Mechanisms for cancer development based on virus and human genome interaction

2019 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16KT0112
• Research Institution: Nagasaki University
• Principal Investigator: 吉浦 孝一郎 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (00304931)
• Project Period (FY): 2016-07-19 – 2020-03-31
• Keywords: ヒトパピローマウイルス / ウイルスゲノム / 変異 / コピー数 / 子宮頸がん / 長期フォローアップ / 予測因子

Outline of Annual Research Achievements

本研究は，ヒトパピローマウイルス（HPV: human papilloma virus）による子宮頸がん発症過程の解明による予測システムの開発と，その過程への介入による発症予防のための基礎研究を行うことを目標とした。
昨年度までに，10年以上前の研究で収集した子宮がん検診時のパップスメア 325例から抽出したDNAを使用し，オリゴヌクレオチドを用いたキャプチャーによってターゲットDNAを濃縮し，次世代シークエンサーによって，HPVの全ゲノムゲノム情報と対象者のTP53, NOTCH1 などの子宮頸がん関連遺伝子約10遺伝子（ヒト遺伝子）の塩基配列決定を終了した。ウイルスゲノム塩基配列決定によるHPVの型判定とTP53, NOTCH1 などの子宮頸がん関連遺伝子10遺伝子（ヒト遺伝子）の塩基配列決定を終了した。L1領域のみを使ったHPVタイピング法（試料収集時の型判定結果）と，今回の研究で決定した型の一致率や，パップスメア―内のHPVのコピー数の情報を取得していた。
2019年度は，解析対象となった325例の『現在』の子宮頸部異型性等の現状（進展状況とその後10年間の経過）の調査を進めた。長崎大学病院，長崎港メディカルセンター，長崎原爆病院，佐世保総合医療センターの協力をえて，追跡調査が可能な対象者についての情報を取得した。現在，次世代シークエンサーによってえられたHPVゲノムの変異，HPVコピー数，HPV型，L1領域のみを使って判定されたHPV型，対象者10遺伝子の変異といった昨年までに得られたゲノム情報と，10年経過した病状進展との相関・関連を解析中である。データは全て取得済みであるり成果発表に向け，統計計算作業中である。

