2018 Fiscal Year Annual Research Report
機能エレメントと深層学習に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能分類
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16H05879
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| Research Institution | Waseda University |
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Principal Investigator |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 長鎖ノンコーディングRNA / RNA結合タンパク質 / RNA修飾 / RNA相互作用 / バイオインフォマティクス / トランスポゾン / 深層学習 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
研究代表者グループが開発した高速なRNA-RNA相互作用予測ツールRIblastを用いて，ヒトとマウスの網羅的なRNA-RNA相互作用予測ウェブサーバー／データベースであるLncRRIsearch (http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch/)の開発を行った．LncRRIsearchではRIblastの予測の他，大規模発現情報および局在の情報を統合することにより，効率よく候補の絞り込みが可能となっている [Front. Genet.(2019) doi: 10.3389/fgene.2019.00462]．このデータベースは今後lncRNAの機能エレメントおよび作動エレメントの解析に活用されることが期待される．
lncRNAの機能エレメントの一つであるRNA修飾であるm6A修飾を，MeRIP-seqなどの大規模実験データから統計的に同定する手法であるMoAIMSを開発した[BMC Bioinformatics. 2020 Mar 14;21(1):103. doi: 10.1186/s12859-020-3430-0.]． MoAIMSを用いて，m6A修飾とRNA結合タンパク質との関連性に関する解析を行った（論文投稿中）．
さらに，機能エレメントの一つであるトランスポゾンなどのリピート要素の役割を明らかにするため，リピート要素に結合をするRNA結合タンパク質の網羅的な解析を行った．これにより，リピート要素に結合する可能性があるタンパク質の全貌が明らかになり，今後の機能解析への活用が期待される．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
現在までに，RNA機能エレメントとして，RNA修飾，リピート要素，構造，配列などに関する新しい研究を行い成果を挙げてきた．また，RNA作動エレメントとして，RNA-RNA結合，RNA-タンパク質結合に関する研究も行っている．これらは当初計画した，機能エレメント，作動エレメントをほぼ網羅しており，研究はおおむね順調に進展していると考えられる．深層学習を用いた分類手法についても着実に研究を進めている．
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| Strategy for Future Research Activity |
機能エレメント，作動エレメントにかんする基礎的な研究成果は十分あがっているため，今後はこれらの基礎成果を統合することにより，lncRNAの機能推定・分類システムおよびパイプラインの構築を行う予定である．
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Research Products
(5 results)
