2017 Fiscal Year Annual Research Report
機能エレメントと深層学習に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能分類
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16H05879
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| Research Institution | Waseda University |
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Principal Investigator |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | lncRNA / 機能エレメント / トランスポゾン / lncRNA-RNA相互作用 / リボソーム / 深層学習 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ヒトなどの高等生物では，タンパク質に翻訳されずにRNAのまま機能を発揮する長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）が数多く存在していることが示唆されているがその大部分の機能は未解明である．lncRNAの機能エレメントを同定するための研究として，下記の研究を行った．
- リボソーム結合lncRNAの同定と配列解析：網羅的実験データを用いて，リボソームRNAの結合するlncRNAの同定を行うと同時に配列特徴の抽出を行い，その生物学的意義について検討を行った．関連する論文を２報出版した（BMC Genomics. 2018 Dec 31;19(Suppl 10):906, BMC Genomics. 2018 May 29;19(1):414. doi: 10.1186/s12864-018-4765-z.）
- ヒトとマウスの網羅的なlncRNA-RNA相互作用予測を可能とするWebサーバLncRRISearchを公開した(http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch/)
- リピートに結合するRBPの網羅的同定：我々の過去の研究で，lncRNAの組織特異的発現にリピート要素が関連していることを示したが，さらなる機能解析を進めるために，リピートに結合するlncRNAの同定を行った．現在結果を詳細に検討中であり，今年中に論文として出版することを計画している．
- RNA-RNA相互作用ツールRIblastの高度化：p-valueの計算を行う方法の実装を行った．これにより，実験生物学者の利用が促進されることが期待される(J Comput Biol. 2018 Sep;25(9):976-986)
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
m6A, リボソーム結合，タンパク質結合，RNA結合など様々な機能エレメントの同定に向けた情報解析や解析に必要な情報技術の構築を行うことができたため
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに得られた知見を基づいて，lncRNAの機能推定に寄与するデータベースを構築する
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Research Products
(7 results)
