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2019 Fiscal Year Annual Research Report

New modeling and mathematical analysis for pattern formations in life sciences

Research Project

Project/Area Number 18H01139
Research InstitutionRyukoku University

Principal Investigator

森田 善久  龍谷大学, 理工学部, 教授 (10192783)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 宮路 智行  京都大学, 理学研究科, 准教授 (20613342)
村川 秀樹  龍谷大学, 理工学部, 准教授 (40432116)
李 聖林  広島大学, 理学研究科, 准教授 (50620069)
神保 秀一  北海道大学, 理学研究院, 教授 (80201565)
岩見 真吾  九州大学, 理学研究院, 准教授 (90518119)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywordsチューリング不安定性 / 細胞極性モデル / 反応拡散方程式 / パターン形成 / 細胞接着モデル / ウィルス感染モデル / 安定性解析 / フロント波の伝播
Outline of Annual Research Achievements

研究課題に関連した以下のような成果をあげた。
1)研究代表者の森田は、 細胞質と細胞膜の間の反応を考慮したときに導入されるバルク-表面拡散(bulk-surface diffusion) 系の数理モデルにおいて、具体的な領域におけるチューリング不安定性の条件を決定した。パターン形成の理論において基礎的かつ重要な結果として位置付けられる。この成果は論文として出版されている。2)森田は、半直線上でのフロント波の伝播現象を特徴付ける新しい全域解の存在について証明し、その成果の論文は出版される予定である(すでに電子版は公開中)。3)分担者の神保は、3つの半直線をY字状に繋いだ領域において、Allen-Cahnモデルのフロント波の伝播が非常にゆっくりと起こることを示した。遷移層の伝播において、複数の伝達媒体が交差する箇所が果たす役割について今後の研究が期待される成果である。4)分担者の李は、細胞極性が生じるメカニズムにおいて、生化学物質の拡散が引き起こす重要な役割について数理モデルの研究から明らかにし、その成果の論文は出版される予定である。5)分担者の村川は、細胞集団の細胞接着モデルの数値解法を詳しく研究し、数値誤差や近似解の収束について数学的な結果を得た。6)分担者の宮路は、計算位相幾何学の手法を生体信号分析に応用する例を得た。7)分担者の岩見は、免疫不全ウィルスの細胞感染ダイナミクスにおけるSHIV-#64 やSHIV-KS661 の量的分析に、CD4+T 細胞の量を評価する手法を発展させた。数理モデルのパラメータを決めるのに非常に重要な成果であり、その結果は論文として公表されている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究課題の具体的な問題として設定していた細胞極性の数理モデルおけるチューリングタイプの不安定化の理論が構築でき、研究は進展している。また、関連してバルク-表面拡散系のモデルについても解析が進んでおり今後の進展が大いに期待できる。一方、間接的に関連した問題についてもいくつか成果が得られており、順調に進展していると評価できる。

Strategy for Future Research Activity

以下のような課題について、セミナーや研究打合せを行いながら研究を進めていく。また、関連した研究をしている専門家を招いて情報交換を行う。
1)高次元の細胞極性モデルの解が示す空間パターンの形状について詳しい解析を進める。2)バルク-表面拡散モデル系の研究を細胞極性モデルの解析に応用する。3)ウイルス感染の空間的効果を取り入れた数理モデルを構築し、感染伝播についての研究を進める。

  • Research Products

    (23 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 11 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 10 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Graz(オーストリア)

    • Country Name
      AUSTRIA
    • Counterpart Institution
      University of Graz
  • [Int'l Joint Research] Univ. Paris-Sud(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Univ. Paris-Sud
  • [Journal Article] Turing type instability in a diffusion model with mass transport on the boundary2020

    • Author(s)
      Morita Yoshihisa、Kunimochi Sakamoto
    • Journal Title

      Discrete & Continuous Dynamical Systems - A

      Volume: 40 Pages: 3813~3836

    • DOI

      10.3934/dcds.2020160

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Asymmetric cell division from a cell to cells: Shape, length, and location of polarity domain2020

    • Author(s)
      Seirin‐Lee Sungrim
    • Journal Title

      Development, Growth & Differentiation

      Volume: 62 Pages: 188~195

    • DOI

      10.1111/DGD.12652

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transitions to slow or fast diffusions provide a general property for in-phase or anti-phase polarity in a cell2020

    • Author(s)
      S. Seirin-Lee, T.Sukekawa , T. Nakahara, H. Ishii, S-I. Ei,
    • Journal Title

      Journal of Mathematical Biology

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1007/s00285-020-01484-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multifarious Eruptions of Urticaria Solved by A Simple Mathematical Equation2020

    • Author(s)
      S. Seirin-Lee, Y. Yanase, S. Takahagi, M. Hide
    • Journal Title

      PLOS Computational Biology

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1007590.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Asymptotic behavior of eigenfrequencies of a thin elastic rod with non-uniform cross-section2020