Research Products

• [Journal Article] Genome analysis of myelodysplastic syndromes among atomic bomb survivors in Nagasaki. (2020)
  • Author(s): Taguchi M, Mishima H, Shiozawa Y, Hayashida C, Kinoshita A, Nannya Y, Makishima H, Horai M, Matsuo M, Sato S, Itonaga H, Kato T, Taniguchi H, Imanishi D, Imaizumi Y, Hata T, Takenaka M, Moriuchi Y, Shiraishi Y, Miyano S, Ogawa S, Yoshiura KI, Miyazaki Y.
  • Journal Title: Haematologica Volume: 105(2) Pages: 358-365
  • DOI: 10.3324/haematol.2019.219386
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Possible mitochondrial dysfunction in a patient with deafness, dystonia, and cerebral hypomyelination (DDCH) due to BCAP31 Mutation. (2020)
  • Author(s): Shimizu K, Oba D, Nambu R, Tanaka M, Oguma E, Murayama K, Ohtake A, Yoshiura KI, Ohashi H.
  • Journal Title: Molecular Genetics and Genomic Medicine Volume: 17 Pages: e1129
  • DOI: 10.1002/mgg3.1129
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A homozygous splice site ROBO1 mutation in a patient with a novel syndrome with combined pituitary hormone deficiency. (2019)
  • Author(s): Dateki S, Watanabe S, Mishima H, Shirakawa T, Morikawa M, Kinoshita E, Yoshiura KI, Moriuchi H.
  • Journal Title: Journal of Human Genetics Volume: 64(4) Pages: 341-346
  • DOI: 10.1038/s10038-019-0566-8
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of a homozygous frameshift variant in RFLNA in a patient with a typical phenotype of spondylocarpotarsal synostosis syndrome. (2019)
  • Author(s): Shimizu H, Watanabe S, Kinoshita A, Mishima H, Nishimura G, Moriuchi H, Yoshiura KI, Dateki S.
  • Journal Title: Journal of Human Genetics Volume: 64(5) Pages: 467-471
  • DOI: 10.1038/s10038-019-0581-9
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Nonsense mutation in CFAP43 causes normal-pressure hydrocephalus with ciliary abnormalities. (2019)
  • Author(s): Morimoto Y, Yoshida S, Kinoshita A, Satoh C, Mishima H, Yamaguchi N, Matsuda K, Sakaguchi M, Tanaka T, Komohara Y, Imamura A, Ozawa H, Nakashima M, Kurotaki N, Kishino T, Yoshiura KI, Ono S.
  • Journal Title: Neurology Volume: 92(20) Pages: e2364-e2374
  • DOI: 10.1212/WNL.0000000000007505
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Identification of a novel CCDC22 mutation in a patient with severe Epstein-Barr virus-associated hemophagocytic lymphohistiocytosis and aggressive natural killer cell leukemia. (2019)
  • Author(s): Yamashita Y, Nishikawa A, Iwahashi Y, Fujimoto M, Sasaki I, Mishima H, Kinoshita A, Hemmi H, Kanazawa N, Ohshima K, Imadome KI, Murata SI, Yoshiura KI, Kaisho T, Sonoki T, Tamura S.
  • Journal Title: International of Hematology Volume: 109(6) Pages: 744-750
  • DOI: 10.1007/s12185-019-02595-0
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of a variant-associated with early-onset diabetes in the intron of INS gene with exome sequencing. (2019)
  • Author(s): Matsuno S, Furuta H, Kosaka K, Doi A, Yorifuji T, Fukuda T, Senmaru T, Uraki S, Matutani N, Furuta M, Mishima H, Iwakura H, Nishi M, Yoshiura K, Fukui M, Akamizu T.
  • Journal Title: Journal of Diabetes Investigation Volume: 10(4) Pages: 947-950
  • DOI: 10.1111/jdi.12974
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Evaluation of Face2Gene using facial images of patients with congenital dysmorphic syndromes recruited in Japan. (2019)
  • Author(s): Mishima H, Suzuki H, Doi M, Miyazaki M, Watanabe S, Matsumoto T, Morifuji K, Moriuchi H, Yoshiura KI, Kondoh T, Kosaki K.
  • Journal Title: Journal of Human Genetics Volume: 64(8) Pages: 789-794
  • DOI: 10.1038/s10038-019-0619-z
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Cystic biliary atresia with paucity of bile ducts and gene mutation in KDM6A: a case report. (2019)
  • Author(s): Masui D, Fukahori S, Mizuochi T, Watanabe Y, Fukui K, Ishii S, Saikusa N, Hashizume N, Higashidate N, Sakamoto S, Takato A, Yoshiura KI, Tanaka Y, Yagi M.
