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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Structural basis of splicing-dependent regulation for synaptogenesis

Research Project

Project/Area Number 16H04749
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

山形 敦史  東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (20463903)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywordsシナプス / 結晶構造解析 / 選択的スプライシング
Outline of Annual Research Achievements

シナプス誘導を有する細胞接着因子であるシナプスオーガナイザーの細胞外ドメイン間のヘテロな複合体形成と選択的スプライシングによる相互作用制御の機構について、結晶構造解析、定量的相互作用解析、さらに培養神経細胞を用いたシナプス誘導解析を組み合わせた解析を行った。まずシナプスオーガナイザー複合体のうちLRRTMとニューレキシンとの複合体について、LRRTM2とそれに特異的に結合するニューレキシンのスプラシングバリアント(-S4バリアント)との複合体の結晶構造を決定した。次に、表面プラズモン共鳴による定量的相互作用解析と、共培養法によるシナプス誘導解析を行った。それらの結果、LRRTM2とニューレキシンはカルシウムイオンを介して相互作用しており、ニューレキシンの選択的スプライシングによるS4ペプチド挿入が相互作用を強く阻害することを明らかにした。また、ヒトに存在する4種のLRRTM(LRRTM1-4)のうち、LRRTM1, LRRTM2のみがニューレキシンと結合しうることを示した。また、同じくシナプスオーガナイザーである IIa型プロテインホスファターゼの一つ PTPδと、それと相互作用するSALMファミリータンパク質であるSALM2, SALM4との複合体のそれぞれの結晶構造を決定した。さらに、表面プラズモン共鳴による定量的相互作用解析と共培養法によるシナプス誘導解析を行った。PTPδとSALMは、二量体を形成したSALMに対して、PTPδが二分子結合した2:2の化学量論比からなる複合体を形成していた。SALMの二量体形成を阻害するような変異を導入したSALMではシナプス形成を誘導できないことから、SALMの二量体形成を軸とする新たなシナプス形成機構が示された。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural insights into leucine-rich repeat-containing synaptic cleft molecules2019

    • Author(s)
      Yamagata Atsushi、Fukai Shuya
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 54 Pages: 68~77

    • DOI

      doi: 10.1016/j.sbi.2019.01.001

  • [Journal Article] Structural basis of guanine nucleotide exchange for Rab11 by SH3BP52019

    • Author(s)
      Goto-Ito Sakurako、Morooka Nobukatsu、Yamagata Atsushi、Sato Yusuke、Sato Ken、Fukai Shuya
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 2 Pages: -

    • DOI

      doi: 10.26508/lsa.201900297

  • [Journal Article] Structural basis of ubiquitin recognition by the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein2019

    • Author(s)
      Takahashi Tomio S、Sato Yusuke、Yamagata Atsushi、Goto-Ito Sakurako、Saijo Masafumi、Fukai Shuya
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 47 Pages: 3784~3794

    • DOI

      doi: 10.1093/nar/gkz081

  • [Journal Article] Structural insights into modulation and selectivity of transsynaptic neurexin?LRRTM interaction2018

    • Author(s)
      Yamagata Atsushi、Goto-Ito Sakurako、Sato Yusuke、Shiroshima Tomoko、Maeda Asami、Watanabe Masahiko、Saitoh Takashi、Maenaka Katsumi、Terada Tohru、Yoshida Tomoyuki、Uemura Takeshi、Fukai Shuya
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-018-06333-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis of epilepsy-related ligand?receptor complex LGI1?ADAM222018

    • Author(s)
      Yamagata Atsushi、Miyazaki Yuri、Yokoi Norihiko、Shigematsu Hideki、Sato Yusuke、Goto-Ito Sakurako、Maeda Asami、Goto Teppei、Sanbo Makoto、Hirabayashi Masumi、Shirouzu Mikako、Fukata Yuko、Fukata Masaki、Fukai Shuya
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: -

    • DOI

      doi: 10.1038/s41467-018-03947-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis of trans-synaptic interactions between PTPδ and SALMs for inducing synapse formation2018

    • Author(s)
      Goto-Ito Sakurako、Yamagata Atsushi、Sato Yusuke、Uemura Takeshi、Shiroshima Tomoko、Maeda Asami、Imai Ayako、Mori Hisashi、Yoshida Tomoyuki、Fukai Shuya
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: -

    • DOI

      doi:10.1038/s41467-017-02417-z

  • [Journal Article] Structural insights into ubiquitin phosphorylation by PINK12018

    • Author(s)
      Okatsu Kei、Sato Yusuke、Yamano Koji、Matsuda Noriyuki、Negishi Lumi、Takahashi Akiko、Yamagata Atsushi、Goto-Ito Sakurako、Mishima Masaki、Ito Yutaka、Oka Toshihiko、Tanaka Keiji、Fukai Shuya
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: -

    • DOI

      doi: 10.1038/s41598-018-28656-8

  • [Journal Article] Structural insights into two distinct binding modules for Lys63-linked polyubiquitin chains in RNF1682018

    • Author(s)
      Takahashi Tomio S.、Hirade Yoshihiro、Toma Aya、Sato Yusuke、Yamagata Atsushi、Goto-Ito Sakurako、Tomita Akiko、Nakada Shinichiro、Fukai Shuya
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: -

    • DOI

      doi: 10.1038/s41467-017-02345-y

  • [Presentation] てんかんの原因となる蛋白質複合体 LGI1-ADAM22 の構造基盤2018

    • Author(s)
      山形敦史、宮崎裕里、深田優子、深田正紀、深井周也
    • Organizer
      第41回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Splicing-dependent regulation of the interaction between PTPδ and postsynaptic organizers2018

    • Author(s)
      山形敦史
    • Organizer
      Workshop on Frontiers in Phosphatase Research and Drug Discovery
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] てんかん関連リガンド-受容体複合体 LGI1-ADAM22 の構造基盤2018

    • Author(s)
      山形敦史、宮崎裕里、重松秀樹、白水美香子、深田優子、深田正紀、深井周也
    • Organizer
      第56回 日本生物物理学会
  • [Remarks] 東京大学定量生命科学研究所先端定量生命科学研究部門 蛋白質複合体解析研究分野

    • URL

      http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/srro/SRROLifeSciDivJp2/Welcome.html

URL: 

Published: 2019-12-27  

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