2005 Fiscal Year Annual Research Report
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17018018
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
佐藤 矩行 京都大学, 大学院・理学研究科, 教授 (30025481)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
窪川 かおる 東京大学, 海洋研究所, 教授 (30240740)
西駕 秀俊 首都大学東京, 都市教養学部, 助教授 (60131918)
和田 洋 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 助教授 (60303806)
稲葉 一男 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 教授 (80221779)
藤原 滋樹 高知大学, 理学部, 助教授 (40229068)
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| Keywords | 比較ゲノム / 脊椎動物の起源 / 脊索動物の進化 / ナメクジウオ / カタユウレイボヤ / ゲノム解読 / 発生遺伝子 / シンテニー |
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| Research Abstract |
本研究の目的は、脊椎動物の進化をもたらしたゲノム科学的変化を、脊椎動物の姉妹群である脊索動物のホヤやナメクジウオのゲノムを解読し脊椎動物のゲノムと比較することによって明らかにしようとするものである。ホヤゲノムはすでに解読したので、本年度は特に日米の研究グループによる共同研究によってナメクジウオBranchiostoma floridaeドラフトゲノム解読を進めた。アメリカJGIはホールゲノムショットガン法により約550Mbと見積もられているゲノムの11×の配列情報をすでに得た。予想以上にポリモルフィズムが高く、初期のゲノムアッセンブルは5.5Xの二つの繋ぎを示している。また日米の共同で約28万のEST解析を行い、さらに日本側でBACエンドシークエンス10×を終了した。現在、これらの情報を基に、JGIでJAZZによるゲノム配列アッセンブルが進行しつつある。さらに世界的な研究者の共同ネットワークを作り、ナメクジウオ遺伝子の総合的同定作業の展開も進めた。また、もう一方のカタユウレイボヤゲノム解析では、170個のBACクローンを2色FISH法によって染色体上に同定することにより、カタユウレイボヤゲノム配列の約65%を14対の染色体にマップした。そして機能ゲノミクスに向けた新しいbrowserを作り公開した。ここにはゲノム情報、cDNA、EST情報、5'スプライスリーダー情報、マイクロアレイプローブ情報などが含まれる。こうした基盤整備およびその他の研究成果を踏まえ、脊椎動物起原の比較ゲノム科学研究をさらに進める予定である。
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