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2020 Fiscal Year Research-status Report

CRISPRライブラリーを用いたグルコシルセラミドの脂質二重膜間輸送因子の探索

Research Project

Project/Area Number 17K07357
Research InstitutionNational Institute of Infectious Diseases

Principal Investigator

山地 俊之  国立感染症研究所, 細胞化学部, 室長 (50332309)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2022-03-31
Keywords糖脂質 / ゲノムワイドスクリーニング / ゴルジ体
Outline of Annual Research Achievements

哺乳動物細胞のスフィンゴ糖脂質の生合成酵素はほぼ同定されている。しかし細胞内輸送因子に関しては未解明な点があり、その中の1つとして、グルコシルセラミド (GlcCer) の脂質二重膜を横切る輸送(フリップフロップ機構)が挙げられる。GlcCerは合成酵素によって主にゴルジ体の細胞質側で生合成される。続いて生合成されるラクトシルセラミド (LacCer) の合成酵素はゴルジ体内腔側に活性部位を有しているため、GlcCerは細胞質側から内腔側へフロップする必要がある。
本研究は、この未解明であるGlcCerのフロップ機構に関与する因子の同定を最終目標とする。そのための手段として、CRISPRライブラリー等を用いて糖脂質生合成に関与する因子をゲノムワイドスクリーニングで探索し、その中から目的遺伝子の同定を試みる。
R2年度はVero細胞を用いたゲノムワイドスクリーニングで同定された遺伝子の1つに関してKO細胞及び発現復帰株をVero C1008細胞で作製し、(1) 志賀毒素に対する感受性解析、(2) 志賀毒素受容体Gb3を含めた糖脂質解析、(3) オルガネラへの影響、について検討した。その結果、(1) KO細胞は志賀毒素に耐性を示した。 (2) KO細胞はGb3及びそれ以降の糖脂質生合成が阻害され、代わりに前駆体であるラクトシルセラミド及びグルコシルセラミドの大幅な増加が見られた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

本年度前半はCOVID-19対策によって通常の研究活動が抑制されたことにより、あまり研究の進展がなかったものの、後半はVero細胞を用いたスクリーニングで糖脂質生合成に影響を及ぼす新たな因子の同定に成功し、その機能解明を行うことが出来た。このことから、前半の遅れを取り戻しつつある。上記で示したように、同定した遺伝子の1つに関して、糖脂質生合成(Gb3生合成)に影響を及ぼしていること、ゴルジ体機能に影響を及ぼすことを明らかにした。

Strategy for Future Research Activity

R3年度は、上記のVero細胞を用いたスクリーニングで得られた因子のさらなる解析を行い、特にゴルジ体を中心としたオルガネラへの影響、細胞内輸送を中心に検討する。それらの結果を踏まえて、Vero細胞を用いたスクリーニングに関して論文をまとめる。

Causes of Carryover

COVID-19による研究の遅延により、次年度まで再延長することとし、使用する額を残した。R3年度は、通常の分子生物学的試薬、細胞培養試薬の他、その他の経費として論文投稿代を計画している。

  • Research Products

    (17 results)

All 2021 2020

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 4 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Golgi maturation‐dependent glycoenzyme recycling controls glycosphingolipid biosynthesis and cell growth via GOLPH32021

    • Author(s)
      Rizzo R, Yamaji T et al (22番目/31人)
    • Journal Title

      EMBO J

      Volume: 40 Pages: e107238-e107238

    • DOI

      10.15252/embj.2020107238

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Poliovirus-nonsusceptible Vero cell line for the World Health Organization global action plan2021

    • Author(s)
      Okemoto-Nakamura Y, Someya K, Yamaji T, Saito K, Takeda M, Hanada K
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 11 Pages: 6746

    • DOI

      10.1038/s41598-021-86050-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Galabiosylceramide is present in human cerebrospinal fluid2021

    • Author(s)
      Akiyama H, Ide M, Yamaji T, Mizutani Y, Niimi Y, Mutoh T, Kamiguchi H, Hirabayashi Y.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun

      Volume: 536 Pages: 73-79

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.12.051

  • [Journal Article] Concise and Reliable Syntheses of Glycodendrimers via Self-Activating Click Chemistry: A Robust Strategy for Mimicking Multivalent Glycan?Pathogen Interactions2020

    • Author(s)
      Farabi K, Manabe Y, Ichikawa H, Miyake S, Tsutsui M, Kabayama K, Yamaji T, Tanaka K, Hung S-C, Fukase K.
    • Journal Title

