2019 Fiscal Year Annual Research Report
Origin of adaptation and population genomics in the ancient Lake Biwa
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17H03720
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
渡辺 勝敏 京都大学, 理学研究科, 准教授 (00324955)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
武島 弘彦 総合地球環境学研究所, 研究部, 外来研究員 (50573086)
小北 智之 福井県立大学, 海洋生物資源学部, 准教授 (60372835)
橋口 康之 大阪医科大学, 医学部, 講師 (70436517)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 適応進化 / ゲノミクス / 淡水魚 / 古代湖 / 保有遺伝変異 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、古代湖・琵琶湖において、「沖合」・「深場」・「岩礁」という異なる生息地に対する適応を示す固有種の進化に関するゲノム科学的理解を深めるために、固有種とその近縁種を含む複数種群を対象とし、（1）新規ゲノム配列決定を基盤に、（2）遺伝子発現解析等によるゲノムワイドな適応関連候補遺伝子の抽出と進化時期の推定、および（3）急速な表現型適応の原因遺伝子の特定と野生集団における進化動態の解析を行うものである。
最終年度は、進捗と今後の重点計画に関する打ち合わせを行ったうえで、まず（1）について、これまでに10x Genomics社のChromium合成ロングリード、ナノポア社のPromethION／MinIONにより得られたヒガイ類、フナ類、アユ、イサザ、ヨシノボリ類、カジカ類等のデータを整理・再解析し、高品質のドラフトゲノムを取り揃えた。
（2）に関して、RAD-seq法やリシーケンシングをさらに進め、一部対象固有種の系統（地理）ゲノミクス分析および歴史的集団動態の解析を進めた（ビワヨシノボリ等）。さらに適応形質の遺伝基盤を効果的に検出する手法として、Pool-seq法をアユおよびイサザ（ウキゴリ類）に適用し、良好な結果を得た。
（3）岩礁域において体色や体型の急速な適応進化を示したと推定されるアブラヒガイについて、昨年度までに特定された体色変異の原因遺伝子の空間分布をリアルタイムPCR系によって明らかにした。さらに西日本の地理的分布をカバーする試料についてリシーケンシングを行い、ゲノムおよび適応遺伝子に関する系統地理分析を進めた。さらに体色機能について琵琶湖内で模型を用いた捕食実験を行うことにより、総合的に体色変異の適応進化・集団ゲノミクスに関する研究を推し進めた。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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