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2017 Fiscal Year Annual Research Report

複数の機能単位を連動させる分子機能の科学

Research Project

Project/Area Number 17H01184
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

水谷 泰久  大阪大学, 理学研究科, 教授 (60270469)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywordsアロステリー / ラマン分光法 / タンパク質ダイナミクス
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質の機能は、分子内に含まれる複数の機能部位が互いに連動的に働くことによって生み出される。例えば、ガスセンサータンパク質では、ガス分子がタンパク質に結合すると、結合部位に構造変化が生じ、その変化が触媒部位の構造を変化させ酵素活性の制御がなされる。このような複数の機能部位が連動している性質はアロステリーとよばれるもので、そこではタンパク質の構造変化が本質的に重要な役割を果たす。

平成29年度では、酸素依存的なリン酸化酵素Lについて、酸素分子の感知に重要な構造変化を明らかにした。ヘムに結合した酸素分子の脱離に伴うタンパク質の構造ダイナミクスを調べた。野生型と変異体の結果との比較から残基単位でのナノ秒からマイクロ秒にわたる変化の時定数を求めた。得られた時定数は二つのドメインをまたがって近い値を持つこと、ヘムを含むドメインだけでは構造変化の速度が一桁速いことから、二つのドメインが互いに連動することによって構造変化を効率的に伝えていることが示唆された。次に、ドメイン間の連動性がキナーゼタンパク質一般に共通して見られる性質であるかを調べるために、構造モチーフをもつ他のセンサータンパク質とでドメイン交換した人工タンパク質を新たに作製した。酸化還元センサータンパク質のセンサードメインをリン酸化酵素の酵素ドメインと融合したタンパク質では、酸化還元に依存して酵素活性を制御することに成功した。さらに、天然のリン酸化酵素とこの融合タンパク質では、酸素分子の脱着あるいは電子の授受に対して類似の構造変化を示すことを明らかにした。これの成果はタンパク質の連動性に共通した機構があることを示すものである。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

時間分解共鳴ラマン分光装置の性能向上を図り、タンパク質ダイナミクスについてより質の高い時間分解スペクトル測定が可能になった。また、人工タンパク質の作製についてもこれまでに5種の作製にこれまで成功している。共鳴ラマン分光法によるタンパク質の構造解析とキナーゼ活性の定量的計測との組み合わせによって、構造-機能相関の解明が計画通り進んでいる。さらに、理論研究グループとの連携は軌道に乗り、実験データを説明するモデルを構築できつつある。

Strategy for Future Research Activity

「現在までの進捗状況」で述べたとおり、分光装置の整備が完了し、研究は計画通り進んでいるので、研究対象のタンパク質を増やせる状況にある。今後はPASキナーゼタンパク質だけではなく、イオン輸送タンパク質についても研究を広げていく。また、理論研究グループとの連携をより密にし、実験データを統一的に説明するモデルを作っていく。

  • Research Products

    (14 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Tertiary dynamics of human adult hemoglobin fixed in R and T quaternary structures2018

    • Author(s)
      Shanyan Chang , Misao Mizuno , Haruto Ishikawa and Yasuhisa Mizutani
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 20 Pages: 3363-3372

    • DOI

      10.1039/C7CP06287G

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Evolution of a Retinal Chromophore in the Photocycle of Halorhodopsin from Natronobacterium pharaonis2018

    • Author(s)
      Mizuno Misao、Nakajima Ayumi、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. A

      Volume: 122 Pages: 2411~2423

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.7b12332

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Opn5L1 is a retinal receptor that behaves as a reverse and self-regenerating photoreceptor2018

    • Author(s)
      Sato Keita、Yamashita Takahiro、Ohuchi Hideyo、Takeuchi Atsuko、Gotoh Hitoshi、Ono Katsuhiko、Mizuno Misao、Mizutani Yasuhisa、Tomonari Sayuri、Sakai Kazumi、Imamoto Yasushi、Wada Akimori、Shichida Yoshinori
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: 1255

    • DOI

      10.1038/s41467-018-03603-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-Resolved Resonance Raman Spectroscopy and Application to Studies on Ultrafast Protein Dynamics2017

    • Author(s)
      Mizutani Yasuhisa
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 90 Pages: 1344~1371

    • DOI

      10.1246/bcsj.20170218

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ナトリウムイオン結合に伴う光駆動型ナトリウムイオンポンプKR2の構造変化観測2018

    • Author(s)
      大友 章裕、水野 操、井上 圭一、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会
  • [Presentation] 好熱菌由来光駆動プロトンポンプの発色団構造および多量体安定性に膜環境が与える効果2018

    • Author(s)
      塩谷智巳、水野操、塚本卓、須藤雄気、水谷泰久
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会
  • [Presentation] 時間分解共鳴ラマン分光法を研ぐ2018

    • Author(s)
      水谷泰久
    • Organizer
      レーザー学会学術講演会第38回年次大会
    • Invited
  • [Presentation] Subunit-subunit interaction in a light-driven proton pump from a thermophilic bacterium: Effects on hydrogen bond of the chromophore2017

    • Author(s)
      Tomomi Shionoya, Misao Mizuno, Takashi Tsukamoto, Yuki Sudo, and Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      The 6th Asian Spectroscopy Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ナトリウムイオンポンプの発色団構造と光駆動カチオン輸送機構2017

    • Author(s)
      水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      第11回分子科学討論会
  • [Presentation] 光駆動型ナトリウムイオン輸送タンパク質KR2のイオンに依存した立体構造の違い2017

    • Author(s)
      大友 章裕、水野 操、井上 圭一、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      第11回分子科学討論会
  • [Presentation] 好熱菌由来光駆動プロトンポンプTRのタンパク質環境が発色団構造に及ぼす影響2017

    • Author(s)
      塩谷 智巳、水野 操、塚本 卓、須藤 雄気、水谷 泰久
    • Organizer
      第11回分子科学討論会
  • [Presentation] Importance of atomic contacts to propagations in protein: functional compactness2017

    • Author(s)
      Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Time-resolved resonance Raman study on roles of hydrogen bonds in light-driven ion-pumping proteins2017

    • Author(s)
      Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      The 6th Asian Spectroscopy Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 大阪大学 大学院理学研究科 化学専攻 生物物理化学研究室

    • URL

      http://www.chem.sci.osaka-u.ac.jp/lab/mizutani/index-jp.html

URL: 

Published: 2018-12-17  

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