Investigation of polybacterial onset model of tonsillitis repetition and severity by crowd analysis of tonsil crypt microflora

2023 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17K11400
• Research Institution: Wakayama Medical University
• Principal Investigator: 平岡 政信 和歌山県立医科大学, 医学部, 助教 (80423945)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 杉田 玄 和歌山県立医科大学, 医学部, 博士研究員 (20407274) ; 河野 正充 和歌山県立医科大学, 医学部, 准教授 (20511570) ; 保富 宗城 和歌山県立医科大学, 医学部, 教授 (90336892)
• Project Period (FY): 2021-01-01 – 2024-03-31
• Keywords: microbiome / 16S / tonsil / 菌叢解析 / 扁桃炎 / 扁桃周囲膿瘍 / microbiota

Outline of Annual Research Achievements

アメリカ留学にて行った、菌叢解析に対するdry methodの日本への移入が実行できた。扁桃摘出術41症例より、扁桃表面スワブ、陰窩深部より吸引採取したdebris（生理食塩水200ulで調整し、一部はスワブを採取）、メスで無菌的に切り出した陰窩深部組織片を両側同時に採取した。扁桃表面と陰窩深部に生息する生菌の比較のため、病院検査での培養提出を行った。陰窩深部より採取したdebrisと組織片は、-30度保存し、検体がすべて集まった状態で、外注検査へ提出した。UCSD Microbiome Coreより得たデータを以下にて処理していく。
dryの解析環境をupdateし、おもにpythonコードを応用し、データ毎に開発環境を構築した。qiime2プロトコルは以下となる。UCSD MicrobiomeCoreでの検体処理として、QiitaへFASTQファイルをインポートし96wellデータより必要なサンプルのみをsplitする。次に150bpへのtrimming, デフォルト設定でのdeblurを経てBIOMファイルを作成する。次にこれらを初期データとして、ubuntu上でQiime2が稼働する
Virtual machine（ウィンドウズ10上）にてjupyter notebookを用いて、スクリプトを実行する。データはEBI-ENAに登録、公開することを前提としたフォーマットの確認を行う。
データベースの選定としては、green genes97%一致を優先して処理した。また、pythonスクリプトによる描出を、各フォーラムでの質疑、チュートリアルを参考に継続使用した。