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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Understanding mechanisms of establishment and maintenance of coral holobiont

Research Project

Project/Area Number 17KT0027
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

新里 宙也  東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山下 洋  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水研機構(長崎), 主任研究員 (00583147)
將口 栄一  沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (90378563)
安岡 有理  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 研究員 (70724954)
鈴木 豪  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水研機構(長崎), 主任研究員 (30533319)
座安 佑奈  沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (50746691)
Project Period (FY) 2017-07-18 – 2021-03-31
Keywordsサンゴ / 褐虫藻 / ゲノム / 共生
Outline of Annual Research Achievements

一つの生物は様々な生命体が複雑に絡み合って成立しており、あたかも一つの生物のように振る舞う生命体は、まとめて「ホロビオント」という言葉で形容されている。地球上で最も生物多様性豊かな環境の一つであるサンゴ礁は、サンゴ-褐虫藻共生体のホロビオントが生み出した賜である。本研究ではサンゴと褐虫藻のゲノム解析や遺伝子機能解析、サンゴと褐虫藻の共生を実験的に再現するシステムを結集・融合して、複雑なサンゴ“ホロビオント”構成原理の解明に挑んだ。
褐虫藻との共生に関わる遺伝子を、ミドリイシ属サンゴのゲノム情報から探索するため、褐虫藻と共生する前のミドリイシ属サンゴの幼生に異なる褐虫藻株を感染させ、遺伝子発現変動を次世代シーケンサーにより網羅的に解析し、比較した。その結果、褐虫藻との共生に重要な役割を果たしている遺伝子群の候補をサンゴのゲノムから特定し、これらの機能推定や進化的背景を議論した。共生に関わる遺伝子群の中で、特にミドリイシ属で独自に進化してきたと考えられる遺伝子について、ミドリイシサンゴの受精卵を用いた遺伝子機能解析にも取り組んだ。
我々がこれまでにゲノムを解読した、毎世代褐虫藻を環境中から獲得するミドリイシ属サンゴに加え、ミドリイシ属と系統的に近縁だが親から褐虫藻を受け継ぐサンゴ(コモンサンゴ属)2種のゲノム解読を行うことができた。さらに、ミドリイシ属サンゴから単離された褐虫藻株のゲノムを解読した。サンゴに共生する褐虫藻ゲノムの代謝系酵素遺伝子のレパートリーについて、宿主であるミドリイシ属サンゴのゲノムと比較した。サンゴが持っていない代謝経路の遺伝子群を褐虫藻は保持しており、宿主と共生体の協調関係、ホロビオントの概要をゲノムレベルから明らかにすることができた。

  • Research Products

    (9 results)

All 2021 2020

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Correlation between Organelle Genetic Variation and RNA Editing in Dinoflagellates Associated with the Coral Acropora digitifera2020

    • Author(s)
      Shoguchi Eiichi、Yoshioka Yuki、Shinzato Chuya、Arimoto Asuka、Bhattacharya Debashish、Satoh Noriyuki
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 12 Pages: 203~209

    • DOI

      10.1093/gbe/evaa042

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] De novo transcriptome assembly from the gonads of a scleractinian coral, Euphyllia ancora: molecular mechanisms underlying scleractinian gametogenesis2020

    • Author(s)
      Chiu Yi-Ling、Shikina Shinya、Yoshioka Yuki、Shinzato Chuya、Chang Ching-Fong
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 21 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s12864-020-07113-9

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Whole-Genome Transcriptome Analyses of Native Symbionts Reveal Host Coral Genomic Novelties for Establishing Coral?Algae Symbioses2020

    • Author(s)
      Yoshioka Yuki、Yamashita Hiroshi、Suzuki Go、Zayasu Yuna、Tada Ipputa、Kanda Miyuki、Satoh Noriyuki、Shoguchi Eiichi、Shinzato Chuya
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 13 Pages: -

    • DOI

      10.1093/gbe/evaa240

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Eighteen Coral Genomes Reveal the Evolutionary Origin of Acropora Strategies to Accommodate Environmental Changes2020

    • Author(s)
      Shinzato Chuya、Khalturin Konstantin、Inoue Jun、Zayasu Yuna、Kanda Miyuki、Kawamitsu Mayumi、Yoshioka Yuki、Yamashita Hiroshi、Suzuki Go、Satoh Noriyuki
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 38 Pages: 16~30

    • DOI

      10.1093/molbev/msaa216

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Using genomics to reveal novel insights into coral biology2021

    • Author(s)
      Chuya Shinzato
    • Organizer
      Genome Concept Centennial Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] サツマハオリムシの全ゲノム解読と遺伝子予測2021

    • Author(s)
      吉田悠、善岡祐輝、八巻鮎太、佐々木章、井上広滋、新里宙也
    • Organizer
      令和3年度日本水産学会春季大会
  • [Presentation] 18種のミドリイシ科サンゴの全ゲノム解読が明らかにする,ミドリイシ属の環境適応戦略2020

    • Author(s)
      新里宙也、Konstantin Khalturin 、井上潤、座安佑奈、神田美幸、川満真由美、善岡祐輝、山下洋、鈴木豪、佐藤矩行
    • Organizer
      日本サンゴ礁学会第23回大会
  • [Presentation] 造礁サンゴ、コユビミドリイシのゲノムワイドSNPを用いた、南西諸島における集団構造解析2020

    • Author(s)
      土屋考人、座安佑奈、中島祐一、鈴木豪、佐藤矩行、新里宙也
    • Organizer
      日本サンゴ礁学会第23回大会
  • [Presentation] 高精度な比較ゲノムを可能とするミドリイシ科サンゴからの遺伝子モデル構築2020

    • Author(s)
      善岡祐輝、山下洋、鈴木豪、新里宙也
    • Organizer
      日本サンゴ礁学会第23回大会

URL: 

Published: 2022-12-28  

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