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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Personalized prediction of susceptibility to asthma by genetic risk score

Research Project

Project/Area Number 17K09603
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

坂本 透  筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50282356)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 檜澤 伸之  筑波大学, 医学医療系, 教授 (00301896)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords喘息 / 一塩基多型 / リスクスコア / ゲノムワイド関連解析
Outline of Annual Research Achievements

個々の一塩基多型(SNP)から喘息発症を予測することは困難である。そこで本研究では、個人について、十~数十の喘息関連SNPsのリスクアレル数を合計して喘息発症遺伝的リスクスコア(genetic risk score;GRS)とし、このGRSにより喘息発症を予測することが可能かを検討した。
まず、コホート1(健常者958名、喘息242名)とコホート2(健常者565名、喘息541名)について、ゲノムワイドのジェノタイピングを行った。ゲノムアレイはそれぞれ、イルミナ社のHumanHap 550v3とAsian Screening Array(ASA)を用いた。次に、既報の喘息ゲノムワイド関連解析(GWAS)で有意水準を満たす123遺伝子を抽出し、この遺伝子の発現に最も関連するexpression SNP(eSNP)を選択した。さらにこのeSNPsのうち、コホート1の喘息GWASでP<0.05を満たし、かつコホート2のASAにも含まれる15eSNPsを抽出した。コホート1における15eSNPsのGRSは、健常者群14.3±3.1、喘息群16.1±3.4であり、2群間には強い有意差が確認された(P=9.54E-15)。そこで、コホート2において、この15eSNPsのGRSにより喘息発症が予測可能かを検討した。GRSは健常者群14.5±3.3、喘息群15.0±3.3となり、2群間に有意差が認められた(P=0.023)。一方、コホート2において、このGRSによる喘息発症の予測能を評価するため、ROC解析を行ったところ、ROC曲線下面積(AUC)は0.539であり、15個のeSNPsでは喘息発症の予測能は高くないことが示された。
今後は、imputationにより両アレイに含まれるSNPsをそろえ、共通するeSNPsの数を増やしてGRSを計算し、喘息発症の予測能を検討する予定である。

  • Research Products

    (16 results)

All 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Effects of Lung Function-Related Genes and TSLP on COPD Phenotypes2020

    • Author(s)
      Yamada Hideyasu、Hida Norihito、Masuko Hironori、Sakamoto Tohru、Hizawa Nobuyuki
    • Journal Title

      COPD: Journal of Chronic Obstructive Pulmonary Disease

      Volume: 17 Pages: 59~64

    • DOI

      10.1080/15412555.2019.1708296

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Association analyses of eQTLs of the TYRO3 gene and allergic diseases in Japanese populations2019

    • Author(s)
      Kanazawa Jun、Masuko Hironori、Yatagai Yohei、Sakamoto Tohru、Yamada Hideyasu、Kitazawa Haruna、Iijima Hiroaki、Naito Takashi、Saito Takefumi、Noguchi Emiko、Hirota Tomomitsu、Tamari Mayumi、Hizawa Nobuyuki
    • Journal Title

      Allergology International

      Volume: 68 Pages: 77~81

    • DOI

      10.1016/j.alit.2018.07.004

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A cis-eQTL allele regulating reduced expression of CHI3L1 is associated with late-onset adult asthma in Japanese cohorts2019

    • Author(s)
      Kanazawa Jun、Kitazawa Haruna、Masuko Hironori、Yatagai Yohei、Sakamoto Tohru、Kaneko Yoshiko、Iijima Hiroaki、Naito Takashi、Saito Takefumi、Noguchi Emiko、Konno Satoshi、Nishimura Masaharu、Hirota Tomomitsu、Tamari Mayumi、Hizawa Nobuyuki
    • Journal Title

      BMC Medical Genetics

      Volume: 20 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s12881-019-0786-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Concavity of the Maximal Expiratory Flow?Volume Curve Reflects the Extent of Emphysema in Obstructive Lung Diseases2019

    • Author(s)
      Mochizuki Fumi、Iijima Hiroaki、Watanabe Azusa、Tanabe Naoya、Sato Susumu、Shiigai Masanari、Fujiwara Keiji、Shimada Takafumi、Ishikawa Hiroichi、Kanazawa Jun、Yatagai Yohei、Masuko Hironori、Sakamoto Tohru、Muro Shigeo、Hizawa Nobuyuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41598-019-49591-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] アレルギー感作感受性遺伝子群がCDHR3およびTYRO3遺伝子の効果に与える影響2019

