2006 Fiscal Year Annual Research Report
完全長cDNAライブラリーを利用したトランスクリプトーム解析と技術開発
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17020002
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
菅野 純夫 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
橋本 真一 東京大学, 大学院医学系研究科, 助手 (00313099)
中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
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| Keywords | ゲノム / 発現制御 / バイオテクノロジー / 蛋白質 / 生体分子 |
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| Research Abstract |
現在までに、「比較ゲノム」と連携し、ヒメツリガネゴケ長谷部光泰(基生研)、ゼニゴケとクラミドモナス福澤秀哉(京大)、タテエリベンモウチュウ岩部直之(京大)、ショウジョウバエ相垣敏郎(首都大)、アピコンプレクサ原虫渡辺純一(東大)、メダカ堀寛(名大)等につき、総計で、完全長cDNAライブラリー17種、5'SAGEライブラリー11種類を作製した。一部のライブラリーについては、5'端の配列決定を進め、計10万のデータを得ている。さらに、それ以上のEST配列決定では、小原グループと連携している。
また、5'SAGEライブラリー作製法の効率化し、コスト、時間などをそれぞれ半分以下にし、5'SAGE法に使用するRNAの微量化にも成功(5'側の特異的RNA増幅法により、ngレベルのtotal RNAからライブラリーを作製する。)した。さらに、従来の5'SAGE法は転写開始点から20baseを特定することしか出来なかったが、25baseを特定出来る方法を開発した。
情報解析では、5'SAGEタグ解析システムを作成し、メダカゲノムプロジェクトに利用した。さらに設計が困難であったゲノム領域についてのマイクロアレイオリゴプローブの設計法の開発やMultiplex genomic PCRの設計方法を開発し、ウェブサーバーから公開した。
また、新しい超並列タイプの454シークエンサーによる高効率5'端塩基配列決定の条件決定をした。新型シークエンサーでcDNAを読んだ例は世界的になくこれが初めて試みである。新型の超並列シークエンサーを用いた、安価で高速な転写開始点決定法を確立することは今後のゲノム研究にとって極めて重要である。
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Research Products
(5 results)
