Screening of novel markers for drug sensitivity in clear cell renal cell carcinoma with deep kinome profiling

2018 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 17K15014
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Tumor diagnostics
• Research Institution: National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition
• Principal Investigator: Abe Yuichi 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 プロテオームリサーチプロジェクト, 協力研究員 (30731632)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: リン酸化プロテオミクス / キノーム / 薬剤感受性 / 淡明型腎細胞癌

Outline of Final Research Achievements

We performed primary culture from surgical tissues of clear cell renal cell carcinoma (ccRCC), and succeeded in cloning 25 cell lines. 11 clones out of the 25 cell lines were subjected to measurement of drug sensitivity asssay to Sunitinib, Axitinib, Everolimus, and Cabozantinib. We obserbed various patterns of drug sensitivity between each cell clone.
We conducted proteomic and phosphoproteomic analysis of the 10 clones of ccRCC primary cell lines. We identified 6,486 proteins and 33,652 phosphosites (including 21,407 class-1 sites) from the primary cell lines.
We further plan to integrate the proteomic and phosphoproteomic data, and calculate kinome activity profiling. Comparison of the kinome profiling will reveals modulated phosphosignalings that are speciific to resistant groups, and lead us novel candidates as markers for drug sensitivity. We further plan to perform functional analysis of those candidates in cell lines by using siRNA or CRISPR/Cas9 system.

Free Research Field

プロテオミクス

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

腎細胞癌は癌全体の3～5%を占めており、その発生率は毎年2%ずつ増加している。そのため、効率的な淡明腎細胞癌への治療戦略の構築は公衆衛生学的に大きな意義がある。本研究により患者の臨床情報と淡明腎細胞癌キノーム特性との関連に対する理解が深まり、より効率的なマルチキナーゼ標的薬による治療法の構築が期待される。またキノームは他の癌腫でも重要な治療標的として認識されているため、本研究で構築する高深度キノーム解析系は他の癌腫にも応用できる。すなわち本研究計画を遂行する事でキナーゼを標的としたプレシジョンメディスン（精密医療）の成立に繋がり、国民医療費の大幅な低減に貢献できる意義がある。