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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Dynamic conformation and domain structure of lipid molecules in model biomembranes

Research Project

Project/Area Number 16H06315
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

村田 道雄  大阪大学, 理学研究科, 教授 (40183652)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 土川 博史  大阪大学, 理学研究科, 助教 (30460992)
花島 慎弥  大阪大学, 理学研究科, 講師 (50373353)
櫻井 香里  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (50447512)
篠田 渉  名古屋大学, 工学研究科, 准教授 (70357193)
Project Period (FY) 2016-05-31 – 2021-03-31
Keywords動的配座 / 脂質二重膜 / ドメイン構造 / スフィンゴミエリン / 脂質ラフト
Outline of Annual Research Achievements

a) ラフト系におけるスフィンゴミエリン(SM)分子の立体: 本年度、重水素標識SMについては、新たな知見を集積することができた。特に、非常に長いアシル鎖を有するSMが指組構造(interdigit構造)を取ることが重水素固体NMRによって求めた脂質運動性から推測することができた。また、従来脂質膜の流動性に対するマーカーとしての性能に問題のあった3位重水素標識コレステロールに代わって、コレステロールの側鎖に標識したものがより高い性能を示すことを明らかにした。昨年度、アシル鎖に特異的に重水素/炭素-13を置換した脂肪酸を化学合成し、リン脂質を調製した。近日中に、この脂肪酸を置換したSMを調製して固体NMRのREDORを測定する予定である。
b) 原子分解能におけるラフト系における脂質分子の分子間相互作用と運動速度: 本年度は、SM の分子内磁気双極子相互作用の測定において、13C-15N結合が検出可能な緩和を誘発することを見出した。一方で、当初予定していた13C観測ではコントロールとして用いる14Nの緩和に対する影響が推定しにくいので、15Nを観測核として用い、15N-13Cと15N-12Cを比較した。僅かながら縦緩和時間に差が認められたが、目的である分子回転速度の見積もりには不十分である可能性があるので、現在、より磁気双極子の大きい水素核との差異を観測するために、部分重水素体を検討している。
c) 膜タンパク質との相互作用における周辺脂質の立体配座: 初年度に引き続き、膜タンパク質と周辺脂質について、バクテリオロドプシン(bR)をモデルタンパク質として用いて 脂質・タンパク質の相互作用解明を進めた。特に、前年度相互作用の差異が明確になった酸性リン脂質と中性リン脂質について、両者の混合膜でbRに対する相互作用解析のために固体31Pおよび2HNMR測定を行った。現在解析を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

二年目は、初年度に調製した同位体標識体を用いた測定に本格的に着手した。体系的に行っている重水素標識SMとコレステロールを用いた実験では、指組構造とコレステロールの運動性について今までにない知見を得ることができた。また、固体NMRによる脂質の動態解析では、脂質分子のナノ秒オーダーの動き(主に軸回転運動)を解析する手法の確立に目途をつけることができた。また、タンパク質-脂質相互作用については、最近開発したNMR手法によってバクテリオロドプシンの会合状態と周辺脂質の関係について得た新知見を検証することができた。全体的に見て、二年目の進捗としては順調であると考えている

Strategy for Future Research Activity

a) ラフト系におけるスフィンゴミエリン(SM)分子の立体: 前年度合成した重水素/炭素-13標識脂肪酸を含むリン脂質を百ミリグラムのオーダーで合成する必要がある。これを用いて、SMのアシル鎖の運動性と配座を分離して観測する固体NMR実験に本格的に着手する予定である。
b) 原子分解能におけるラフト系における脂質分子の分子間相互作用と運動速度: 緩和時間に与える磁気双極子相互作用の寄与が見積もることができれば、SMについて正確な回転相関時間(τc)をもとめることが出来ると思われる。それによって、SM-コレステロール(Cho)相の高いオーダーの分子相互作用を明確にできると考えているので、この目標に向かって標識体のデザインと緩和時間測定を継続する必要がある。また、前年度合成した脂肪酸に加えて、ヘッドグループに13Cや2Hを導入したスフィンゴ脂質を化学合成し、ヘッドグループの違いによる膜物性への影響を調べる必要がある。
c) 膜タンパク質との相互作用における周辺脂質の立体配座:バクテリオロドプシン(bR)に対する周辺脂質としてのフォスファチジルコリンやフォスファチジルグリセロールの性状については解明が進んできた。次年度以降は、より細胞生理の上で重要なフォスファチジルセリン(eat me シグナル)などを対象にして、脂質のヘッドグループと膜タンパク質の相互作用をより詳細に解明する必要がある。

  • Research Products

    (17 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Abo Akademi University(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      Abo Akademi University
  • [Int'l Joint Research] Stony Brook University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Stony Brook University
  • [Journal Article] Sterol-recognition ability and membrane-disrupting activity of Ornithogalum saponin OSW-1 and usual 3- O -glycosyl saponins2017

