Search for H. pylori genes and epigenetic status by Pacbio decoding

2019 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 17H04666
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 海外学術
• Research Field: Gastroenterology
• Research Institution: Kyorin University
• Principal Investigator: Kobayashi Ichizo 杏林大学, 医学部, 非常勤講師 (30126057)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 神谷 茂 杏林大学, 保健学部, 教授 (10177587) ; 矢原 耕史 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 主任研究官 (70542356)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 胃がん / 細菌発がん / ピロリ菌 / 細菌GWAS / 細菌ゲノム / 集団ゲノム / 外膜タンパク / トランスポーター

Outline of Final Research Achievements

We compared H. pylori genomes from all over the world and identified genome/protein sequence polymorphisms associated with gastric cancer (stomach cancer). We mapped these on the protein structure and predicted their probable functions. Our results revealed many bacterial proteins likely involved in carcinogenesis. Our research demonstrated power of bacterial population genomics in a highly-recombining bacterium. Through these efforts, we formed a network of research on H. pylori population genomics.

Free Research Field

ゲノム科学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

(1) 細菌発がんに関わる細菌側のタンパクの候補を、多数明らかにした。これは、胃がんの機構の解明への道を開く。さらに、ヒト細菌叢（マイクロバイオーム）による発がんの機構の理解に繋がる。(2) ゲノム多様性と相同組換えの高い細菌での、GWASなどの多ゲノム比較法による機能解析のパワーを示した。これは、他の同様な生物へのGWASなどの適用に繋がる。(3) 胃がん予防治療の新薬・ワクチン開発の標的、胃がん十二指腸診断のマーカー候補を、多数明らかにした。これは、世界からの胃がんの撲滅に繋がる。(4) これらの研究の過程で、日米欧中を含む国際的な研究ネットワークを作った。