診断治療戦略に向けた遺伝子型別肺腺癌のmicroRNA・mRNA統合発現解析

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 16K08679
• Research Institution: Japanese Foundation for Cancer Research
• Principal Investigator: 稲村 健太郎 公益財団法人がん研究会, がん研究所 病理部, 主任研究員 (40442545)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: マイクロRNA / メッセンジャーRNA / ドライバー遺伝子 / マイクロアレイ / 網羅的遺伝子発現解析 / 肺癌 / 腺癌 / 人体病理学

Outline of Annual Research Achievements

・研究計画に記載の通り、肺腺癌手術検体のmicroRNAおよびmRNAのマイクロアレイによる網羅的遺伝子発現解析を施行している。具体的な実験は下記の通り行った。
microRNAマイクロアレイはSurePrint G3 Human miRNAマイクロアレイ 8×60K Rel.19.0（Agilent）を用い、mRNAマイクロアレイはSurePrint Human GEマイクロアレイキット8×60Kを用いた。
① 肺腺癌手術凍結検体数十例からmicroRNAとmRNAを含むトータルRNAを抽出した（miRNeasy Mini Kit, QIAGEN）。② トータルRNAを定量し、RNAの質をチェックした（2100 Bioanalyzer, Agilent）。③ 上記のmicroRNAマイクロアレイ・mRNAマイクロアレイを用い、マイクロアレイスキャナ(G2565CA, Agilent)でスキャンした。④ Feature Extraction（Agilent）で発現量を数値化し、テキストファイルをGeneSpring（Agilent）にアップロードした。
・今後、合計200例の肺腺癌のmicroRNA・mRNA網羅的遺伝子発現データを得る予定である。
・肺腺癌200例のドライバー遺伝子異常・臨床予後を含む臨床病理学的データベースを作製した。
・肺癌におけるmicroRNA研究の最新の現状を把握するため、肺癌のmicroRNA研究の現状を詳細に調べるとともに、肺癌のmicroRNAに関する総説を2本publishした（Inamura K. Diagnostic and Therapeutic Potential of MicroRNAs in Lung Cancer. Cancers, 2017, 9, 49; http://www.mdpi.com/2072-6694/9/5/49; Inamura K. Major Tumor Suppressor and Oncogenic Non-Coding RNAs: Clinical Relevance in Lung Cancer. Cells, 2017, 6, 12; http://www.mdpi.com/2073-4409/6/2/12; 2本ともオープンアクセスである)。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当初の予定よりはやや少ないが、マイクロアレイによりmicroRNA・mRNAの網羅的遺伝子発現データを肺腺癌数十例から得た。また、解析する予定の肺腺癌約200症例のドライバー遺伝子異常・臨床予後を含む臨床病理学的データベースを作製した。

また肺癌のmicroRNA研究の最新の現状を理解し共有するため、肺癌のmicroRNAに関する総説を2本publishした（Inamura K. Diagnostic and Therapeutic Potential of MicroRNAs in Lung Cancer. Cancers, 2017, 9, 49; http://www.mdpi.com/2072-6694/9/5/49; Inamura K. Major Tumor Suppressor and Oncogenic Non-Coding RNAs: Clinical Relevance in Lung Cancer. Cells, 2017, 6, 12; http://www.mdpi.com/2073-4409/6/2/12; 2本ともオープンアクセスである)。

Strategy for Future Research Activity

当初の予定通り、合計200症例の肺腺癌のmicroRNA・mRNAの網羅的遺伝子発現データを得る。

データ採取後、trainingセットにより遺伝子型の異なる肺腺癌に特徴的なmicroRNAおよびmRNAを抽出し、validationセットにより妥当性の検証を行う。また遺伝子型と組み合わせて、予後を含む臨床病理像と関連する発現プロファイルを抽出する。
① 肺腺癌約200例をtrainingセット（約120例）とvalidationセット（約80例）にランダムにわける。② まず、trainingセット約120例において、異なる遺伝子型（EGFR変異・KRAS変異・ALK融合・RET融合・ROS1融合・いずれの遺伝子異常もない）に特徴的なmicroRNAおよびmRNAをGeneSpringにより抽出する。③ 次に、validationセット約80例においても、trainingセットで抽出されたmicroRNA・mRNAが各遺伝子型に特徴であるかを確認する。④ 遺伝子型と組み合わせたデータ解析により、臨床予後やその他の臨床病理学的所見と関連するmicroRNAおよびmRNAをtrainingセットで抽出し、validationセットにより検証する。microRNAとmRNAを組み合わせたプロファイルも考慮する。