    • Author(s)
      Malabed Raymond、Hanashima Shinya、Murata Michio、Sakurai Kaori
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta

      Volume: 1859 Pages: 2516~2525

    • DOI

      10.1016/j.bbamem.2017.09.019

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Emphatic visualization of sphingomyelin-rich domains by inter-lipid FRET imaging using fluorescent sphingomyelins2017

    • Author(s)
      Kinoshita Masanao、Ano Hikaru、Murata Michio、Shigetomi Kenta、Ikenouchi Junichi、Matsumori Nobuaki
    • Journal Title

      Scientific Report

      Volume: 7 Pages: 16801

    • DOI

      10.1038/s41598-017-16361-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Bilayer Interactions among Unsaturated Phospholipids, Sterols, and Ceramide2017

    • Author(s)
      Slotte J. Peter、Yasuda Tomokazu、Engberg Oskar、Al Sazzad Md. Abdullah、Hautala Victor、Nyholm Thomas K.M.、Murata Michio
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 112 Pages: 1673~1681

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2017.03.016

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Raft-based sphingomyelin interactions revealed by new fluorescent sphingomyelin analogs2017

    • Author(s)
      Kinoshita Masanao、Suzuki Kenichi G.N.、Matsumori Nobuaki、Takada Misa、Ano Hikaru、Morigaki Kenichi、Abe Mitsuhiro、Makino Asami、Kobayashi Toshihide、Hirosawa Koichiro M.、Fujiwara Takahiro K.、Kusumi Akihiro、Murata Michio
    • Journal Title

      Journal of Cell Biology

      Volume: 216 Pages: 1183~1204

    • DOI

      10.1083/jcb.201607086

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nanosecond pump probe device for time-resolved serial femtosecond crystallography developed at SACLA2017

    • Author(s)
      Kubo Minoru、Nango Eriko、Murata Michio、Neutze Richard、Yabashi Makina、Iwata So, その他18名
    • Journal Title

      Journal of Synchrotron Radiation

      Volume: 24 Pages: 1086~1091

    • DOI

      10.1107/s160057751701030x

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Sterol-dependent membrane activity of steroidal saponin OSW-1 using spectroscopic and microscopic approaches2018

    • Author(s)
      Malabed Raymond、Hanashima Shinya、Murata Michio、Sakurai Kaori
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
  • [Presentation] Analysis of the raft-like nanodomains using sphingomyelin antipode2018

    • Author(s)
      Yano Yo、Hanashima Shinya、Yasuda Tomokazu、Tsuchikawa Hiroshi、Murata Michio、Kinoshita Masanao、Matsumori Nobuaki、Suzuki Kenichi、J. Peter. Slotte、Erwin London
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
  • [Presentation] Cholesterol Interaction with Steroidal Saponins in Bilayer Membrane2018

    • Author(s)
      Hanashima Shinya、Malabed Raymond、Murata Michio
    • Organizer
      ICPAC2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Molecular orientation and conformation of archaeal membrane lipid PGP-Me by solid-state NMR and its interaction with bacteriorhodopsin2018

    • Author(s)
      Yamagami Masaki、Tsuchikawa Hiroshi、Cui Jin、Kawatake Satoshi、Sato Fuminori、Umegawa Yuichi、Murata Michio、Seo Sangjar、Shinoda Wataru
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
  • [Presentation] 固体NMRを用いたメチル分枝フィタノイル脂肪酸を有するリン脂質の特異な膜物性の解析2018

    • Author(s)
      斧拓冶、土川博史、山上正輝、梅川雄一、村田道雄
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
  • [Presentation] 重水素化スフィンゴミエリンのアシル鎖の深度依存的な配座の赤外分光解析とコレステロールの添加効果2018

    • Author(s)
      佐伯直香、土川博史、門司真美、梅川雄一、村田道雄、J. Peter Slotte
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
  • [Presentation] スフィンゴミエリン鏡像体を用いたラフトモデル膜中での脂質間相互作用解析2017

    • Author(s)
      矢野陽、花島慎弥、土川博史、村田道雄、木下祥尚、松森信明、J. Peter Slotte
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第12回年会
  • [Presentation] 同位体標識スフィンゴミエリンの緩和時間測定に基づく脂質分子運動の新しい評価方法の開発2017

    • Author(s)
      木下雄哉、梅川雄一、土川博史、村田道雄
    • Organizer
      第7回CSJ化学フェスタ
  • [Presentation] コレステロール側鎖の重水素標識体の合成とLo/Ld相による運動性変化と分配比の解明2017

    • Author(s)
      井端悠貴、花島慎弥、安田智一、村田道雄
    • Organizer
      第7回CSJ化学フェスタ
  • [Funded Workshop] 生体モデル膜国際セミナー ―化学の目から脂質二重膜と生体膜の学理と新機能を探る―2017

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-02-28  

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