2019 Fiscal Year Annual Research Report
Global landscape genomics of mangrove trees for conservation
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17H01414
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| Research Institution | University of the Ryukyus |
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Principal Investigator |
梶田 忠 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 教授 (80301117)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
岩崎 貴也 神奈川大学, 理学部, 助教 (10636179)
津田 吉晃 筑波大学, 生命環境系, 准教授 (40769270)
高山 浩司 京都大学, 理学研究科, 准教授 (60647478)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 生物多様性保全 / 自然現象観測・予測 / ゲノム解析 / マングローブ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
■研究進捗管理: 6月に西表研究施設で関係者全員が集まる研究打合せ会議を実施し、研究計画の詳細スケジュールを協議した。その後の進捗管理はインターネット経由で行った。また、今年度から新たに今井亮介博士を本事業の専任ポスドク研究員として採用して、以下の研究計画に参画させた。
■サンプル調整・入手: 前年度に引き続き入手済のDNAサンプルを、景観ゲノミクス解析のための実験用に調整した。また、必要に応じて新たなサンプルを入手し、研究に用いた。
■DNA解析実験: 計画調書の記載のサンプリングスキームに基づく集団サンプルについて、ゲノム解析実験を進めた。特に、ホウガンヒルギについては、PacBioを用いてドラフトゲノムの解析を行い、リシーケンシングデータの解析に用いた。また年度内に本事業に関連する３種の植についてゲノム支援事業に申請し、本報告書の準備時点で採択となった。
■データ解析と研究発表: アメリカヒルギのリシーケンシングデータについては景観遺伝学的解析がほぼ完成に近づいたが、いまだ論文発表には至っていない。ホウガンヒルギについては、上記ゲノムデータと各地からのリシーケンシングデータを用いて、解析を進めている。比較対象のためにゲノム解析を行った海流散布植物(マングローブと同様の分布域を持つもの)等についても、データ解析を進めた。これらの成果は、7月にシンガポールで開催された国際学会(MMM5)等の学会において研究発表を行った。
■国際共同研究: 7月にブラジルの共同研究者を日本に招へいして、新大陸のマングローブ植物についてのデータ解析と論文作成を進めた。あわせて、アジア地域の共同研究者とも、共同研究の実施についての打合せを行った。また、7月の国際会議(MMM5)では、調査の遅れている西アフリカ地域からのサンプル入手や研究実施について、セネガルとの共同研究体制を構築できた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
理由：交付決定時の予算額にあわせて計画調書で予定していた実験規模を、対象種、サンプル数、実験規模を調整することで縮小して研究を実施した。前年度中に琉球大学熱帯生物圏研究センター西表研究施設にて専任ポスドクを雇用するために公募を行い、年度当初から採用できたため、予定していたリシーケンシングデータの解析を予定通り進めることができた。また、専任ポスドクが加わったことで、代表者のエフォートを下げることができた。国際共同研究の実施も、予定通りに進めることができた。年度内に出版を予定していた研究論文のうち2報は発表できたが、一報についてはデータ解析のやり直しなどの理由により、まだ投稿できていない。次年度中には発表できる見込みとなっている。
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| Strategy for Future Research Activity |
■研究進捗管理: 4月以降は定期的に、分担者と研究協力者全員が集まるミーティングをネット経由で実施し、最終年度の研究完成に向けて、定期的に進捗管理を行う。ポスドク研究員1名を西表研究施設で継続雇用して、研究計画の実施に参画させる。
■サンプル調整・入手: 本研究に関連して採択されたゲノム支援事業に用いるサンプルを、現地調査等によって入手し、ゲノム決定に必要なサンプルのDNAを準備する。
■DNA解析実験: 計画調書の記載のサンプリングスキームに基づく集団サンプルについて、ゲノム解析実験を進める。特に、インド洋・太平洋地域に分布するホウガンヒルギと、新大陸のマングローブ種について、リシーケンシングデータの解析を完成させる。
■研究発表: アメリカヒルギのリシーケンシングデータについては景観遺伝学的解析を完成させ論文発表する。また、ホウガンヒルギその他のマングローブ植物、及び、比較対象のためにゲノム解析を行った海流散布植物(マングローブと同様の分布域を持つもの)のデータ解析と論文発表を進める。海外渡航の状況が許せば、7月にインドネシア・メダンで開催される国際学会で研究発表を行う。また、9月の日本植物学会と3月の日本植物分類学会年次大会等でも研究発表を行う。
■国際共同研究: ブラジルの共同研究者らと共に、新大陸のマングローブ植物についてのデータ解析と論文作成を進める。西アフリカ地域の研究者(セネガル)との共同研究体制を構築し、研究用サンプルの入手について準備を進め、必要に応じて現地調査を行う。あわせて、アジア地域の共同研究者とも、共同研究の実施についての打合せを行う。
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Research Products
(13 results)
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[Presentation] Understanding Mangrove Through DNA Metabarcoding: a Case Study from Iriomote Island.2019
Author(s)
Tadashi Kajita, Severino Salmo, Katsuya Ito, Hironori Toyama, Rintaro Shimoda, Takashi Yamamoto, Tetsuya Sado, Ryo Gotoh, Tomoyuki Komai, Masaki Miya
Organizer
5th International Mangrove, Macrobenthos and Management Meeting
Int'l Joint Research
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[Presentation] Delimiting Species In The Red Mangrove Rhizophora mangle Species Complex2019
Author(s)
Gustavo Maruyama Mori, Andre Guilherme Madeira, Mariana Vargas Cruz, Koji Takayama, Yu Matsuki, Yoshihisa Suyama, Takaya Iwasaki, Yoshiaki Tsuda, Anete Pereira Souza, Maria Imaculada Zucchi, Tadashi Kajita
Organizer
5th International Mangrove, Macrobenthos and Management Meeting
Int'l Joint Research
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[Presentation] ゲノムデータを用いたマングローブ植物ホウガンヒルギの集団動態解析2019
Author(s)
Imai R, Tsuda Y, Yamamoto T, Tomizawa Y, Saleh MN, Wee AKS, Takayama K, Yllano OB, Salmo III SG, Sungkaew S, Adjie B, Ardli E, Suleiman M, Tung NX, Soe KK, Kandasamy K, Asakawa T, Watano Y, Baba S, Tadashi Kajita
Organizer
日本植物学会第83回大会
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