2016 Fiscal Year Annual Research Report
Pyrosequencing using liver biopsy specimens for evaluating pathogenesis of cholestatic liver diseases.
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16H05283
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| Research Institution | Yamagata University |
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Principal Investigator |
上野 義之 山形大学, 医学部, 教授 (70282126)
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2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 胆汁うっ滞性肝疾患 / 腸内細菌 / ピロシーケンス / 次世代シーケンサー / 原発性胆汁性胆管炎 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
胆汁うっ滞性肝疾患の肝病理標本からの16S RNAの測定のための基礎的店頭として、血清よりサンプルを抽出して次世代シーケンサーを用いて腸内細菌由来の外来遺伝した探索を行った。遺伝子調整の手法として超遠心法よりもスピンカラム法がRNAの純度が高いなどの知見を見出し、実際胆汁うっ滞性肝疾患患者の血清から外来最近由来の新規16S RNAを見出した。具体的には、16S rRNA などの外来性遺伝子を含めた抽出のための試料調製には、既に市販のプロトコールが数種確立しており、本研究では申請者らが既に使用経験のあるQIAGEN 社のキットを使用し、主にピロシーケンスのための核酸試料抽出を行った。さらに、調整された核酸資料を基に次世代シーケンサーを用いたピロシーケンスを行った。この方法を応用すれば、肝病理組織より切り出した同一患者の異所性の胆管上皮細胞サンプルにおいても同時に多数検体を解析することが可能であると考えている。今回のピロシーケンス法を用いた解析ではリード長の長さを利点として外来遺伝子の探索、とりわけ相同性探索で有利な点は明らかであると思われる。本年度の技術基盤を形成する研究では、少数例の患者の血清サンプルより比較的珍しい腸内細菌叢由来の遺伝子断片を検出することができた。今後はこの結論が妥当かという点について、肝組織抽出検体を用いて確認するとともに、多数例の患者検体を用いて、適切な疾患コントロールをおきつつ検討を重ねていくことが重要であると思われた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
未だ肝病理検体からの外来遺伝子抽出には至っていないが、血清を用いた基礎検討は順調に推移しており、早番この手法で肝病理検体を用いたアッセイが開始できると見込めるため。
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| Strategy for Future Research Activity |
概ね計画通りに進行しており、格段の研究手法の変更を必要としていないが、患者の病理検体などの使用についての同意取得の手法が変更される可能性も有り、その手続きなどに留意して進めていく。
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Research Products
(1 results)
