2018 Fiscal Year Annual Research Report
Genetic and cytogenetic analyses of refractory leukemia with chromothripsis, a new genomic abnormality
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16K10050
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| Research Institution | Research Institute for Clinical Oncology, Saitama Cancer Center |
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Principal Investigator |
川村 眞智子 埼玉県立がんセンター(臨床腫瘍研究所), 病院 血液内科, 副部長 (80450592)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
金子 安比古 埼玉県立がんセンター(臨床腫瘍研究所), 臨床腫瘍研究所, その他 (50373387)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | クロモスリプシス / 白血病 / SNPアレイ / 次世代シークエンス / PNA-FISH |
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| Outline of Annual Research Achievements |
目的：腫瘍の遺伝子異常は多段階的に蓄積するとされていたが、次世代シークエンサー解析により、クロモスリプシス（染色体粉砕：chromothripsis）：一度に１～数本の染色体粉砕が生じ、数十～数千のDNA断片化と再結合によりキメラmRNAや欠失が生じる新たな発がん機構が注目された。chromothripsisは、がんの2～3%、骨腫瘍の25%、Li Fraumeni関連腫瘍の36%に発生する。思春期・若年成人の造血器腫瘍を明らかにしたい。
対象：染色体分析で複雑核型、17p-、dmin (double minutes)をもつAYA世代（12～38歳）の症例。
方法・結果：1) 骨髄標本でchromothripsisの一現象である小核を観察したが一部は鑑別が難しかった。2) SNPアレイ (Affymetrix)で、染色体内の遺伝子増幅や欠失を確認しchromothripsisを抽出した。3) chromothripsisは、テロメア消失と二動原体の同時活性化Breakage Fusion Bridgeが発生機構と考え、Peptide nucleic acid (PNA)-FISH法で動原体を解析した。4) RNA-sequencing、全ゲノムsequencingで、chromothripsisを確認し、T-ALLに新規BCL11B融合遺伝子、二次性AMLにNUP98融合遺伝子、再発ALLからMEF2D、ZNF386融合遺伝子を検出した。
考察：chromothripsis症例は、marker 染色体、dmin、複雑核型、17p欠失と関連があり予後不良であった。NUP98関連AMLとBCL11B関連T-ALLでchromothripsisがあり、MEF2D、ZNF386関連ALLにはなかった。ゲノム損傷修復遺伝子を解析し、chromothripsisはTP53に関連があった。
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[Journal Article] Recurrent CCND3 mutations in MLL-rearranged acute myeloid leukemia.2018
Author(s)
Matsuo H, Yoshida K, Fukumura K, Nakatani K, Noguchi Y, Takasaki S, Noura M, Shiozawa Y, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Okada A, Nannya Y, Takeda J, Ueno H, Shiba N, Yamato G, Handa H, Ono Y, Hiramoto N, Ishikawa T, Kawamura M, Hayashi Y, Mano H, Miyano S, Kamikubo Y, Ogawa S, Adachi S et al.
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Journal Title
Blood Adv
Volume: 13
Pages: 2879-2889
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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