      J Org Chem

      Volume: 85 Pages: 16014-16023

    • DOI

      10.1021/acs.joc.0c01547

  • [Journal Article] Identification of Characteristic Genomic Markers in Human Hepatoma HuH-7 and Huh7.5.1-8 Cell Lines2020

    • Author(s)
      Kawamoto M#, Yamaji T#, Saito K, Shirasago Y, Satomura K, Endo T, Fukasawa M, Hanada K, Osada N.
    • Journal Title

      Front Genet

      Volume: 11 Pages: 546106

    • DOI

      10.3389/fgene.2020.546106

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Sphingomyelin Is Essential for the Structure and Function of the Double-Membrane Vesicles in Hepatitis C Virus RNA Replication Factories2020

    • Author(s)
      Gewaid H, Aoyagi H, Arita M, Watashi K, Suzuki R, Sakai S, Kumagai K, Yamaji T, Fukasawa M, Kato F, Hishiki T, Mimata A, Sakamaki Y, Ichinose S, Hanada K, Muramatsu M, Wakita T, Aizaki H.
    • Journal Title

      J Virol

      Volume: 94 Pages: e01080-20

    • DOI

      10.1128/JVI.01080-20

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Blood group P1 antigen?bearing glycoproteins are functional but less efficient receptors of Shiga toxin than conventional glycolipid-based receptors2020

    • Author(s)
      Morimoto K, Suzuki N, Tanida I, Kakuta S, Furuta Y, Uchiyama Y, Hanada K, Suzuki Y, Yamaji T.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 295 Pages: 9490-9501

    • DOI

      10.1074/jbc.RA120.013926

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Comparative characterization of flavivirus production in two cell lines: Human hepatoma-derived Huh7.5.1-8 and African green monkey kidney-derived Vero2020

    • Author(s)
      Saito K, Fukasawa M, Shirasago Y, Suzuki R, Osada N, Yamaji T, Wakita T, Konishi E, Hanada K.
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 15 Pages: e0232274

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0232274

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Preparation of Fluorescent Recombinant Shiga Toxin B Subunit and Its Application to Flow Cytometry2020

    • Author(s)
      Yamaji T
    • Journal Title

      Methods Mol Biol,

      Volume: 2132 Pages: 463-474

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-0430-4_45

  • [Presentation] ゲノム編集法を用いた生体膜脂質や糖鎖の代謝及び感染症研究2021

    • Author(s)
      山地俊之
    • Organizer
      東京医科歯科大学大学院特別セミナー
    • Invited
  • [Presentation] 8.Modulation of Zika virus replication via glucosylceramide 1 synthase and glycosphingolipids2021

    • Author(s)
      Brown M, Cerone J, Ogbamikael S, Yager E, Yamaji T, Barroso M, Hanada K, Konan K
    • Organizer
      Eastern Society for Pediatric Research Annual Meeting ESPR2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Application of genome editing technologies to studies on sphingolipid biology2021

    • Author(s)
      山地俊之
    • Organizer
      第141回日本薬学会
    • Invited
  • [Presentation] 小胞体-ゴルジ体連携ゾーンにおけるCERTの機能制御に関する因子の探索2020

    • Author(s)
      水池彩、酒井祥太、山地俊之、花田賢太郎
    • Organizer
      第62回脂質生化学会
  • [Presentation] ヒト脳脊髄液にはガラビオシルセラミド(Gb2)が存在する2020

    • Author(s)
      秋山央子、井出三津子、山地俊之、植田晃広、新美芳樹、武藤多津郎、上口裕之、平林義雄
    • Organizer
      第62回脂質生化学会
  • [Presentation] スフィンゴ脂質のC型肝炎ウイルス複製における役割の解析2020

    • Author(s)
      相崎英樹、青柳東代、若江亨祥、有田峰太郎、渡士幸一、鈴木亮介、熊谷圭悟、山地俊之、深澤征義、村松正道、脇田隆字、花田賢太郎
    • Organizer
      第62回脂質生化学会
  • [Presentation] P1糖鎖エピトープを有する糖タンパク質の志賀毒素受容体としての機能解析2020

    • Author(s)
      森本貫太、鈴木詔子、谷田以誠、角田宗一郎、古田陽子、内山安男、花田賢太郎、鈴木佑典、山地俊之
    • Organizer
      第39回日本糖質学会年会
  • [Presentation] ヒトマクロファージの免疫応答における極長鎖脂肪酸鎖を含むスフィンゴ脂質の役割2020

    • Author(s)
      花房慶、中山仁志、山地俊之、岩渕和久
    • Organizer
      第39回日本糖質学会年会

URL: 

Published: 2021-12-27  

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