2020 Fiscal Year Annual Research Report
比較ゲノム解析による主要ヒノキ科樹種のゲノム構造の解明
| Project/Area Number |
18H02234
|
|---|
| Research Institution | Niigata University |
|---|
Principal Investigator |
森口 喜成 新潟大学, 自然科学系, 准教授 (60644804)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
Worth James 国立研究開発法人森林研究・整備機構, 森林総合研究所, 主任研究員 等 (30770771)
松本 麻子 国立研究開発法人森林研究・整備機構, 森林総合研究所, 主任研究員 等 (90353862)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| Keywords | 連鎖地図 / ヒノキ科 / 比較マッピング |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
ヒノキの連鎖解析には、中7号ｘ中10号の交配で得られた153個体および交配親2個体を用いた。RAD-seq法で得られた2,682個のRADマーカー、交配親の針葉由来のRNA-Seq法で収集した配列情報から作成した41個のEST-SSRマーカー、RNA-Seq法により得られたヒノキのコンティグ配列からスギにOrthologousな配列を探索して作成した164個のOr_SNPマーカーを連鎖地図の構築に使用した。連鎖解析の結果、1,973個のマーカー（1,790個のRADマーカー、39個のEST-SSRマーカー、144個のOr_SNPマーカー）が座乗する11個の連鎖群からなる連鎖地図を構築できた。一方、ヒバの連鎖地図構築には、No.8-3号×No.10-2号の交配で得られた188個体および交配親2個体のDNAを用いた。RAD-seq法で得られた2,752個のRADマーカー、RNA-Seq法により得られたヒバのコンティグ配列からスギ・ヒノキにOrthologousな配列を探索して作成した168個のOr_SNPマーカーを使用して連鎖地図を構築した。連鎖解析の結果、1,556個のマーカー（1,406個のRADマーカー、150個のOr_SNPマーカー）が座乗する11連鎖群からなる連鎖地図が構築できた。これらの結果を元に、スギとヒノキ、スギのヒバ、ヒノキとヒバの３つの組み合わせで、それぞれshinyCircosソフトウェアで連鎖地図の比較を行った結果、複数の転座や逆位を検出することができた。
|
| Research Progress Status |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
|
