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2021 Fiscal Year Annual Research Report

New modeling and mathematical analysis for pattern formations in life sciences

Research Project

Project/Area Number 18H01139
Research InstitutionRyukoku University

Principal Investigator

森田 善久  龍谷大学, 先端理工学部, 教授 (10192783)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 宮路 智行  京都大学, 理学研究科, 准教授 (20613342)
村川 秀樹  龍谷大学, 先端理工学部, 准教授 (40432116)
李 聖林  京都大学, 高等研究院, 教授 (50620069)
神保 秀一  北海道大学, 理学研究院, 特任教授 (80201565)
岩見 真吾  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (90518119)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywordsパターン形成 / 反応拡散方程式 / チューリング不安定性 / 定在波 / 非局所効果 / 保存則 / 生物モデル / 非線形偏微分方程式
Outline of Annual Research Achievements

以下のような成果を上げた.1) 細胞膜が外部の物質を取り入れるときにできるひだ状の突起の生成とその運動メカニズムをモデル化した保存量を持つ反応拡散系について,森田は共同研究者とこの方程式系の定常解について研究し,保存する積分量の与え方によって,非定数な定常解が3種類に分類できることを示した.2) 森田と分担者の神保は,非有界な2つの星状グラフを線分でつないてできるメトリックグラフにおける反応拡散方程式のフロント波の伝播とブロッキングについて研究を行った.このようなグラフの持つ樹状構造は生体内でよく見受けられ,今回の研究は,今後生命現象に関連した問題に発展することが期待できる.3) 森田は共同研究者と星状グラフ上のLotka-Volterra拡散競合系モデルについて進行フロント波の伝播とブロッキングについて研究を行った.この研究は生物の棲み分けパターンの新しいメカニズムを明らかにした研究として位置付けることができる.4) 分担者の村川は細胞接着力と細胞膜の表面張力の関係について,数理と実験の両側面から研究した.単純な原理のみからなる微視的現象に対する数理モデル及び数値解法を構成し,上皮細胞の形態形成を例にその手法の有用性を確かめた.5)分担者の岩見はモデル駆動型とデータ駆動のアプローチを融合させたデータ解析手法を開発した.特に,異なる階層をまたいで創発する現象を齢構造をもつ偏微分方程式により定式化した.6)分担者の李は細胞の極性形成の現象に対して細胞の幾何学的性質とパターン形成の関係性を明らかにする数理モデルの構築を目指し,その細胞の配列のメカニズムを記述できる数理モデリング手法の開発に成功した.

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (25 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 6 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 12 results)

  • [Journal Article] Front propagation and blocking for the competition-diffusion system in a domain of half-lines with a junction2023

    • Author(s)
      Y. Morita, K. Nakamura and T. Ogiwara
    • Journal Title

      Discrete Contim. Dyn. Syst. Series B

      Volume: 未定 Pages: 未定

    • DOI

      10.3934/dcdsb.2022136

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Asymptotic behavior of the eigenfrequencies of a thin elastic rod with non-uniform cross-section of extremely oblate shape2023

    • Author(s)
      S. Jimbo, E. Ushikoshi, H. Yoshihara,
    • Journal Title

      Calc. Var. PDE

      Volume: 62 Pages: 未定

    • DOI

      10.1007/s00526-022-02325-1

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Standing waves of reaction-diffusion equations on an unbounded graph with two vertices2022

    • Author(s)
      S. Iwasaki, S. Jimbo, Y. Morita
    • Journal Title

      SIAM J. Appl. Math.

      Volume: 82 Pages: 1733-1763

    • DOI

      10.1137/21m1454572

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A numerical algorithm for modeling cellular rearrangements in tissue morphogenesis2022

    • Author(s)
      Rhudaina Z Mohammad, Hideki Murakawa, Karel Svadlenka, Hideru Togashi
    • Journal Title

      Communications biology

      Volume: 5(1) Pages: 239

    • DOI

      10.1142/S0218202520500487

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Antithetic effect of interferon-α on cell-free and cell-to-cell HIV-1 infection2022

    • Author(s)
      R. Kumata, S. Iwanami, K.B. Mar, Y. Kakizoe, N. Misawa, S. Nakaoka, Y. Koyanagi, A.S. Perelson, J.W. Schoggins, S. Iwami, K. Sato
    • Journal Title

      PLOS Computational Biology

      Volume: 18 Pages: e1010053

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1010053

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Maternal embryonic leucine zipper kinase (MELK) optimally regulates the HIV-1 uncoating process2022

