2017 Fiscal Year Annual Research Report
１分子解像度でＲＮＡ－タンパク質複合体の細胞内分布を一斉計測する新テクノロジー
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16J06287
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
石黒 宗 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特別研究員(DC1)
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2016-04-22 – 2019-03-31
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| Keywords | Single-cell analysis / Synthetic biology / In situ RNA sequencing |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、In situ RNAシーケンシング、一細胞トランスクリプトーム解析、転写型バーコード法を組み合せることにより、一細胞レベルでRNA分子、RNA結合タンパク質との相互作用の同時検出技術を開発することを目的としている。一細胞レベルでのRNA-タンパク質相互作用の計測は、転写後に観察される多様なRNA修飾や細胞内局在の細胞内動態、細胞毎の不均質性の一端を明らかにする可能性を持つ。また、本課題の要素技術の一つである転写型バーコード法は、一細胞レベルで、がん細胞や造血幹細胞等の細胞集団のクローン動態とトランスクリプトームの同時計測を可能にするものであり、In situ RNAシーケンシング法との技術的な親和性が高い。本年度は、miRNA二次構造とRNA結合タンパク質ADARの情報学的解析、複雑度の高い転写型バーコードライブラリーの作成と評価、一細胞トランスクリプトームと転写バーコードの同時計測に関する要素技術の開発と応用を多角的に検討した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
(1) miRNA二次構造とRNA結合タンパク質ADARの情報学的解析を行い、論文発表を行った。(2) 複雑度の高い転写型バーコードライブラリーの作成と評価し、(3) 一細胞トランスクリプトームと転写バーコードの同時計測に成功したため。
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| Strategy for Future Research Activity |
転写されたバーコードmRNA分子は、既存のIn situ RNAシーケンス法によるcDNA合成および蛍光標識プローブが結合できるように設計されている。このため、転写型バーコードを一細胞レベルで空間情報とともに計測できる系へと更に拡張する予定である。
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