2006 Fiscal Year Annual Research Report

DNAコンピユーターを応用したヒト遺伝子発現解析手法に関する研究

Research Project

Project/Area Number	17300095
Research Institution	Tokyo Medical University
Principal Investigator	大屋敷純子東京医科大学, 医学部, 助教授 (20191950)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	高久智生東京医科大学, 医学部, 助手 (20408256) 本多聖子東京医科大学, 医学部, 臨床研究医 (30408257)
Keywords	遺伝子発現解析 / DNAコンピューター / DNAマイクロアレイ
Research Abstract	本研究は初年度にモデル実験系を用いてヒトの遺伝子発現解析を中心に成果を得た。二年目に相当する今年度はヒトサンプルでのDNAコンピューター技術の検証と技術改良を試み、以下の成果を得た。 1)DNAコンピューターを応用した遺伝子発現解析:引き続きウイルス感染症モデルを用い、エンコードからデコードまでの一連の作業はノバスジーンの試作機で行った。平成17年度の遺伝子発現絶対定量ではライゲーション効率によるエンコードの不具合の可能性が除外できなかったため、以下のような技術的な改良を試みた。すなわち、解析目的の遺伝子の配列を有するオリゴヌクレオチドを擬似鋳型として作成し、非感染サンプル(Mock)、感染サンプル、擬似鋳型(ライゲーション効率の対照)の3つの反応系でエンコードを開始する。絶対定量の系では、発現量はamolで表現されるが、、感染サンプルの遺伝子発現量(amol)÷非感染サンプルの遺伝子発現量(amol)で単純に計算した場合より、非感染細胞の遺伝子発現量(amol)÷擬似鋳型の遺伝子発現量(amol)と感染細胞の遺伝子発現量(amol)÷擬似鋳型の遺伝子発現量(amol)でそれぞれ算出して、ライゲーション効率による差の補正を行ったほうが再現性のある結果が得られた。 2)遺伝子解析セット検査としてのDNAコンピューターの有用性の検証:本年度に確立した改良法によりDNACの遺伝子発現解析ツールとしての実用性は検証されたため、現在「DNAコンピューターを応用した遺伝子発現解析法」「感染症診断セット」について特許申請準備中である。また、遺伝子数に関しては100遺伝子までは再現性のある結果が得られている。さらに診断という視点から、この自動化システムを発展させ診断機能(頭脳)を持たせる試みとして研究を展開している。