その後には、抽出された遺伝子型に特徴的なmicroRNAとmRNAの相互作用を加味したパスウェイ解析により統合的な分子病理学的解釈を行う予定である。

Causes of Carryover

実験物品費が実験計画想定時より安価であったとともに、共用物品を使用することが可能であった。実験の進捗状況がやや遅れていることも原因のひとつである。

Expenditure Plan for Carryover Budget

次年度以降の実験物品費・論文校正費・論文掲載費・学会発表費に充てる予定である。

Research Products

• [Journal Article] Diagnostic and Therapeutic Potential of MicroRNAs in Lung Cancer. (2017)
  • Author(s): Inamura K.
  • Journal Title: Cancers (Basel) Volume: 9(5) Pages: 49
  • DOI: 10.3390/cancers9050049
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Major Tumor Suppressor and Oncogenic Non-Coding RNAs: Clinical Relevance in Lung Cancer. (2017)
  • Author(s): Inamura K.
  • Journal Title: Cells Volume: 6(2) Pages: 12
  • DOI: 10.3390/cells6020012
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Association of tumor TROP2 expression with prognosis varies among lung cancer subtypes. (2017)
  • Author(s): Inamura K, Yokouchi Y, Kobayashi M, Ninomiya H, Sakakibara R, Subat S, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Shibutani T, Ishikawa Y.
  • Journal Title: Oncotarget Volume: 8(17) Pages: 28725-28735
  • DOI: 10.18632/oncotarget
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Tumor B7-H3 (CD276) expression and smoking history in relation to lung adenocarcinoma prognosis. (2017)
  • Author(s): Inamura K, Yokouchi Y, Kobayashi M, Sakakibara R, Ninomiya H, Subat S, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Shibutani T, Ishikawa Y.
  • Journal Title: Lung Cancer Volume: 103 Pages: 44-51
  • DOI: 10.1016/j.lungcan.2016.11.013
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] EBUS-TBNA as a Promising Method for the Evaluation of Tumor PD-L1 Expression in Lung Cancer. (2017)
  • Author(s): Sakakibara R, Inamura K, Tambo Y, Ninomiya H, Kitazono S, Yanagitani N, Horiike A, Ohyanagi F, Matsuura Y, Nakao M, Mun M, Okumura S, Inase N, Nishio M, Motoi N, Ishikawa Y.
  • Journal Title: Clin Lung Cancer Volume: 18(5) Pages: 527-534.e1
  • DOI: 10.1016/j.cllc.2016.12.002
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A novel fusion of HNRNPA-ALK in inflammatory myofibroblastic tumor of urinary bladder (2017)
  • Author(s): Inamura K, Kobayashi M, Nagano H, Sugiura Y, Ogawa M, Masuda H, Yonese J, Ishikawa Y.
  • Journal Title: Human Pathology Volume: 印刷中 Pages: 印刷中
  • DOI: doi: 10.1016/j.humpath.2017.04.022.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Tumour CD274 (PD-L1) expression and T cells in colorectal cancer. (2017)
  • Author(s): Masugi Y, Nishihara R, Yang J, Mima K, da Silva A, Shi Y, Inamura K, Cao Y, Song M, Nowak JA, Liao X, Nosho K, Chan AT, Giannakis M, Bass AJ, Hodi FS, Freeman GJ, Rodig S, Fuchs CS, Qian ZR, Ogino S.
  • Journal Title: Gut Volume: 印刷中 Pages: 印刷中
  • DOI: doi: 10.1136/gutjnl-2016-311421.
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Association Between Somatostatin Receptor Expression and Clinical Outcomes in Neuroendocrine Tumors. (2016)
  • Author(s): Qian ZR, Li T, Ter-Minassian M, Yang J, Chan JA, Brais LK, Masugi Y, Thiaglingam A, Brooks N, Nishihara R, Bonnemarie M, Masuda A, Inamura K, Kim SA, Mima K, Sukawa Y, Dou R, Lin X, Christiani DC, Schmidlin F, Fuchs CS, Mahmood U, Ogino S, Kulke MH.
  • Journal Title: Pancreas Volume: 45 Pages: 1386-1393
  • DOI: doi: 10.1097/MPA.0000000000000700.
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Thymic oncocytic carcinoid with a markedly elevated level of maximum SUV. (2016)