  • Journal Title: Surgical Case Reports Volume: 5(1) Pages: 132-132
  • DOI: 10.1186/s40792-019-0688-4
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] TERT mRNA Expression as a Novel Prognostic Marker in Papillary Thyroid Carcinomas. (2019)
  • Author(s): Tanaka A, Matsuse M, Saenko V, Nakao T, Yamanouchi K, Sakimura C, Yano H, Nishihara E, Hirokawa M, Suzuki K, Miyauchi A, Eguchi S, Yoshiura KI, Yamashita S, Nagayasu T, Mitsutake N.
  • Journal Title: Thyroid Volume: 29(8) Pages: 1105-1114
  • DOI: 10.1089/thy.2018.0695
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Atypical phenotype without fever in a Japanese family with an autosomal dominant transmission of familial Mediterranean fever due to heterozygous MEFV Thr577Asn mutations. (2019)
  • Author(s): Endo Y, Koga T, Nakashima M, Mishima H, Yoshiura KI, Kawakami A.
  • Journal Title: Clinical and Experimental Rheumatology Volume: 37 Suppl 121(6) Pages: 161-162
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Target Capture/Next-Generation Sequencing for Nonsyndromic Cleft Lip and Palate in the Japanese Population (2019)
  • Author(s): Shibano M, Watanabe A, Takano N, Mishima H, Kinoshita A, Yoshiura KI, Shibahara T.
  • Journal Title: The Cleft Palate-Craniofacial Journal Volume: 57(1) Pages: 80-87
  • DOI: 10.1177/1055665619857650
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] KAT6B-related disorder in a patient with a novel frameshift variant (c.3925dup). (2019)
  • Author(s): Hamaguchi Y, Aoki M, Watanabe S, Mishima H, Yoshiura KI, Moriuchi H, Dateki S.
  • Journal Title: Human Genome Variation Volume: 6(4) Pages: 54-54
  • DOI: 10.1038/s41439-019-0085-3
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 重度の成長障害，精神運動発達遅滞を認めたOgden症候群の女児例． (2020)
  • Author(s): 川野奈々江，福島直喜，吉浦孝一郎，井原健二．
  • Organizer: 第42回小児遺伝学会学術集会 （コロナウイルス禍により開催中止）
• [Presentation] A case of CREBBP exon 31 de novo missense mutation presented with insomnia and intellectual disability without Rubinstein-Taybi syndrome phonotype. (2020)
  • Author(s): Yoriko Watanabe, Kaori Fukui K, Koichiro Yoshiura, Yushiro Yamashita.
  • Organizer: 2020 American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) Annual Clinical Genetics Meeting（コロナウイルス禍により開催中止）
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ヒト正常圧水頭症の原因遺伝子 (2019)
  • Author(s): 吉浦 孝一郎，森本芳郎，吉田真太朗，菰原義弘，松田勝也，中島正洋，三嶋博之，木下晃，小野慎治．
  • Organizer: 第4回 放射線災害・医科学研究拠点カンファランス
• [Presentation] Genome Sequence for diagnosis and successive research of genetic disorders． (2019)
  • Author(s): 吉浦孝一郎
  • Organizer: The 13th World Congress of The International Cleft Lip and Palate Foundation
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 当院のIRUD の実績と遺伝カウンセリングの実際． (2019)
  • Author(s): 高尾真未，宮田海香子，松本 正，三嶋博之，三浦清徳，吉浦孝一郎．
  • Organizer: 第26回 出生前から小児期にわたるゲノム医療フォーラム
  • Invited
• [Presentation] IRUDによって原因遺伝子が確定した家族の出生前検査に対する思い． (2019)
  • Author(s): 宮田海香子，松本 正，高尾真未，三嶋博之，三浦清徳，吉浦孝一郎．
  • Organizer: 第26回 出生前から小児期にわたるゲノム医療フォーラム
  • Invited
• [Presentation] 周産期領域における遺伝カウンセリング． (2019)
  • Author(s): 長谷川ゆり，宮田海香子，三浦生子，吉浦孝一郎，三浦清徳．
  • Organizer: 第64回 日本人類遺伝学会
  • Invited
• [Presentation] 乳がん患者における血漿遊離DNA (cfDNA) 濃度と血漿循環腫瘍DNA (ctDNA) の解析． (2019)
  • Author(s): 及川将弘，瀬戸口優美香，榎本康子，久松和史，濱田哲夫，大坪竜太，松本 恵，矢野 洋，永安 武，三嶋博之，木下 晃，吉浦孝一郎．
  • Organizer: 第64回 日本人類遺伝学会
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いた日本全域の家族性地中海熱患者におけるMEFV遺伝子の包括的解析． (2019)
  • Author(s): 古賀智裕，三嶋博之，宮田海香子，三浦清徳，吉浦孝一郎，川上 純．
  • Organizer: 第64回 日本人類遺伝学会
• [Presentation] LARP7遺伝子複合ヘテロ接合体変異によるAlazami症候群の２症例． (2019)
  • Author(s): 伊達木澄人，里 龍晴，渡辺 聡，宮田海香子，近藤達郎，松本 正，吉浦孝一郎，森内浩幸．
  • Organizer: 第64回 日本人類遺伝学会
• [Presentation] 本邦における先天性形態以上症候群患者の顔貌画像を用い他診断補助システムFace2Geneの評価． (2019)
  • Author(s): 三嶋博之，鈴木寿人，近藤達郎，吉浦孝一郎，小崎健次郎．
  • Organizer: 第64回 日本人類遺伝学会
• [Book] 遺伝医学への招待（改訂第6版） (2020)
  • Author(s): （監修）新川 詔夫，（著者）太田 亨，吉浦 孝一郎，三宅 紀子
  • Total Pages: 196
  • Publisher: 南江堂
  • ISBN: 978-4-524-24931-2