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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Dynamic conformation and domain structure of lipid molecules in model biomembranes

Research Project

Project/Area Number 16H06315
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

村田 道雄  大阪大学, 理学研究科, 教授 (40183652)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 花島 慎弥  大阪大学, 理学研究科, 講師 (50373353)
篠田 渉  名古屋大学, 工学研究科, 准教授 (70357193)
Project Period (FY) 2016-05-31 – 2021-03-31
Keywords脂質二重膜 / 動的配座 / スフィンゴミエリン / 脂質ラフト / ドメイン構造
Outline of Annual Research Achievements

ラフト系における脂質分子の分子間相互作用に関する情報を取得するために、モデル脂質二重膜を用いて代表的ラフト脂質であるスフィンゴミエリン(SM)とコレステロール(Cho)で形成されたナノドメインの性質を調べるために、種々の実験を行った。
まず、蛍光標識SMの天然体と鏡像異性体をそれぞれ合成し、その混合膜を蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)効率を調べることにより、ラフトモデル膜に形成されるSMナノドメインのサイズが5~10ナノメートルであると推定することに成功した(投稿中)。より生体膜に近いモデル膜における相状態を調べるために、外葉がSM、内葉が不飽和リン脂質で構成された非対称膜を調整した。この膜からなるリポソームについて、固体NMRによって外葉と内葉のChoの分配比を推定した。その結果、Choの揺らぎを示すパラメータはラフト相に近いものであったので、このようなモデル膜においてChoが外葉に多く分配している可能性が高い。すなわち、この結果は生体膜においてもChoがある程度外葉に存在する要因として、ドメイン形成が挙げられることを示唆している。
昨年に引き続き、2Hと13Cで標識したSMを化学合成し、ラフト形成中のSMの重要な構造的特徴であるアシル鎖の構造と配向を分析するために、固体NMR(REDOR法)に供した。その結果、アルキル鎖のコンフォメーションを選択的に観察することに成功し、SMのアシル鎖の中心付近にコレステロール(Cho)を含む脂質ラフト型二分子膜の結合は約90%以上のアンチ形コンフォメーションを有し、この部分のゆらぎが低いことが明らかとなった(投稿準備中)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

研究を開始して4年が経過したが、計画した実験はほぼ完了し、十分な成果が得られたと考えている。まだ論文化しなければならい成果が少しあるが、計画した実験ほぼやり終えたので、非対称膜の実験など新たな方向に展開している。
また、当初の研究計画書に記載されていなかった実験方法を試みたところ、意外に良い結果が得られました。また、昨年度の古細菌膜に続いて、メチル分岐炭化水素鎖を有する脂質二重膜の研究として、生理実験などに重用されている人工脂質であるdiphytanoylphospatidylcholine(DPhPC)について解析を行った。その結果、単純なアシル鎖で想定されていた膜表面に垂直な平均配向とは異なり、DPhPCは特定の角度で傾いた平均配向を取ることを明らかにした。このように、この基礎研究は順調に進んでおり、締め切り前に目標を達成できると信じています。また、上記の当初の想定を超えた成果も出ており、これらの成果を踏まえた新たな研究展開を準備している。

Strategy for Future Research Activity

上記のように、大部分の研究課題は当初計画より早く進捗しており、新たな展開にすでに進んでいると考える。実験設備や技術、現在の人材のポテンシャルを最大限活かすためには、次の研究課題を本格的に開始することが最善策であると考え、現在、基盤Sの研究計画最終年度前年度応募を行っている。
新しい展開とは、主に非対称膜を用いた実験に切り替えることである。非対称膜ついては、顕微鏡観察や蛍光実験など比較的少量で実施できる実験が限定的に行われているにすぎず、固体NMRを含めた十ミリグラムスケール試料量と数日間の長い測定時間を必要とする実験は手付かずである。これは、単に既存の実験法をスケールアップすれば解決する問題ではなく、上述のように長時間安定な非対称膜の作製など根本的に解決すべき問題が山積する。これらの点の解決を目指して、上述のようにすでに非対称膜について予備的実験を開始しており、良好な結果を得ている。

  • Research Products

    (22 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results) Presentation (12 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Stony Brook University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Stony Brook University
  • [Int'l Joint Research] Abo Akademi University(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      Abo Akademi University
  • [Journal Article] Interactions of OSW-1 with Lipid Bilayers in Comparison with Digitonin and Soyasaponin.2020

    • Author(s)
      Raymond Malabed, Shinya Hanashima, Michio Murata, Kaori Sakurai
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 36 Pages: 3600-3610

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.9b03957

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cholesterol-induced Conformational Change in the Sphingomyelin Headgroup.2019

    • Author(s)
      Shinya Hanashima, Kazuhiro Murakami, Michihiro Yura, Yo Yano, Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Nobuaki Matsumori, Sangjae Seo, Wataru Shinoda, Michio Murata.
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 117 Pages: 307-318

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.06.019

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Average Conformation of Branched Chain Lipid PGP-Me That Accounts for the Thermal Stability and High-Salinity Resistance of Archaeal Membranes.2019

    • Author(s)
      Masaki Yamagami, Hiroshi Tsuchikawa, Jin Cui, Yuichi Umegawa, Yusuke Miyazaki, Sangjae Seo, Wataru Shinoda, Michio Murata.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 58 Pages: 3869-3879

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00469

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Side-chain deuterated cholesterol as a molecular probe to determine membrane order and cholesterol partitioning.2019

    • Author(s)
      Shinya Hanashima, Yuki Ibata, Hirofumi Watanabe, Tomokazu Yasuda, Hiroshi Tsuchikawa, Michio Murata.
    • Journal Title

      Org. Biomol. Chem.

