2019 Fiscal Year Annual Research Report
Devolopment for highly sensitive and quantitative methods with a facile, fast and low-cost protocol.
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16K07153
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| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
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Principal Investigator |
野村 幸男 公益財団法人がん研究会, 経営管理センター 調達・社会連携部, 総合職 (70714773)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
新井 正美 公益財団法人がん研究会, 有明病院 遺伝子診療部, 部長 (20232027) [Withdrawn]
石塚 直樹 公益財団法人がん研究会, 有明病院 臨床試験部, 副部長 (50392395)
樋野 興夫 順天堂大学, 医学部, 客員教授 (90127910)
小林 敏之 順天堂大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (40260070)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | DNAメチル化 / がん / 高解像度融解曲線解析 / 超高感度定量解析 / リキッドバイオプシー / MLH1 / BRCA1 / SEPT9 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
これまで各種遺伝子プロモーター領域の合成DNAを用いた解析により、目標の0.1%以下をはるかに上回る0.001%前後の感度域において、決定係数0.9以上の定量性のある解析法HiQASP（Highly Quantitative Allele Specific PCR）を開発した。本法は汎用的なリアルタイムPCR機器が使用できることに加え、一般的なバイサルファイト変換キットとPCRキットで解析可能であり煩雑な手技も必要がない。また、PCRからHRM解析までの一連のRunning timeは45分程度である。このように簡便・安価・迅速で超高感度である上に定量性のあることが特徴の、低コストで普及しやすい、これまでにないDNAメチル化解析法を構築した。
実臨床での応用を検証するため倫理審査を経た臨床研究を企画し、SEPT9遺伝子について大腸がんのリキッドバイオプシーを実施した結果、単位血漿あたりのメチル化DNAコピー数の算出が可能であることを示した。多くのリキッドバイオプシーが定性的であることに対し、本法による解析は経時的に数値比較可能な腫瘍マーカー的な用途に使用しうることを示唆する。本結果は、2020年の米国AACRへの演題登録がアクセプトされており、発表を予定している。また、2020年に新たに大腸がん特異的なDNAメチル化マーカーとして報告されたMYOG1遺伝子のDNAメチル化解析系を作成してあり、2020年の日本癌学会へ報告予定である。
本法は、定量性を示すダイナミックレンジが一般のリアルタイムPCR定量に比べ狭いため、その領域において精度の高い解析が可能であるが、逆にこの特徴が欠点にもなるため、ダイナミックレンジを拡大する手法を考案し、実現した。
本法の超高感度性を応用すれば組織内のモザイシズム解析や血漿分離を行わない全血からのリキッドバイオプシーにおいて新たな展開が期待できる。
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