Mechanisms for cancer development based on virus and human genome interaction

2019 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 16KT0112
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 特設分野
• Research Field: Complex Systems Disease Theory
• Research Institution: Nagasaki University
• Principal Investigator: YOSHIURA Koh-ichiro 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (00304931)
• Project Period (FY): 2016-07-19 – 2020-03-31
• Keywords: ヒトパピローマウイルス / ウイルスゲノム / 子宮頸がん / 変異 / コピー数 / 長期フォローアップ / 予後予測因子

Outline of Final Research Achievements

We sequenced whole human papilloma virus genome DNA (HPV-WGS) derived from human cervical pap smear test samples. Type classification by HPV-WGS and amplicon typing by L1 accord basically, but HPV not found by amplicon typing sometimes identified by HPV-WGS and mutations are frequently found by HPV-WGS. Virus amount on papa smear is shown to have large variation. Mutations in human gene, PIK3CA，KRAS，CDK N2A，EGFR，TP53，NOTCH1 and MYC, are hardly found, and virus integrations sites are variable and are not common sites.
We are investigating present cervical conditions to stratify patients, progressed or naturally cured, and we will search to find prediction marker for cervical disease prognosis.

Free Research Field

人類遺伝学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究で，子宮検診時に得られる子宮頸部拭い液中のヒトパピローマウイルスの型や量と長期的な子宮頸部病変の予後との関連が明らかにできると期待している。本研究は，経過の報告となったが，10余年の経過とHPV全ゲノム情報との相関解析は，検診時にどこまで検査が必要かといった行政施策に生かせる情報である。
HPV全ゲノム情報でのウイルスの系統分類は，ウイルスL1領域のみを用いた簡易型の分類とほとんど同一で，現在の型判定法は費用対効果の点からは間違っていない。ただし，HPV全ゲノム塩基配列には変異も認められ，これら変異の病状進展に関してのインパクトを明らかにすることが今後の課題である（現在進行中研究）。