      Volume: 17 Pages: 8601-8610

    • DOI

      10.1039/c9ob01342c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Amphotericin B-Ergosterol Complex Spans a Lipid Bilayer as a Single-Length Assembly.2019

    • Author(s)
      Tomoya Yamamoto, Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Shinya Hanashima, Nobuaki Matsumori, Kosuke Funahashi, Sangjae Seo, Wataru Shinoda, Michio Murata.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 58 Pages: 5188-5196

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00835

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis of 7,6-Spirocyclic Imine with Butenolide Ring Provides Evidence for the Relative Configuration of Marine Toxin 13-desMe Spirolide C.2019

    • Author(s)
      Kou Minamino, Michio Murata, Hiroshi Tsuchikawa
    • Journal Title

      Org. Lett. 21

      Volume: 21 Pages: 8970-8975

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.9b03373

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Impact of Acyl Chain Mismatch on the Formation and Properties of Sphingomyelin-Cholesterol Domains.2019

    • Author(s)
      Nyholm, Thomas K. M.; Engberg, Oskar; Hautala, Victor; Tsuchikawa, Hiroshi; Lin, Kai-Lan; Murata, Michio; Slotte, J. Peter
    • Journal Title

      Biophys. J.

      Volume: 117 Pages: 1577-1588

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.09.025

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cholesterol effect on the membrane activities of the diosgenyl saponins2020

    • Author(s)
      ONDEVILLA, Joan Candice; HANASHIMA, Shinya; MURATA, Michio
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] リン固体NMRとCD測定を用いたバクテリオロドプシンと周辺脂質の相互作用解析2020

    • Author(s)
      加藤翔,村田道雄
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] Evaluation of lateral interactions between membrane gangliosides and receptor transmembrane segments in lipid bilayers based on semi-quantitative fluorescence analysis2020

    • Author(s)
      NAKANO, Mikito; HANASHIMA, Shinya; HARA, Toshiaki; KABAYAMA, Kazuya; FUKASE, Koichi; MURATA, Michio; ANDO, Hiromune; SUZUKI, Kenichi G. N.; SLOTTE, J. Peter
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] 固体NMRによる脂質二重膜中におけるアンフォテリシンBの会合状態の解明2020

    • Author(s)
      鈴木大河、梅川雄一、村田道雄
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] 位置選択的標識化脂質を用いた固体NMRによる内葉構成リン脂質の膜物性解析2020

    • Author(s)
      向川茜、土川博史、梅川雄一、村田道雄
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] 固体NMRによる脂質二重膜におけるスフィンゴミエリン側鎖の配座・配向解析2020

    • Author(s)
      今井茅希、村田道雄、梅川 雄一
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] 脂質膜上で形成されるラクトシルセラミドの強固なドメインの固体NMR解析2020

    • Author(s)
      松原侑輝、池田竜二、花島慎弥、村田 道雄
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] スフィンゴミエリン蛍光プローブのFRET測定を用いたモデル膜における脂質ナノドメイン構造の解明2020

    • Author(s)
      友田千尋、矢野陽、花島慎弥、村田道雄、London Erwin
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] Evaluation of hydration state of protein-lipid interface by using fluorescence probes2020

    • Author(s)
      KOCHI, Ai; UMEGAWA, Yuichi; MURATA, Michio
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] 重水素標識化脂質を用いた流動相における相分離二重膜の精密 NMR 解析2019

    • Author(s)
      山中 彩菜, 井端 悠貴, 土川 博史, 花島 慎弥, 村田 道雄
    • Organizer
      第9回CSJ化学フェスタ2019
  • [Presentation] 表裏の脂質組成が異なる二重膜リポソームの調製と表裏の秩序化の観測2019

    • Author(s)
      渡辺宏史・矢野陽・花島慎弥・安田智一・村田道雄・Erwin London
    • Organizer
      第9回CSJ化学フェスタ2019
  • [Presentation] 水和脂質膜中での高度不飽和脂肪酸脂質の運動性解析2019

    • Author(s)
      大田英和, 梅川雄一, 花島慎弥, 土川博史, 村田道雄
    • Organizer
      第59回NMR討論会
  • [Remarks] 村田研究室HP

    • URL

      http://www.chem.sci.osaka-u.ac.jp/lab/murata/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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