化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
先行事業 “難病・がん等の疾患分野の医療の実用化研究事業”で全国の協力施設から収集された血液検体のうち、膵がんを発症した患者142件と性別・年齢階層を一致させた対照276件において、Infinium Human Methylation 450K BeadChipを用いてゲノム網羅的DNAメチル化解析を行った。前年度までに実装した血球成分組成予測パイプラインを用い、各検体の血球成分組成を予測し、予測された血球成分組成に基づいてDNAメチル化率データを補正した。この補正値を用い、多重検定に対する補正後に症例-対照間でDNAメチル化率が有意に異なる46,924CpG部位を同定した。他方では、前年度までに、非膵がん症例手術材料より得られた正常膵組織22検体と浸潤性膵管がん91検体においてInfinium解析を行っていた。正常膵組織と膵がんの間で多重検定に対する補正後DNAメチル化率が有意に異なるのは、100,495CpG部位であった。血液検体と組織検体の双方でDNAメチル化率が異なる (すなわち膵がん組織検体におけるDNAメチル化異常を膵がん発症前の血液検体において検出し得る)CpG部位のうち、そのDNAメチル化異常が遺伝子の発現異常に帰結し得ることが公共データベースの探索で確認されたCpG部位に特に着目している。着目した遺伝子群には、幹細胞性・細胞増殖・細胞接着等に寄与する遺伝子や既知のがん関連遺伝子が多数含まれていた。本知見より、①環境要因・遺伝素因の影響で長年月の間に血球細胞を含む全身の細胞に惹起されたDNAメチル化異常が、末梢膵管上皮においては発がん促進的に作用し、膵がんの発症に至る可能性がある、②末梢膵管上皮において発がん促進的に働くDNAメチル化プロファイルは、発症前から血球細胞にも成立しているので、血液検体のDNAメチル化検査で発がんリスクを診断し得る、と考えられた。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Remarks |
2019年5月、研究室独自ページを開設予定。
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[Journal Article] Genome-wide DNA methylation profile of early-onset endometrial cancer: Its correlation with genetic aberrations and comparison with late-onset endometrial cancer.2019
Author(s)
Makabe T, Arai E, Hirano T, Ito N, Fukamachi Y, Takahashi Y, Hirasawa A, Yamagami W, Susumu N, Aoki D, Kanai Y.
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Journal Title
Carcinogenesis
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] The Japanese Society of Pathology Guidelines on the handling of pathological tissue samples for genomic research: Standard operating procedures based on empirical analyses.2018
Author(s)
Kanai Y, Nishihara H, Miyagi Y, Tsuruyama T, Taguchi K, Katoh H, Takeuchi T, Gotoh M, Kuramoto J, Arai E, Ojima H, Shibuya A, Yoshida T, Akahane T, Kasajima R, Morita KI, Inazawa J, Sasaki T, Fukayama M, Oda Y.
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Journal Title
Pathol Int
Volume: 68
Pages: 63-90
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Epigenome mapping of human normal purified hepatocytes: personal epigenome variation and genome-epigenome correlation.2018
Author(s)
Arai E, Miura F, Totoki Y, Yamashita S, Tian Y, Gotoh M, Ojima H, Nakagawa H, Takahashi Y, Nakamura H, Hama N, Kato M, Kimura H, Suzuki Y, Ito T, Shibata T, Kanai Y.
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Journal Title
Epigenomics
Volume: 10
Pages: 955-979
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Induction of differentiation of intrahepatic cholangiocarcinoma cells to functional hepatocytes using an organoid culture system.2018
Author(s)
Saito Y, Nakaoka T, Muramatsu T, Ojima H, Sukeda A, Sugiyama Y, Uchida R, Furukawa R, Kitahara A, Sato T, Kanai Y, Saito H.
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Journal Title
Sci Rep
Volume: 8
Pages: 2821
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Presentation] Genome-wide DNA methylation analysis during non-alcoholic steatohepatitis-related hepatocarcinogenesis2019
Author(s)
Ying Tian, Eri Arai, Junko Kuramoto, Satomi Makiuchi, Noboru Tsuda, Hidenori Ojima, Yukihiro Fukamachi, Yoriko Takahashi, Nobuyoshi Hiraoka, Teruhiko Yoshida, Yae Kanai
Organizer
11th American Association for Cancer Research-Japanese Cancer Association Joint Conference
Int'l Joint Research
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[Presentation] Genome-wide DNA methylation analysis during nonalcoholic steatohepatitis-related multistage hepatocarcinogenesis: Comparison with hepatitis virus-related carcinogenesis2018
Author(s)
Junko Kuramoto, Eri Arai, Ying Tian, Nobuaki Funahashi, Masaki Hiramoto, Takao Nammo, Yuichi Nozaki, Yoriko Takahashi, Nanako Ito, Ayako Shibuya, Hidenori Ojima, Aoi Sukeda, Yosuke Seki, Kazunori Kasama, Kazuki Yasuda, Yae Kanai
Organizer
American Association for Cancer Research Annual Meeting 2018
Int'l Joint Research
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