  • Author(s): Noma D, Inamura K, Mun M, Terauchi T, Matsuura Y, Nakao M, Ninomiya H, Nakagawa K, Masuda M, Okumura S, Ishikawa Y.
  • Journal Title: Pathol Int. Volume: 66 Pages: 593-595
  • DOI: doi: 10.1111/pin.12449.
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Relationship of tumor PD-L1 expression with EGFR wild-type status and poor prognosis in lung adenocarcinoma. (2016)
  • Author(s): Inamura K, Yokouchi Y, Sakakibara R, Kobayashi M, Subat S, Ninomiya H, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Ishikawa Y.
  • Journal Title: Jpn J Clin Oncol. Volume: 46 Pages: 935-941
  • DOI: doi: 10.1093/jjco/hyw087.
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Regular Aspirin Use Associates With Lower Risk of Colorectal Cancers With Low Numbers of Tumor-Infiltrating Lymphocytes. (2016)
  • Author(s): Cao Y, Nishihara R, Qian ZR, Song M, Mima K, Inamura K, Nowak JA, Drew DA, Lochhead P, Nosho K, Morikawa T, Zhang X, Wu K, Wang M, Garrett WS, Giovannucci EL, Fuchs CS, Chan AT, Ogino S.
  • Journal Title: Gastroenterology Volume: 151 Pages: 879-892
  • DOI: doi: 10.1053/j.gastro.2016.07.030.
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Genomic Correlates of Immune-Cell Infiltrates in Colorectal Carcinoma. (2016)
  • Author(s): Giannakis M, Mu XJ, Shukla SA, Qian ZR, Cohen O, Nishihara R, Bahl S, Cao Y, Amin-Mansour A, Yamauchi M, Sukawa Y, Stewart C, Rosenberg M, Mima K, Inamura K, Nosho K, Nowak JA, Lawrence MS, Giovannucci EL, Chan AT, Ng K, Meyerhardt JA, Van Allen EM, Getz G, Gabriel SB, Lander ES, Wu CJ, Fuchs CS, Ogino S, Garraway LA.
  • Journal Title: Cell Rep. Volume: １５ Pages: －
  • DOI: doi: 10.1016/j.celrep.2016.03.075.
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Marine ω-3 Polyunsaturated Fatty Acid Intake and Risk of Colorectal Cancer Characterized by Tumor-Infiltrating T Cells. (2016)
  • Author(s): Song M, Nishihara R, Cao Y, Chun E, Qian ZR, Mima K, Inamura K, Masugi Y, Nowak JA, Nosho K, Wu K, Wang M, Giovannucci E, Garrett WS, Fuchs CS, Ogino S, Chan AT.
  • Journal Title: JAMA Oncol. Volume: 2 Pages: 1197-1206
  • DOI: doi: 10.1001/jamaoncol.2016.0605.
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Body mass index and risk of colorectal cancer according to tumor lymphocytic infiltrate. (2016)
  • Author(s): Hanyuda A, Ogino S, Qian ZR, Nishihara R, Song M, Mima K, Inamura K, Masugi Y, Wu K, Meyerhardt JA, Chan AT, Fuchs CS, Giovannucci EL, Cao Y.
  • Journal Title: Int J Cancer Volume: 139 Pages: 854-868
  • DOI: doi: 10.1002/ijc.30122.
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] 肺癌の新WHO分類. (2016)
  • Author(s): 稲村健太郎, 石川雄一
  • Journal Title: 成人病と生活習慣病 Volume: 46 Pages: 419-426
• [Journal Article] 癌の分子病理学. 病理診断から治療標的探索まで: (第2部) 癌の分子病理学 臓器癌：肺癌. (2016)
  • Author(s): 稲村健太郎, 二宮浩範, 石川雄一
  • Journal Title: 病理と臨床 Volume: 34 (臨時増刊号) Pages: 146-154
• [Presentation] PD-L1 expression in high-grade neuroendocrine carcinoma of the lung. (2016)
  • Author(s): Inamura K.
  • Organizer: 11th Annual Meeting of the Asia-Pacific Societies for Molecular Immunology and 3rd Asia-Australasia Pulmonary Pathology Society Meeting.
  • Place of Presentation: Taipei, Taiwan
  • Year and Date: 2016-12-09 – 2016-12-11
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Tumor B7-H3 (CD276) protein expression, smoking history, and survival in lung adenocarcinoma patients. (2016)
