2018 Fiscal Year Research-status Report

Evaluation of genetic factors for deterioration of primary open angle glaucoma

Research Project

Project/Area Number	17K11460
Research Institution	Kyoto Prefectural University of Medicine
Principal Investigator	森和彦京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (40252001)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	田代啓京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10263097) 中野正和京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (70381944) 池田陽子京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員講師 (00433243) 上野盛夫京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (40426531) 佐藤隆一京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (30717533) 吉井健悟京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (90388471) 今井浩二郎京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (70728443) 外園千恵京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30216585) 木下茂京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30116024)
Project Period (FY)	2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords	眼遺伝学 / 緑内障 / 重症度
Outline of Annual Research Achievements	定期的経過観察を行っている全広義POAG患者の視野検査結果をもとに緑内障重症例の判定方法を検討する。すなわち視野進行速度、HFA検査のAulhorn分類Greve変法病期、GP検査の湖崎分類病期、HFA緑内障進行判定プログラムによる検討を行った。また緑内障手術症例も重症化症例と規定できるため、同様に重症化要因として採用した。具体的には1）3回以上のHFA結果から作成したMD slope をもとに視野進行速度の中間値を求め、前後5％の症例を除いて進行速度の速い群と遅い群に分離する方法、2）HFA検査の視野障害程度による分類、3）Aulhorn分類Greve変法の病期が1段階進行するまでの期間によって生存曲線を作成し、その中間値をもとに前後5％の症例を除いて進行速度の速い群と遅い群に分離する方法、4）GPAによる進行判定を死亡と定義した生存曲線による方法、５）緑内障手術症例を重症例と規定する方法の検討を行った。また引き続いて再現性取得実験用の症例収集を行い、数十例の広義POAGを追加することができた。全ゲノム解析から取得したジェノタイピング生データを専用サーバーに注入後、緑内障重症例の判定方法別の各SNPのジェノタイプの頻度計算を実施した。その後、コールレートやマイナーアレル頻度の厳格なフィルターを設定し、高品質なデータを抽出する。抽出されたデータについてジェノタイプおよびアレル頻度に基づくカイ二乗検定を行い、P値を算出しケース群で有意なSNPを同定した。同定された上位のSNPについては、Hardy法則への適合を検証すると共に、全てのジェノタイピングのクラスター画像をチェックし、クラスター不良のデータは排除した。全てのフィルターをクリアしたSNPについては、そのSNP周辺の染色体情報をUCSCのゲノムブラウザを用いて解析した。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason ほぼ計画していた通りに種々の緑内障の重症度による分類法を検討することができた。また新たな緑内障症例をサンプルとして収集することができ、合わせて臨床情報も追加が可能であった。さらにいくつかの緑内障重症例の判定方法別に各SNPのジェノタイプの頻度計算を実施することができた。
Strategy for Future Research Activity	HFA以外の視野情報の統合化、ならびに各判定方法から得られたSNPのジェノタイプ頻度を比較検討し、より普遍的な重症度に関連するSNPを明らかにする。
Causes of Carryover	（理由）本年度に実施した緑内障重症度分類の検討が順調に進展し、ソフトウェアの更新費用ならびに消耗品費が当初の見込みよりも若干少額で済んだため。（使用計画）異なる視野検査法の統合を含めた重症度分類を検討し、重症化に寄与するSNPの重症度判定方法別の再現性を見るためのソフトウェアならびに消耗品費として適切に使用してゆきたいと考えている。