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2016 Fiscal Year Research-status Report

DNAオリガミシートを使った分子デリバリーシステムの構築

Research Project

Project/Area Number 16K14033
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

遠藤 政幸  京都大学, 物質-細胞統合システム拠点, 特定拠点准教授 (70335389)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
KeywordsDNAナノテクノロジー / DNAナノ構造体 / 細胞機能制御 / リポソーム
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、細胞膜を貫通するDNA集合体の構築と分子デリバリーへの応用を目指した技術開発を目的とする。現在までに申請者が独自に蓄積してきたDNAによるナノテクノロジーの技術を基盤として、DNAによって様々な構造体を設計・機能化し、マイクロメーターサイズにDNA構造体を集合させ、細胞に対して機能制御できる分子システムを開発する。
本年度は、DNA集合体の構築を行うため、その設計を行った。設計はDNAオリガミ法を用いて、DNA構造体に針状構造体を中心に導入することで、脂質二重膜を貫通するDNA集合体を作成し、リポソームと相互作用する系を構築した。マイカ上に作成した脂質二重膜上にDNA構造体を吸着しマイクロメーターサイズの格子構造の形成をAFMによって可視化を行った。一方で、DNA構造体に導入した針状構造体によってリポソームの脂質二重膜を貫通し、リポソーム内部に導入した反応系を動作させる系の構築を行った。作成したDNA構造体をリポソーム加えることで、リポソーム表面に構造体が結合することを蛍光顕微鏡観察によって確認した。針状構造の先端にDNA増幅反応を開始するDNA鎖を導入し、DNA増幅系を導入したリポソーム内部で反応を開始する系を構築した。その結果、針状構造の先端に反応を開始するDNA鎖を導入した構造体をリポソームに加え、表面に結合することで、リポソーム内部のDNA増幅反応を開始できることが分かった。光応答性を持たせたDNA構造体を構築しその反応を検討する。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

針状構造を導入したDNA構造体の構築とリポソームとの相互作用、及びリポソーム内部の導入した反応系の誘導を行える基礎的な系が作成できた。

Strategy for Future Research Activity

次年度は、光反応などの刺激に応答した系の構築と細胞との相互作用と細胞機能の制御の誘導を行える系の構築を行う。

Causes of Carryover

本年度は試験管中でのシステム作りのため、予想より使用金額が少なかった。

Expenditure Plan for Carryover Budget

次年度は細胞実験を予定しているため、残金はすべて使用する。

  • Research Products

    (24 results)

All 2017 2016 Other

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Acknowledgement Compliant: 8 results,  Open Access: 3 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 6 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Confined Space Facilitates G-quadruplex Formation2017

    • Author(s)
      P. Shrestha, S. Jonchhe, T. Emura, K. Hidaka, M. Endo, H. Sugiyama, H. Mao
    • Journal Title

      Nature Nanotechnology

      Volume: 12 Pages: 582-588

    • DOI

      10.1038/nnano.2017.29

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A Photoregulated DNA-Based Rotary System And Direct Observation of Its Rotational Movement2017

    • Author(s)
      Y. Yang, R. Tashiro, Y. Suzuki, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
    • Journal Title

      Chemistry - A European Journal

      Volume: 23 Pages: 3979-3985

    • DOI

      10.1002/chem.201605616

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Programmable formation of catalytic RNA triangles and squares by assembling modular RNA enzymes2017

    • Author(s)
      H. Oi, D. Fujita, Y. Suzuki, H. Sugiyama, M. Endo, S. Matsumura, Y. Ikawa
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 161 Pages: 451-462

    • DOI

      10.1093/jb/mvw093

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Torsional Constraints of DNA Substrates Impact Cas9 Cleavage2016

    • Author(s)
      M. H. Reaz, K. Hidaka, S. J. Sturla, H. Sugiyama, M. Endo
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 138 Pages: 13842-13845

    • DOI

      10.1021/jacs.6b08915

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Triple Helix Formation in a Topologically Controlled DNA Nanosystem2016

    • Author(s)
      Y. Yamagata, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
    • Journal Title

      Chemistry, A European Journal

      Volume: 22 Pages: 5494-5498

    • DOI

      10.1002/chem.201505030

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A light-driven 3D plasmonic nanosystem that translates molecular motion into reversible chiroptical function2016

    • Author(s)
      A. Kuzyk, Y. Yang, X. Duan, S. Stoll, A. O. Govorov, H. Sugiyama, M. Endo, N. Liu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 7 Pages: 10591

    • DOI

      10.1038/ncomms10591

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mechanical Properties of DNA Origami Nanoassemblies are Determined by Holliday Junction Mechanophores2016

    • Author(s)
      P. Shrestha, T. Emura, D. Koirala, K. Hidaka, W. Maximuck, M. Endo, H. Sugiyama, H. Mao
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 44 Pages: 6574-6582

    • DOI

      10.1093/nar/gkw610

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Examining cooperative binding of Sox2 on DC5 regulatory element upon complex formation with Pax6 through excess electron transfer assay2016

    • Author(s)
      A. Saha, S. Kizaki, D. De, M. Endo, K. K. Kim, H. Sugiyama
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 44 Pages: e125

