2007 Fiscal Year Annual Research Report
符号および遺伝子解析実験に共在する組合せ構造とアルゴリズムの研究
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18340024
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
神保 雅一 Nagoya University, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50103049)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
間瀬 茂 東京工業大学, 情報理工学研究科, 教授 (70108190)
松本 裕行 名古屋大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00190538)
太田 克弘 慶應義塾大学, 理工学研究科, 教授 (40213722)
栗木 進二 大阪府立大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00167389)
三嶋 美和子 岐阜大学, 工学部, 准教授 (00283284)
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| Keywords | 組合せデザイン / LDPC符号 / 遺伝子情報解析 / ベイジアンネットワーク / conflict-avoiding code |
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| Research Abstract |
本年度は、暗号の分野で研究されているfingerprinting codeの構成法と追跡アルゴリズムに注目し、グループテストを用いた新しい追跡アルゴリズムを提案した。このアルゴリズムはLDPC符号あるいはDNA library screeningにおけるpositive識別アルゴリズムと同様のアルゴリズムであり、fingerprint codeの長さが比較的短くても効率よく改ざん者を見つけることが可能である。本研究テーマは、平成20年度も継続し、LDPCなどと比較しながら、共通する組合せ構造を見出していく。
また、すでに得ているDNA library screeningのpositive識別アルゴリズムの良さを様々な観点からシミュレーションにより精査し、本年度、IEEE/ACM bioinformaticsに掲載可となった。これに関連して、現在、CCCPと呼ばれるアルゴリズムを用いたpositive識別アルゴリズムについてもその有効性を示し、論文として投稿中である。
今まで、LDPC符号とDNA library screenigの識別アルゴリズムの類似性に注目して研究をしてきたが、今年度、新たに、fingerprinting codeにも同様に共通する組合せ構造が内在することを見出した。今後、これらに共通する組合せ構造に注目し、グループテストが有用な場合の組合せ論的特徴を見出してゆきたい。
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