  • Author(s): Inamura K, Yokouchi Y, Kobayashi M, Sakakibara R, Ninomiya H, Subat S, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Shibutani T, Ishikawa Y.
  • Organizer: 17th World conference on lung cancer
  • Place of Presentation: Vienna, Austria
  • Year and Date: 2016-12-04 – 2016-12-07
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Insulinoma-Associated 1 (INSM1) immunohistochemical expression in lung neuroendocrine tumors. (2016)
  • Author(s): Sakakibara R, Inamura K, Ninomiya H, Shigematsu Y, Kakita T, Noma D, Hirata Y, Matsuura Y, Nakao M, Mun M, Nishio M, Okumura S, Ishikawa Y.
  • Organizer: 17th World conference on lung cancer
  • Place of Presentation: Vienna, Austria
  • Year and Date: 2016-12-04 – 2016-12-07
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Skene’s gland adenocarcinoma with intestinal differentiation: a case report and literature review. (2016)
  • Author(s): Muto M, Inamura K, Uehara S, Endo T, Yonese J, Ishikawa Y.
  • Organizer: 第６回 日台合同スライドカンファレンス
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 2016-10-14 – 2016-10-15
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] B7-H3 (CD276) expression, smoking history, and patient survival in lung adenocarcinoma. (2016)
  • Author(s): Inamura K, Kobayashi M, Sakakibara R, Ninomiya H, Subat S, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Ishikawa Y.
  • Organizer: 75th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
  • Place of Presentation: Yokohama
  • Year and Date: 2016-10-06 – 2016-10-08
• [Presentation] Asthma and risk of colorectal cancer according to tumor immunity and molecular subtypes. (2016)
  • Author(s): Li Y, Song M, Nishihara R, Qian ZR, Varraso R, Inamura K, Masugi Y, Giovannucci EL, Wang M, Camargo CA, Fuchs CS, Chan AT, Ogino S, Cao Y.
  • Organizer: AACR Special Conference: Colorectal Cancer: From Initiation to Outcomes
  • Place of Presentation: Tampa, FL, USA
  • Year and Date: 2016-09-17 – 2016-09-20
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Aspirin Use and Risk of Colorectal Cancer According to Tumor Immunity Status. (2016)
  • Author(s): Cao Y, Nishihara R, Qian ZR, Song M, Mima K, Inamura K, Nowak J, Drew D, Lochhead P, Nosho K, Morikawa T, Zhang X, Wu K, Wang M, Garrett WS, Giovannucci E, Fuchs CS, Ogino S, Chan AT.
  • Organizer: Digestive Disease Week
  • Place of Presentation: San Diego, CA, USA
  • Year and Date: 2016-05-22 – 2016-05-24
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] B7-H3 protein expression and patient survival according to smoking status in lung adenocarcinoma (2016)
  • Author(s): 稲村健太郎, 横内友祐, 小林真季, 河内洋, 二宮浩範, ソバティ・ソフィア, 本田小吉, 小坂俊幸, 渋谷朋子, 石川雄一.,
  • Organizer: 第105回日本病理学会総会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 2016-05-12 – 2016-05-14
• [Presentation] Marine ω-3 polyunsaturated fatty acid intake and risk of colorectal cancer according to tumor-infiltrating T cells. (2016)
  • Author(s): Song M, Nishihara R, Cao Y, Chun E, Qian ZR, Mima K, Inamura K, Masugi Y, Nowak J, Nosho K, Wu K, Wang M, Giovannucci E, Garrett WS, Fuchs CS, Ogino S, Chan AT.
  • Organizer: The AACR 107th Annual Meeting 2016
  • Place of Presentation: New Orleans, LA, USA
  • Year and Date: 2016-04-16 – 2016-04-20
  • Int'l Joint Research
• [Remarks] （公財）がん研究会がん研究所病理部
  • URL: http://www.jfcr.or.jp/laboratory/department/pathology/index.html