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2019 Fiscal Year Annual Research Report

複数の機能単位を連動させる分子機能の科学

Research Project

Project/Area Number 17H01184
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

水谷 泰久  大阪大学, 理学研究科, 教授 (60270469)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywordsアロステリー / ラマン分光法 / タンパク質ダイナミクス
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質の機能は、分子内に含まれる複数の機能部位が互いに連動的に働くことによって生み出される。例えば、ガスセンサータンパク質では、ガス分子がタンパク質に結合すると、結合部位に構造変化が生じ、その変化が触媒部位の構造を変化させ酵素活性の制御がなされる。このような複数の機能部位が連動している性質はアロステリーとよばれるもので、そこではタンパク質の構造変化が本質的に重要な役割を果たす。
酸素依存的なリン酸化酵素FixLについて、酸素分子の感知に重要な構造変化を明らかにした。ヘムに結合した酸素分子の脱離に伴うタンパク質の構造ダイナミクスを調べ、二つのドメインが互いに連動することによって構造変化を効率的に伝えていることを見いだした。構造モチーフをもつ酸化還元センサータンパク質および光センサータンパク質とでドメイン交換した人工タンパク質を新たに作製して調べ、ドメイン間の連動性がセンサードメインを有するキナーゼタンパク質一般に共通して見られる性質であることを実証した。
光駆動イオン輸送タンパク質について、光受容に伴うイオン輸送に重要な構造変化を明らかにした。これらのタンパク質において、発色団は光受容部位であると同時に、輸送イオンと直接相互作用しイオン移動を駆動する部位である。本研究では、発色団と輸送イオンとの相互作用を、プロトン、塩化物イオン、ナトリウムイオンの3種の輸送タンパク質について比較した結果、発色団の構造変化により生じる電荷密度の変化がイオン移動を生み出すという共通原理があることがわかった。また、発色団とヘリックスの構造変化の連動性を観測し、3種の輸送タンパク質に共通する、発色団がヘリックスの動きを誘起するカップリング機構を明らかにした。
これらの成果は、機能は異なっていても、共通構造をもつタンパク質の連動性に共通した機構があることを示すものである。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (23 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 8 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Allosteric Communication with the Retinal Chromophore upon Ion Binding in a Light-Driven Sodium Ion-Pumping Rhodopsin2020

    • Author(s)
      Akihiro Otomo, Misao Mizuno, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, and Yasuhisa Mizutani
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Pages: 520-529

    • DOI

      https://doi.org/10.1021/acs.biochem.9b01062

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distortion and a Strong Hydrogen Bond in the Retinal Chromophore Enable Sodium Ion Transport by the Sodium Ion Pump KR22019

    • Author(s)
      Nao Nishimura, Misao Mizuno, Hideki Kandori, and Yasuhisa Mizutani
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 123 Pages: 3430-3440

    • DOI

      https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.9b00928

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Soft-chromophore featured liquid porphyrins and their utilization toward liquid-electret applications2019

    • Author(s)
      Avijit Ghosh, Manabu Yoshida, Koji Suemori, Hiroaki Isago, Nagao Kobayashi, Yasuhisa Mizutani, Yuki Kurashige, Izuru Kawamura, Masami Nirei, Osamu Yamamuro, Tomohisa Takaya, Koichi Iwata, Akinori Saeki, Kazuhiko Nagura, Shinsuke Ishihara, and Takashi Nakanishi
    • Journal Title

      Nature Commun.

      Volume: 10 Pages: 4210

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s41467-019-12249-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Effect of a bound anion on the structure and dynamics of halorhodopsin from Natronomonas pharaonis2019

    • Author(s)
      Misao Mizuno, Yumi Shimoo, Hideki Kandori, and Yasuhisa Mizutani
    • Journal Title

      Structural Dynamics

      Volume: 6 Pages: 054703

    • DOI

      https://doi.org/10.1063/1.5125621

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 新規光駆動内向きプロトン輸送タンパク質SzRのレチナール発色団構造の特徴2020

    • Author(s)
      塩谷 智巳、Manish Singh、水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会
  • [Presentation] 新規光受容タンパク質ヘリオロドプシンが持つ長寿命光反応中間体の発色団構造の解明2020

