2016 Fiscal Year Research-status Report
ウイルスゲノムとヒトゲノムとの相互作用によるガン発症メカニズム解明
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16KT0112
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
吉浦 孝一郎 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (00304931)
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| Project Period (FY) |
2016-07-19 – 2019-03-31
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| Keywords | Huma Papilloma Virus / Capture / L1 / シーケンス / 濃縮 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
目的を １．子宮頸がん検診で得られたパップスメアからヒトパピローマウイルスゲノムの塩基配列決定を行う。 ２．L1タンパクによるHPVの系統分類をおこない，L1タンパクと相関する初期遺伝子型を探索する。 ３．子宮頸がん（上皮内ガン等の初期がん）患者から得られたパップスメアを利用して，がん化組織特異的なウイルスゲノムの integration site の探索を行う。 ４．Exome 解析による高odds比提供発症関連バリアント探索を行う。
の4つに設定した。
本年度は，現有しているパップスメアから抽出したDNA試料（パップスメアDNA）を材料として，公表されている全てのヒトパピローマウイルス塩基配列をもとに（https://pave.niaid.nih.gov/）と子宮頸がん発生に関連すると考えられる遺伝子（PIK3CA，KRAS，CDKN2A，EGFR，TP53，NOTCH1，Myc）を陽性コントロールの意味も含めて設定した。ビオチン標識オリゴヌクレオチドを合成し，オリゴヌクレオチドとパップスメアDNAとの液相ハイブリダイゼーション後に，DNAをcapture/濃縮し，シーケンス決定した。手持ちパップスメアDNAの1/4を使って濃縮し 8sample/tube にて，実験してヒト遺伝子領域depth>200（deduplication後）を達成し，十分に実験が遂行出来ることを確認した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
実験自体は，順調に遂行出来ることを確認した。実験自体が順調に進められることを確認後，他研究のエフォート配分との関係から少々遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
実験遂行は可能である事を確認出来ており，今後は予定まで追いついていけると考えている。
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| Causes of Carryover |
本年度は，濃縮キャプチャー実験が遂行出来るか否かが問題であった。確認にかなりの時間を要したこと，研究エフォート割合の関係から，次のステップまで進めなかった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
濃縮キャプチャー実験が遂行可能であることを確認出来たので，次年度は滞りなく実験遂行が可能と考える。本年度使用できなかった研究費は，必要な試薬等の物品費に使用する予定である。
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Research Products
(9 results)
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[Journal Article] SMCHD1 mutations associated with a rare muscular dystrophy can also cause isolated arhinia and Bosma arhinia microphthalmia syndrome.2017
Author(s)
Shaw ND, Brand H, Kupchinsky ZA, Sato D, Okamoto N, Jacobsen C,Macarthur D, Moore SA, Yoshiura KI, Gusella JF, Marsh JA, Graham JM Jr, Lin AE, Katsanis N, Jones PL, Crowley WF Jr, Davis EE, FitzPatrick DR, Talkowski ME. その他
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Journal Title
Nature Genetics
Volume: 49(2)
Pages: 238-248
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] De novo mutations in SMCHD1 abrogate nasal development.2017
Author(s)
Gordon CT, Xue S, Yigit G, Filali H, Chen K, Rosin N, Yoshiura K-i, Oufadem M, Beck TJ, McGowan R, Teo ASM, Cunningham ML, Sefiani A, Kayserili H, Murphy JM, Chatdokmaiprai C, Hillmer AM, Wattanasirichaigoon D, Lyonnet S, Magdinier F, Javed A, Blewitt ME, Amiel J, Wollnik B, Reversade B.
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Journal Title
Nature Genetics
Volume: 49(2)
Pages: 249-255
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] A significant association between rs8067378 at 17q12 and invasive cervical cancer originally identified by a genome-wide association study in Han Chinese is replicated in a Japanese population.2016
Author(s)
Miura K, Mishima H, Yasunami M, Kaneuchi M, Kitajima M, Abe S, Higashijima A, Fuchi N, Miura S, Yoshiura KI, Masuzaki H.
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Journal Title
J Hum Genet.
Volume: 61(9)
Pages: 793-796
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Clinical and histological findings of autosomal dominant renal-limited disease with LMX1B mutation.2016
Author(s)
Konomoto T, Imamura H, Orita M, Tanaka E, Moritake H, Sato Y, Fujimoto S, Harita Y, Hisano S, Yoshiura KI, Nunoi H.
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Journal Title
Nephrology (Carlton)
Volume: 21(9)
Pages: 765-773
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Expression of Somatostatin Receptor Type 2A and PTEN in Neuroendocrine Neoplasms Is Associated with Tumor Grade but Not with Site of Origin.2016
Author(s)
Wada H, Matsuda K, Akazawa Y, Yamaguchi Y, Miura S, Ueki N, Kinoshita A, Yoshiura K, Kondo H, Ito M, Nagayasu T, Nakashima M.
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Journal Title
Endocr Pathol
Volume: 27(3)
Pages: 179-187
DOI
Peer Reviewed
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