2017 Fiscal Year Research-status Report
沿岸内在性十脚甲殻類の網羅的探索：環境DNAによるモニタリングに向けた基盤形成
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16K07494
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| Research Institution | Natural History Museum and Institute, Chiba |
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Principal Investigator |
駒井 智幸 千葉県立中央博物館, その他部局等, 主任上席研究員 (20260242)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
宮 正樹 千葉県立中央博物館, その他部局等, 生態環境研究部長 (30250137)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | プライマー設計 / 16S rRNA / 新種 / 分類学的再検討 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
十脚目甲殻類の環境DNAの検出に適切なDNA領域を検討した結果、ミトコンドリアDNAの16S rRNA遺伝子領域に適切と考えられる可変領域を発見し、その領域の増幅ためのプライマー（MiDeca）を設計した。組織サンプル使って、このプライマーの有効性をはじめに検証し、その後、水族館における飼育水と環境水ろ過サンプルの一部を用いてさらに検証を進めたところ、十脚類環境DNAの増幅が可能であることが検証された。
三重県津市～志摩市、宮崎県宮崎市～鹿児島県志布志湾、南西諸島北部海域（乗船調査）、沖縄県沖縄本島、八重山諸島西表島・石垣島において野外調査を行い、十脚目甲殻類標本の採集とステリベクスを用いた採水ろ過による環境DNAサンプルの収集を進めた。採集した標本群からDNA抽出用標本を選択し、約350種355個体について抽出を行い，約75種85個体について16S rRNA遺伝子のターゲット領域の配列決定を行った。同時に、対象分類群の分類学的な研究を進めるため、ミトコンドリアDNAのCOI遺伝子のバーコード領域の配列決定を進めた。
テッポウエビ科、スナモグリ科、アナジャコ科、カクレガニ科について、形態学な解析とDNA配列の比較を行い、種同定の決定と分類学的な研究を進め、未記載種の発見や既知種の整理を進めつつある。国内外の査読付きジャーナルに関連の論文を５編公表した。特に、スナモグリ科のNeocallichirus属では8種を確認し、そのうち少なくとも３種は未記載種であることが明らかとなった。カクレガニ科マメガニ属についてはタイプ標本の所在の調査・再検討を行い，新たに採集された標本の種同定を進めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
環境水ろ過サンプルからのDNA抽出がやや遅れている。
環境水中のDNAの増幅の検証までは進んでいるが、次世代シーケンサによるデータ解析にまだ到達していない。
ターゲットとされる16S rRNA遺伝子の配列情報の蓄積が必須であるので、効率的に進める必要がある。また、DNAを抽出したvoucher標本の管理・保存にも時間が大きく割かれている現状がある。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに収集した各種標本からDNAの抽出を進め、ターゲット領域の配列決定を順調に進めてデータの蓄積を速やかに進める。さらに、環境水ろ過サンプルからのDNA抽出も遅滞すること無く、進める。
魚類などとは異なり、十脚目甲殻類の場合、環境水中に存在するDNAの絶対量が少ないという可能性が示唆されている。検出に十分なDNA量を確保るためにはろ過する水の量を増やすなど、試みてみたい。
野外調査を8月まで実施する。調査予定地は房総半島沿岸、土佐湾、九州北部有明海、種子島などである。これまで同様、十脚目甲殻類の標本収集と環境水ろ過サンプルの収集を進める。
次世代シーケンサによるデータ解析を６月中までには実施し、検出性を検証する。
分類学的な面については、結論が出つつある分類群について随時論文の投稿に向けてまとめていく。
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| Causes of Carryover |
旅費を想定より低く抑えることができたことにより、余剰が生じた。次年度の野外調査の旅費に計上して使用する予定である。
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