    • Author(s)
      T. Nishiyama, T. Takada, H. Takeuchi, S. Iwami
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 545 Pages: 111152

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2022.111152

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Estimation of timing of infection from longitudinal SARS-CoV-2 viral load data: mathematical modelling study2022

    • Author(s)
      K. Ejima, K.S. Kim, A.I. Bento, S. Iwanami, Y. Fujita, K. Aihara, K. Shibuya, S. Iwami
    • Journal Title

      BMC Infectious Diseases

      Volume: 22 Pages: 656

    • DOI

      10.1186/s12879-022-07646-2

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Designing isolation guidelines for COVID-19 patients with rapid antigen tests2022

    • Author(s)
      Y.D. Jeong, K. Ejima, K.S. Kim, J. Woo, S. Iwanami, Y. Fujita, IH. Jung, K. Aihara, K. Shibuya, S. Iwami, A.I. Bento, M. Ajelli
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 4910

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32663-9

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The extra-embryonic space and the local contour are critical geometric constraints regulating cell arrangement2022

    • Author(s)
      S. Seirin-Lee, K. Yamamoto, A. Kimura
    • Journal Title

      Development

      Volume: 149 Pages: dev200401

    • DOI

      10.1242/dev.200401

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 細胞選別の数理モデル : ミクロ的視点とマクロ的視点2021

    • Author(s)
      村川 秀樹
    • Journal Title

      数理科学

      Volume: 59(9) Pages: 30-36

  • [Presentation] Front propagation and blocking for reaction-diffusion equations on unbounded metric graphs2022

    • Author(s)
      Yoshihisa Morita
    • Organizer
      NCTS Webinar on Nonlinear Evolutionary Dynamics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] メトリックグラフ上の反応拡散モデル2022

    • Author(s)
      森田 善久
    • Organizer
      非線形現象の数値シミュレーションと解析2022
    • Invited
  • [Presentation] メトリックグラフ上の Heat Kernel II2022

    • Author(s)
      神保 秀一
    • Organizer
      非線形現象の数値シミュレーションと解析ミニ研究会
    • Invited
  • [Presentation] 特異的領域変形と楕円型作用素の固有値の挙動2022

    • Author(s)
      神保 秀一
    • Organizer
      第8回偏微分方程式レクチャーシリーズ
    • Invited
  • [Presentation] メトリックグラフ上の Heat Kernel2022

    • Author(s)
      神保 秀一
    • Organizer
      非線形現象の数値シミュレーションと解析
    • Invited
  • [Presentation] Semilinear parabolic equation in a simple unbounded metric graph2022

    • Author(s)
      神保 秀一
    • Organizer
      北東数学解析研究会
    • Invited
  • [Presentation] 「市松模様を作る細胞」実験生物学と理論のDUOトーク2022

    • Author(s)
      村川秀樹
    • Organizer
      生物多様性コロキウム (MACS共催)
    • Invited
  • [Presentation] Singular deformation of domains and several spectral problems2021

    • Author(s)
      Shuichi Jimbo
    • Organizer
      Mini-courses in Mathematical Analysis 2021, Padova University
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Semilinear parabolic equations in a simple unbounded graph2021

    • Author(s)
      神保 秀一
    • Organizer
      第17回非線型の諸問題
    • Invited
  • [Presentation] 細胞間接着の数理モデリング とその応用2021

    • Author(s)
      村川秀樹
    • Organizer
      複雑系知能セミナー
    • Invited
  • [Presentation] Micro-and macroscopic models for cell sorting2021

    • Author(s)
      村川秀樹
    • Organizer
      CREST 「現代の数理科学と連携するモデリング手法の構築」 成果報告公開シンポジウム 2021
  • [Presentation] 細胞選別の数理モデル:ミクロ的視点とマクロ的視点2021

    • Author(s)
      村川秀樹
    • Organizer
      2021年度 日本数理生物学会年会
  • [Presentation] Mathematical models of cell sorting: micro- and macroscopic perspectives2021

    • Author(s)
      H. Murakawa
    • Organizer
      54th Annual Meeting of Japan Society of Developmental Biologists
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamics of cells and polarity in early development2021

    • Author(s)
      S. Seirin-Lee
    • Organizer
      ReaDiNet 2021: An Online Conference on Recent Topics in Reaction-Diffusion System, Biology, Medicine and Chemistry
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Cell polarity, shape, and flow2021

    • Author(s)
      S. Seirin-Lee
    • Organizer
      RIMS workshop for Mathematical methods for the studies of flow, shape, and dynamics
    • Invited

URL: 

Published: 2023-12-25  

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