2017 Fiscal Year Research-status Report
がんゲノム解析で残された微小コピー数変化の検出とその意義の解明
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17K07195
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
辰野 健二 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任研究員 (80775239)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | がんゲノム / CNV |
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| Outline of Annual Research Achievements |
次世代シーケンサーによるゲノム解析では、繰り返し配列に存在する変異や微小なゲノムコピー数変化(CNV)など、現在の解析アルゴリズムでは検出が困難な変異は見過ごされている。本研究では、新たな解析アルゴリズムの開発により、これまでは検出困難であった種類の変異を同定し、その意義を探索することを目的としている。
29年度は、これまでに次世代がん研究プロジェクトなどで解析したデータの集積と、米国がんゲノムアトラス（TCGA）などの公共データベースからデータの集積を実施した。さらに、微小コピー数変化が存在する症例をスクリーニングするために、アレル別の微小領域CNVを表示できるCNV viewerを作成した。
一方、免疫チェックポイント阻害剤の応答予測因子として近年注目されているマイクロサテライト不安定性（MSI)を、ベセスダ基準などの限られたマーカー部位からだけでなく、エクソームシーケンスデータに多数存在するマイクロサテライト配列を網羅的解析するアルゴリズムを開発し、これまでのがんゲノム変異データと統合解析を行うことで、がんのより詳細な変異プロファイリングを解析した。
これまでに解析した37症例の胃がんでは、6症例がマイクロサテライト不安定性であると判定され、これらは1塩基変異は塩基挿入、欠失変異の頻度が高い、いわゆるHyper Mutatorの特徴と一致し、エクソームデータからのマイクロサテライト不安定性判定も有用であることが示された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
初年度の目標は検出困難ながんゲノム変異を発見するアルゴリズムのかいはつであるが、その前提として既存データの集積とデータの特徴を理解する必要があるため、CNV_viewerなどの解析環境の整備を重点とした。また、特に注目度の高いMSIに関してシーケンスデータから解析する手法の開発も実施し、より多面的な検出困難な変異の解析を進めることが出来ると考えるため。
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| Strategy for Future Research Activity |
がんゲノムデータの集積とコピー数異常の概要が解析できたため、微小コピー数変化が存在する症例を抽出し、解析アルゴリズムの開発と最適化を進める。そのアルゴリズムの検証を、公共データベースに登録されているがんゲノム解析のデータなどで検証する。
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| Causes of Carryover |
昨年度計画していた海外学会への参加を３０年度に延期ししたため。
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[Journal Article] Comprehensive and Integrative Genomic Characterization of Hepatocellular Carcinoma2017
Author(s)
Ally Adrian, Balasundaram Miruna,,,,Aburatani Hiroyuki, Yamamoto Shogo, Tatsuno Kenji,,,et al
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Journal Title
Cell
Volume: 169
Pages: 1327～1341.e23
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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