    • DOI

      10.1093/nar/gkw478

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Single-molecule observations of RNA-RNA kissing interactions in a DNA nanostructure2016

    • Author(s)
      Y. Takeuchi, M. Endo, Y. Suzuki, K. Hidaka, G. Durand, E. Dausse, J.-J. Toulmé, H. Sugiyama
    • Journal Title

      Biomaterials Science

      Volume: 4 Pages: 130-135

    • DOI

      10.1039/c5bm00274e

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Self-assembling DNA hydrogel-based delivery of immunoinhibitory nucleic acids to immune cells2016

    • Author(s)
      Y. Nishida, S. Ohtsuki, Y. Araie, Y. Umeki, M. Endo, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, Y. Takahashi, Y. Takakura, M. Nishikawa
    • Journal Title

      Nanomedicine

      Volume: 12 Pages: 123-130

    • DOI

      10.1016/j.nano.2015.08.004

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] DNAオリガミの応用 構造から機能へ2016

    • Author(s)
      遠藤 政幸
    • Journal Title

      現代化学

      Volume: 544 Pages: 40-45

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Chemically controllable nanosystems constructed in the nanostructures2017

    • Author(s)
      Masayuki Endo
    • Organizer
      日本生物物理学会 第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2017-11-27
    • Invited
  • [Presentation] DNA鎖の拘束によるCas9切断への影響2017

    • Author(s)
      Michael H. Reaz, 日高 久美, Shana J. Sturla, 杉山 弘, 遠藤 政幸
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会(2017)
    • Place of Presentation
      慶応大学日吉キャンパス
    • Year and Date
      2017-03-18
  • [Presentation] コンフォメーション変換により化学反応を誘導するDNAナノ構造体の構築2017

    • Author(s)
      鎌田 佑, 竹内 洋祐, 竹中 友洋, 江村 智子, 杉山 弘, 遠藤 政幸
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会(2017)
    • Place of Presentation
      慶応大学日吉キャンパス
    • Year and Date
      2017-03-18
  • [Presentation] Observation of single-molecule behavior in the DNA nanospace2017

    • Author(s)
      Masayuki Endo
    • Organizer
      The 3rd SPIRIT international symposium, Light Opening up Frontier of DNA and Nanocrystal Superstructures
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2017-02-02
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ナノ空間での1分子の振る舞い2017

    • Author(s)
      遠藤 政幸
    • Organizer
      ケミカルバイオロジー Mini-sumposium at KIT
    • Place of Presentation
      京都工芸繊維大学
    • Year and Date
      2017-01-16
    • Invited
  • [Presentation] AFM-based single-molecule imaging of biomolecules and synthetic molecules in the DNA origami nanostructures2016

    • Author(s)
      Masayuki Endo
    • Organizer
      Department of Health Sciences and Technology, ETH Zurich
    • Place of Presentation
      Zurich, Switzerland
    • Year and Date
      2016-09-30
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Direct observation of the duplex formation and dissociation in the G-quadruplex-/i-motif-forming site2016

    • Author(s)
      M. Endo, X. Xing, X. Zhou, T. Emura, K. Hidaka, B. Tuesuwan H. Sugiyama
    • Organizer
      The 43rd International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • Place of Presentation
      Kumamoto University
    • Year and Date
      2016-09-28
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Photoregulated DNA-based rotary nanomachine and direct visualization of the rotational movement2016

    • Author(s)
      Y. Yang, R. Tashiro, Y. Suzuki, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
    • Organizer
      DNA22: The Twentieth International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming
    • Place of Presentation
      udwig-Maximilians-University Munchen, Germany
    • Year and Date
      2016-09-04 – 2016-09-09
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Filling cavities of lipid-bilayer-supported two-dimensional DNA origami arrays2016

    • Author(s)
      Y. Suzuki, H. Sugiyama, M. Endo
    • Organizer
      DNA22: The Twentieth International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming
    • Place of Presentation
      udwig-Maximilians-University Munchen, Germany
    • Year and Date
      2016-09-04 – 2016-09-09
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] High-speed AFM imaging of biomolecules and synthetic molecules in the DNA origami nanostructures2016

    • Author(s)
      Masayuki Endo
    • Organizer
      Department of Chemistry and Biochemistry, Kent State University
    • Place of Presentation
      Kent, OH, USA
    • Year and Date
      2016-07-07
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Photo-controlled mobile DNA nanosystems constructed in the DNA nanostructures2016

    • Author(s)
      Masayuki Endo
    • Organizer
      13th Conference on the Foundations of Nanoscience 2016
    • Place of Presentation
      Snowbird, UT, USA
    • Year and Date
      2016-04-11
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] RNA Technologies (V. A. Erdmann, S. Jurga, J. Barciszewski Eds.) Modified Nucleic Acids in Biology and Medicine Volume 72016

    • Author(s)
      Masayuki Endo
    • Total Pages
      pages 403-427
    • Publisher
      Springer Verlag
  • [Remarks] 京都大学 DNAナノテクノロジー

    • URL

      http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/chembio/top_page_j.html

URL: 

Published: 2018-01-16  

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