2019 Fiscal Year Annual Research Report
Personalized prediction of susceptibility to asthma by genetic risk score
| Project/Area Number |
17K09603
|
|---|
| Research Institution | University of Tsukuba |
|---|
Principal Investigator |
坂本 透 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50282356)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
檜澤 伸之 筑波大学, 医学医療系, 教授 (00301896)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
|
| Keywords | 喘息 / 一塩基多型 / リスクスコア / ゲノムワイド関連解析 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
個々の一塩基多型（SNP）から喘息発症を予測することは困難である。そこで本研究では、個人について、十～数十の喘息関連SNPsのリスクアレル数を合計して喘息発症遺伝的リスクスコア（genetic risk score;GRS）とし、このGRSにより喘息発症を予測することが可能かを検討した。
まず、コホート1（健常者958名、喘息242名）とコホート2（健常者565名、喘息541名）について、ゲノムワイドのジェノタイピングを行った。ゲノムアレイはそれぞれ、イルミナ社のHumanHap 550v3とAsian Screening Array（ASA）を用いた。次に、既報の喘息ゲノムワイド関連解析（GWAS）で有意水準を満たす123遺伝子を抽出し、この遺伝子の発現に最も関連するexpression SNP（eSNP）を選択した。さらにこのeSNPsのうち、コホート1の喘息GWASでP<0.05を満たし、かつコホート2のASAにも含まれる15eSNPsを抽出した。コホート1における15eSNPsのGRSは、健常者群14.3±3.1、喘息群16.1±3.4であり、2群間には強い有意差が確認された（P=9.54E-15）。そこで、コホート2において、この15eSNPsのGRSにより喘息発症が予測可能かを検討した。GRSは健常者群14.5±3.3、喘息群15.0±3.3となり、2群間に有意差が認められた（P=0.023）。一方、コホート2において、このGRSによる喘息発症の予測能を評価するため、ROC解析を行ったところ、ROC曲線下面積(AUC)は0.539であり、15個のeSNPsでは喘息発症の予測能は高くないことが示された。
今後は、imputationにより両アレイに含まれるSNPsをそろえ、共通するeSNPsの数を増やしてGRSを計算し、喘息発症の予測能を検討する予定である。
|
Research Products
(16 results)
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] Genetic effects of ORMDL3/GSDMB on asthma are modified by the GSDMC genotype at chromosome 8.2019
Author(s)
Kitazawa H, Masuko H, Kanazawa J, Shigemasa R, Hyodo K, Yatagai Y, Iijima H, Naito T, Saito T, Hirota T, Tamari M, Sakamoto T, Hizawa N.
Organizer
American Thoracic Society Conference 2019
Int'l Joint Research
-
[Presentation] A cis-eQTL allele lowering gene expression of CHL3L1 is associated with late-onset adult asthma in Japanese.2019
Author(s)
Shigemasa R, Kanazawa J, Kitazawa H, Masuko H, Hyodo K, Yatagai Y, Sakamoto T, Kaneko Y, Iijima H, Naito T, Saito T, Noguchi E, Konno S, Nishimura M, Hirota T, Tamari M, Hizawa N.
Organizer
American Thoracic Society Conference 2019
Int'l Joint Research
-
-
-
-
-
-
-
[Book] COPD2019
Author(s)
坂本 透、檜澤伸之
Total Pages
360
Publisher
中山書店
ISBN
978-4-521-74529-9