    • Author(s)
      金澤 潤、増子裕典、北沢晴奈、谷田貝洋平、飯島弘晃、内藤隆志、広田朝光、玉利真由美、坂本 透、檜澤伸之
    • Organizer
      第59回日本呼吸器学会学術講演会
  • [Presentation] BMI、IL6、高感度CRPに関する遺伝要因と喘息との関連2019

    • Author(s)
      北沢晴奈、増子裕典、金澤 潤、谷田貝洋平、飯島弘晃、内藤隆志、広田朝光、玉利真由美、坂本 透、檜澤伸之
    • Organizer
      第59回日本呼吸器学会学術講演会
  • [Presentation] 閉塞性肺疾患におけるflow-volume曲線の視覚的評価と胸部CTの定量評価に関する検討2019

    • Author(s)
      望月芙美、飯島弘晃、嶋田貴文、藤原啓司、石川博一、増子裕典、坂本 透、田辺直也、佐藤 晋、室 繁郎、檜澤伸之
    • Organizer
      第59回日本呼吸器学会学術講演会
  • [Presentation] Genetic effects of ORMDL3/GSDMB on asthma are modified by the GSDMC genotype at chromosome 8.2019

    • Author(s)
      Kitazawa H, Masuko H, Kanazawa J, Shigemasa R, Hyodo K, Yatagai Y, Iijima H, Naito T, Saito T, Hirota T, Tamari M, Sakamoto T, Hizawa N.
    • Organizer
      American Thoracic Society Conference 2019
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A cis-eQTL allele lowering gene expression of CHL3L1 is associated with late-onset adult asthma in Japanese.2019

    • Author(s)
      Shigemasa R, Kanazawa J, Kitazawa H, Masuko H, Hyodo K, Yatagai Y, Sakamoto T, Kaneko Y, Iijima H, Naito T, Saito T, Noguchi E, Konno S, Nishimura M, Hirota T, Tamari M, Hizawa N.
    • Organizer
      American Thoracic Society Conference 2019
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 呼吸機能関連遺伝子及びTSLP遺伝子がCOPDフェノタイプに与える影響2019

    • Author(s)
      山田英恵、肥田憲人、増子裕典、坂本 透、檜澤伸之
    • Organizer
      第68回日本アレルギー学会学術大会
  • [Presentation] 中高年喫煙者における呼気一酸化窒素濃度に影響を与える因子について2019

    • Author(s)
      金澤 潤、増子裕典、重政理恵、兵頭健太郎、北沢晴奈、谷田貝洋平、飯島弘晃、坂本 透、家城隆次、檜澤伸之
    • Organizer
      第68回日本アレルギー学会学術大会
  • [Presentation] 原発性繊毛機能不全症に関連する遺伝子群が喘息に与える影響について2019

    • Author(s)
      重政理恵、増子裕典、金澤 潤、北沢晴奈、兵頭健太郎、谷田貝洋平、飯島弘晃、内藤隆志、坂本 透、広田朝光、玉利真由美、檜澤伸之
    • Organizer
      第68回日本アレルギー学会学術大会
  • [Presentation] 重症喘息に対するペンラリズマブ治療早期の有効性の検討2019

    • Author(s)
      中嶋真之、松山政史、川口未央、荒井直樹、北沢晴奈、吉田和史、兵頭健太郎、金澤 潤、山田英恵、増子裕典、際本拓未、森島祐子、石井幸雄、坂本 透、齋藤武文、檜澤伸之
    • Organizer
      第68回日本アレルギー学会学術大会
  • [Presentation] 慢性炎症性肺疾患における増悪関連フェノタイプの検討2019

    • Author(s)
      兵頭健太郎、増子裕典、重政理恵、北沢晴奈、金澤 潤、谷田貝洋平、飯島弘晃、児玉孝秀、野村明広、籠橋克紀、佐藤浩昭、坂本 透、齋藤武文、檜澤伸之
    • Organizer
      第68回日本アレルギー学会学術大会
  • [Presentation] ORMDL3/GSDMB遺伝子が喘息に与える影響はGSDMC遺伝子多型によって異なる2019

    • Author(s)
      北沢晴奈、増子裕典、金澤 潤、重政理恵、兵頭健太郎、谷田貝洋平、飯島弘晃、内藤隆志、広田朝光、玉利真由美、坂本 透、檜澤伸之
    • Organizer
      第68回日本アレルギー学会学術大会
  • [Book] COPD2019

    • Author(s)
      坂本 透、檜澤伸之
    • Total Pages
      360
    • Publisher
      中山書店
    • ISBN
      978-4-521-74529-9

URL: 

Published: 2021-01-27  

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