    • Author(s)
      JIMBO Shuichi、RODR?GUEZ MULET Albert
    • Journal Title

      Journal of the Mathematical Society of Japan

      Volume: 72 Pages: 119~154

    • DOI

      10.2969/jmsj/81198119

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Entire solutions of the Fisher-KPP equation on the half line2019

    • Author(s)
      LOU BENDONG、LU JUNFAN、MORITA YOSHIHISA
    • Journal Title

      European Journal of Applied Mathematics

      Volume: - Pages: 1~16

    • DOI

      10.1017/S0956792519000093

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Role of dynamic nuclear deformation on genomic architecture reorganization2019

    • Author(s)
      Seirin-Lee Sungrim、Osakada Fumitaka、Takeda Junichi、Tashiro Satoshi、Kobayashi Ryo、Yamamoto Takashi、Ochiai Hiroshi
    • Journal Title

      PLOS Computational Biology

      Volume: 15 Pages: e1007289-

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1007289

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] N-Cadherin Orchestrates Self-Organization of Neurons within a Columnar Unit in the Drosophila Medulla2019

    • Author(s)
      Trush Olena、Liu Chuyan、Han Xujun、Nakai Yasuhiro、Takayama Rie、Murakawa Hideki、Carrillo Jose A.、Takechi Hiroki、Hakeda-Suzuki Satoko、Suzuki Takashi、Sato Makoto
    • Journal Title

      The Journal of Neuroscience

      Volume: 39 Pages: 5861~5880

    • DOI

      10.1523/JNEUROSCI.3107-18.2019

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A population dynamics model of cell-cell adhesion incorporating population pressure and density saturation2019

    • Author(s)
      Carrillo Jose A.、Murakawa Hideki、Sato Makoto、Togashi Hideru、Trush Olena
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 474 Pages: 14~24

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2019.04.023

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The machinery for endocytosis of epidermal growth factor receptor coordinates the transport of incoming hepatitis B virus to the endosomal network2019

    • Author(s)
      Iwamoto Masashi、Saso Wakana、Nishioka Kazane、Ohashi Hirofumi、Sugiyama Ryuichi、Ryo Akihide、Ohki Mio、Yun Ji-Hye、Park Sam-Yong、Ohshima Takayuki、Suzuki Ryosuke、Aizaki Hideki、Muramatsu Masamichi、Matano Tetsuro、Iwami Shingo、Sureau Camille、Wakita Takaji、Watashi Koichi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 295 Pages: 800~807

    • DOI

      10.1074/jbc.AC119.010366

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Revealing uninfected and infected target cell dynamics from peripheral blood data in highly and less pathogenic simian/human immunodeficiency virus infected Rhesus macaque2019

    • Author(s)
      Hara Akane、Iwanami Shoya、Ito Yusuke、Miura Tomoyuki、Nakaoka Shinji、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 479 Pages: 29~36

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2019.07.005

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Pattern formation in reaction-diffusion models with mass conservation law2019

    • Author(s)
      Yoshihisa Morita
    • Organizer
      Workshop on emerging areas in reaction-diffusion systems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Blocking of propagation in a bistable reaction-diffusion equation in a star a graph2019

    • Author(s)
      Yoshihisa Morita
    • Organizer
      International Conference on Elliptic and Parabolic Problems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Patterns induced by diffusion in reaction-diffusion systems with mass conservation2019

    • Author(s)
      Yoshihisa Morita
    • Organizer
      9th International Congress on Industrial and Applied Mathematics - ICIAM 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Time entire solution of the Allen-Cahn equation in the star graph2019

    • Author(s)
      神保 秀一
    • Organizer
      日本数学会(企画特別講演)
    • Invited
  • [Presentation] Y-shaped graph and time entire solutions of the Allen-Cahn equation2019

    • Author(s)
      Shuichi Jimbo
    • Organizer
      Workshop on New Trends in Variational Models
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Application of A Topological Computation Method to Biomedical Signals2019

    • Author(s)
      Tomoyuki Miyaji
    • Organizer
      大阪大学MMDS主催ワークショップ「工学と数学との接点を求めて」
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A population dynamics model of cell-cell adhesion and its numerical analysis2019

    • Author(s)
      Hideki Murakawa
    • Organizer
      European Numerical Mathematics and Advanced Applications Conference 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Modeling and numerical analysis for cell-cell adhesion2019

    • Author(s)
      Hideki Murakawa
    • Organizer
      9th International Congress on Industrial and Applied Mathematics - ICIAM 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] How IFN-α changes cccDNA decay rate in HBV infection2019

    • Author(s)
      Shingo Iwami
    • Organizer
      The 4th Workshop on Virus Dynamics in Paris
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mathematical modeling and quantifying virus dynamics in cell culture2019

    • Author(s)
      Shingo Iwami
    • Organizer
      9th International Congress on Industrial and Applied Mathematics - ICIAM 2019
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2021-01-27  

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