2018 Fiscal Year Annual Research Report
Inventory of shallow coastal infaunal and cryptic decapod crustaceans: Development of faunal monitoring method using eDNA metabarcoding
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16K07494
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| Research Institution | Natural History Museum and Institute, Chiba |
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Principal Investigator |
駒井 智幸 千葉県立中央博物館, その他部局等, 研究員(移行) (20260242)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
宮 正樹 千葉県立中央博物館, その他部局等, 研究員(移行) (30250137)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 環境DNA / メタバーコーディング / プライマー / 十脚甲殻類 / 生物相 / モニタリング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、十脚目甲殻類を対象として、①種特異的な変異を持つDNAの配列（ターゲット領域）を探索し、そのターゲット領域を増幅することのできるプライマーを開発すること、②開発したプライマーを使ったメタバーコーディングが野外で採集された海水で実際に可能かどうかを検証するである。さらに、より精度の高いモニタリングを可能にするにはデータベースのリファレンス配列の拡充が不可欠である。そのため、新規標本の採集とDNAの抽出～ターゲット領域の配列決定、および分類学的な検討を同時並行的に進めた。
十脚甲殻類の多様性をカバーする幅広い分類群（２亜目10下目）から抽出したDNAを用いて、プライマー（MiDeca）の有効性の検証を進めた。千葉県館山市坂田（沿岸水）および沖縄県久米島（沿岸水、深層水）で採水したサンプルを用いて実験を行った。その結果、千葉県館山市のサンプルからは40種を超える十脚類が検出された。久米島の沿岸水、深層水からもそれぞれ約30種、約35種の十脚類が検出された。隠蔽的な生活型の種も検出されたのは注目される。千葉県館山市のケースでは、沿岸浅海域（水深５m以浅）からは約90種の十脚類が記録されており、その約4割が検出でき、本研究の成果が野外調査と生物相のモニタリングに大きく役立つことが示された。
上記の実験と平行し、野外調査を実施し、環境DNAメタバーコーディングに供する海水サンプルとDNA配列リファレンスデータの蓄積のための標本の収集を進めた。調査地は、千葉県沿岸に加え、沖縄本島北部、種子島、九州南西部、和歌山県南紀地方であった。採水サンプルは冷凍保存され、今後の解析に利用される。採集された標本からはDNAを抽出し、冷凍保存し、逐次、16S rRNA配列のMiDec領域の配列を決定してきた。現時点で700の検体を蓄積し、100種あまりについて新たに配列を決定した。
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