Development of RT-PCR methods detecting disease-associated antisense RNA

2019 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16K08984
• Research Institution: Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: 山中 康成 国立研究開発法人理化学研究所, 科技ハブ産連本部, 客員主管研究員 (90402859)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: アンチセンスRNA

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、クロマチン関連蛋白質HMGB2 蛋白質と結合するアンチセンスRNA を同定し、アンチセンスRNA と対をなすセンスRNA によってコードされる蛋白質が病態にかかわるヒト疾患を探索し、疾患アンチセンスRNA を同定したのち、疾患アンチセンスRNA の遺伝子発現の調節機能を解析するとともに、疾患アンチセンスRNA 定量の検査試薬を作製し、臨床研究を準備することとした。このうち、クロマチン関連蛋白質HMGB2 蛋白質と結合するアンチセンスRNA の候補を挙げたが、アンチセンスRNA と対をなすセンスRNA によってコードされる蛋白質が、疾患アンチセンスRNA を同定するにはいたらなかった。これは、エピゲノム制御に関わる疾患アンチセンスRNAを同定し、そのRNA定量検査法を開発するため、RNA immunoprecipitation (RIP)を用いたが、HMGB2を認識する複数の抗体を用いた免疫沈降でRNAの収量を得ることができる条件を見出したが、RNAの質が不十分であったため、RNA seq解析にいたらなかったからである。その一方、測定系の開発のため国産プローブを用いて白血病関連遺伝子を定量PCR法で測定したところ、既存の米国のTaqManプローブと同等の感度と特異度を得ることができた（Tsuchiya K, et a l. doi: 10.1371/journal.pone.0202429）。これは、国産技術を用いた研究開発結果であり、日本における遺伝子関連検査の向上に寄与すると期待され、このRNA定量検査法を国際的に展開することを視野に入れることができた。