2016 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムDNA転写開始活性の数理的構造を用いた制御領域リバースエンジニアリング
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16H02902
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
川路 英哉 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, 開発ユニットリーダー (20525406)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | transcriptome / TSS / promoter / enahncer / epigenetics / nucleosome |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近位・遠位より転写に影響を与えるプロモータ・エンハンサーのサブクラスを始めとする様々な 転写制御領域における転写開始活性の数理的構造抽出のための基盤として、様々な細胞における転写開始活性データの統合を実施した (Lizio M et al. Nucleic Acids Res. 45:D737-D743, 2017)。このデータを用い、公開されているエピジェネティクス・データの一部との統合解析を予備検討として実施した。またこれと並行して、国際会議への参加等を通じ、転写開始活性とその解析法に関する基礎検討を実施した。転写開始・転写制御の構造的基盤を明らかにする高解像度ヌクレオソームプロファイルについては、これを取得する準備作業を実施した。本研究においてはプロモータ領域のみでなくエンハンサー領域をも視野に入れているが、エンハンサー活性は一般的に発現が低く測定が難しいことが知られている。そこで、これの精密な測定が期待される細胞を選定した。その上で、細胞の準備を行うと共に、次世代シーケンサーによって高解像度ヌクレオソームプロファイルを得る実験準備を行った。
今後は、高解像度ヌクレオソームプロファイルのデータ処理を実施すると共に、これの処理法の検討を実施する。その上で、予備検討において試みた転写開始活性との統合解析を本データへ適用する。数理構造抽出に関する新たなアプローチも模索すると共に、上記を補完する実験データ取得も検討する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
近位・遠位より転写に影響を与えるプロモータ・エンハンサーのサブクラスを始めとする様々な 転写制御領域における転写開始活性の数理的構造抽出のための基盤として、様々な細胞における転写開始活性データの統合を実施した (Lizio M et al. Nucleic Acids Res. 45:D737-D743, 2017)。このデータを用い、公開されているエピジェネティクス・データの一部との統合解析を予備検討として実施した。またこれと並行して、国際会議への参加等を通じ、転写開始活性とその解析法に関する基礎検討を実施した。転写開始・転写制御の構造的基盤を明らかにする高解像度ヌクレオソームプロファイルについては、これを取得する準備作業を実施した。本研究においてはプロモータ領域のみでなくエンハンサー領域をも視野に入れていることから、一般的に発現が低くて測定の難しいエンハンサー活性について、これの精密な測定結果をも得られるような細胞を選定した。その上で、細胞の準備を行うと共に、次世代シーケンサーによるデータ産出を実施する準備を行った。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、高解像度ヌクレオソームプロファイルのデータ処理を実施すると共に、これの処理法の検討を実施する。その上で、予備検討において試みた転写開始活性との統合解析を本データへ適用する。数理構造抽出に関する新たなアプローチも模索すると共に、上記を補完する実験データ取得も検討する。
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