    • Author(s)
      潤井泰斗、大友 章裕・水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会
  • [Presentation] ナトリウムイオン輸送タンパク質KR2の発色団が持つ水素結合様式の特異性2020

    • Author(s)
      篠崎 友香、大友 章裕、水野 操、吉住 玲、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会
  • [Presentation] Atomic contacts drive ultrafast helix motions in myoglobin2020

    • Author(s)
      Shinya Tahara
    • Organizer
      11th Asian Conference on Ultrafast Phenomena
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 時間分解紫外共鳴ラマン分光法によるタンパク質ダイナミクス観測2020

    • Author(s)
      水野操
    • Organizer
      日本分光学会紫外フロンティア講演会「紫外フロンティア分光研究の最前線」、名古屋大学 東山キャンパス、令和2年1月6日
    • Invited
  • [Presentation] 新型光受容タンパク質Heliorhodopsinの発色団構造2019

    • Author(s)
      大友 章裕、水野 操、Manish Singh、志甫谷 渉、井上 圭一、濡木 理、Oded Beja、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] 新奇光受容タンパク質ヘリオロドプシンの超高速ダイナミクス2019

    • Author(s)
      田原 進也、Manish Singh、 倉持 光、志甫谷 渉、井上 圭一、濡木 理、Oded Beja、水谷 泰久、神取 秀樹、田原 太平
    • Organizer
      2019年度日本分光学会年次講演会
  • [Presentation] Atomic Contacts Drive Structural Changes of Myoglobin2019

    • Author(s)
      Shinya Tahara, Misao Mizuno, and Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      Nineteenth International Conference on Time-Resolved Vibrational Spectroscopy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Time-resolved UV resonance Raman observation of protein dynamics of a light-driven sodium ion-pumping rhodopsin2019

    • Author(s)
      Akihito Otomo, Misao Mizuno, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, and Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      Nineteenth International Conference on Time-Resolved Vibrational Spectroscopy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ハロロドプシンのタンパク質ダイナミクスにおけるアニオン依存性の要因2019

    • Author(s)
      水野 操、下尾 祐未、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      第13回分子科学討論会
  • [Presentation] ミオグロビンの構造変化を駆動する原子間接触2019

    • Author(s)
      田原 進也、水野 操、水谷 泰久
    • Organizer
      第13回分子科学討論会
  • [Presentation] 時間分解紫外共鳴ラマン分光法によるKR2の構造ダイナミクスの観測2019

    • Author(s)
      大友 章裕、水野 操、井上 圭一、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      第13回分子科学討論会
  • [Presentation] 時間分解共鳴ラマン分光法でタンパク質の化学反応を観る2019

    • Author(s)
      水野操
    • Organizer
      2019年度日本分光学会年次講演会
    • Invited
  • [Presentation] Allosteric dynamics of the oxygen sensor protein FixL2019

    • Author(s)
      Haruto Ishikawa
    • Organizer
      6th Awaji International Workshop on “Electron Spin Science & Technology: Biological and Materials Science Oriented Applications”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Primary Protein Responses to Chromophore Photoreaction in Photoreceptive Proteins2019

    • Author(s)
      Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      The 5th International Conference on Ultrafast Structural Dynamics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Protein Dynamics of a Light-Driven Sodium Ion-Pumping Rhodopsin2019

    • Author(s)
      Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 時間分解振動分光法とロドプシン研究2019

    • Author(s)
      水谷泰久
    • Organizer
      ISSPワークショップ「レチナールタンパク質の光機能発現の物理と化学」
    • Invited
  • [Presentation] Structure and Dynamics of the Retinal Chromophore of Microbial Ion Pumps: A Time-Resolved Resonance Raman Study2019

    • Author(s)
      Misao Mizuno
    • Organizer
      Indo-Japan workshop "Frontiers in Molecular Spectroscopy: From Fundamentals to Applications in Chemistry and Biology"
    • Invited
  • [Remarks] 大阪大学 大学院理学研究科 化学専攻 生物物理化学研究室

    • URL

      http://www.chem.sci.osaka-u.ac.jp/lab/mizutani/index-jp.html

URL: 

Published: 2021-01-27  

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