2007 Fiscal Year Annual Research Report
Theileria orientalisゲノム完全解読と機能分子の比較解析
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17208026
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
杉本 千尋 Hokkaido University, 人獣共通感染症リサーチセンター, 教授 (90231373)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
井上 昇 帯広畜産大学, 原虫病研究センター, 准教授 (10271751)
玄 学南 帯広畜産大学, 原虫病研究センター, 教授 (10292096)
服部 正平 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科情報生命科学専攻, 教授 (70175537)
菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBL研究センター, 教授 (80231372)
阿部 貴志 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 助教 (30390628)
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| Keywords | ゲノム / 獣医学 / 微生物 / 感染症 |
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| Research Abstract |
4本の染色体の全塩基配列を確定させ、アノテーションを開始した。ESTをゲノム上にマッピングし、Glimmer, GeneMarkの2種類の遺伝子予測ソフトで染色体上に存在する遺伝子を予測、それに基づいたオートアノテーションを実施した。ついで、各予測領域についてマニュアルでアノテーションを実施した。第一ラウンドで、予測遺伝子(約3,900)についてアノテーションを実施しが、エクソン/イントロン境界領域の不一致、2種類の予測ソフトの結果の不一致が認められたことから、学習セットを組みなおすこととGeneWiseにより他のタイレリアゲノムの遺伝子予測を反映させることにより、再度オートアノテーションとマニュアルによる校正を実施し、遺伝子領域を確定させた。またゲノム構造比較ソフト(ACT)によりTheileria parva, T. annulataとのゲノム構造の比較を行った。その結果、前2者で複数遺伝子コピーが存在する遺伝子がT. orientalisではシングルコピーであること、サブテロメア領域の構造に大きな違いがあることが明らかにできた。
これと並行してTheileria parva, T. annulataとのシンテニー解析により、T. orientalisのシゾント、スポロゾイトに発現する表面抗原遺伝子を同定した。また、相同性解析の結果見出されたT. orientalis赤血球バンド3結合性タンパク質相同遺伝子(TpSCOP)の機能解析を実施し、本分子がリンパ球アクチンに結合すること、またアポトーシス抵抗性に関与することを見出した。
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