2018 Fiscal Year Annual Research Report
長鎖シークエンス技術を用いた肝癌の転写異常の包括的解析
| Project/Area Number |
18H02680
|
|---|
| Research Institution | Kyoto University |
|---|
Principal Investigator |
藤本 明洋 京都大学, 医学研究科, 特定准教授 (30525853)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
|
| Keywords | 転写産物 / 長鎖シークエンス |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
肝癌は、世界の癌死の第３位に挙げられる予後不良の癌である。肝癌の発症機序解明や治療ターゲットの発見のために、多くのゲノム研究、転写産物の研究が行われてきた。しかしながら、それらの多くの研究は、読み取り長が短い（短鎖）の第２世代シークエンサーを用いて行われてきた。短鎖シークエンス技術には、短鎖であるが故の原理的限界があり、変異や転写産物の全貌を明らかにすることができない。本研究では、長鎖シークエンス技術を用いて、肝癌の転写異常や変異の全貌を包括的に明らかにし、肝癌発症のメカニズムの解明、治療標的の探索を行う。
シークエンスには、Oxford nanoporeシークエンサーを用いることにした。ライブラリ構築手法の検討を行い、最適なライブラリ構築法を決定した。条件検討のため、細胞株から抽出したRNAからcDNAを作成し、シークエンスを行った。短鎖法と比較した結果、発現量はよく一致していた。また、融合遺伝子や新規スプライシングバリアント、エクソン長の変化を検出する手法を開発し、実験的検証を行った。以上の研究により、実験手法およびデータ解析手法をほぼ確立できたと考えている。
臨床サンプルの解析に着手しており、融合遺伝子や新規スプライシングバリアント、エクソン長の変化が検出されている。実験的検証を行った結果、精度よく転写異常が検出されていることが示唆されていた。2019年度は、症例数を増やし、発がんやがんの進展に意義のある転写因子の検出を目指す。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
実験手法の最適化およびデータ解析手法の確立がほぼ終了している。今後症例数を増やす準備が整ったと考えられ、予定通りの進展が見られたと考えている。
|
| Strategy for Future Research Activity |
今後は、症例数を増やして解析を行う。症例数を増やした結果、現在の解析の問題が発見されることも予想され、試行錯誤が必要になると考えられる。また、機能的意義がある発見が見られた場合、分子生物学的解析にも着手する。
|
-
[Journal Article] Clinical utility of androgen receptor gene aberrations in circulating cell-free DNA as a biomarker for treatment of castration-resistant prostate cancer.2019
Author(s)
Sumiyoshi T, Mizuno K, Yamasaki T, Miyazaki Y, Makino Y, Okasho K, Li X, Utsunomiya N, Goto T, Kobayashi T, Terada N, Inoue T, Kamba T, Fujimoto A, Ogawa O, Akamatsu S
-
Journal Title
Sci Rep
Volume: 9
Pages: 4030
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
[Journal Article] Whole Genome Sequencing of a Vietnamese Family from a Dioxin Contamination Hotspot Reveals Novel Variants in the Son with Undiagnosed Intellectual Disability.2018
Author(s)
Nguyen DT, Nguyen HH, Nguyen TD, Nguyen TTH, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Nguyen VB, Nguyen DB, Le BQ, Wong JH, Tsunoda T, Nakagawa H, Fujimoto A*, Nong VH
-
Journal Title
Int J Environ Res Public Health
Volume: 15
Pages: 2629
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
[Journal Article] Whole genome sequencing and mutation rate analysis of trios with paternal dioxin exposure2018
Author(s)
Ton ND, Nakagawa H, Ha NH, Duong NT, Nhung VP, Hien LTT, Hue HTT, Hoang NH, Wong JH, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Tsunoda T, Fujimoto A*, Van Hai N.
-
Journal Title
Hum Mutat.
Volume: 10
Pages: 1384-1392
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
-
[Journal Article] IMSindel: An accurate intermediate-size indel detection tool incorporating de novo assembly and gapped global-local alignment with split read analysis.2018
Author(s)
Shigemizu D, Miya F, Akiyama S, Okuda S, Boroevich KA, Fujimoto A, Nakagawa H, Ozaki K, Niida S, Kanemura Y, Okamoto N, Saitoh S, Kato M, Yamasaki M, Matsunaga T, Mutai H, Kosaki K, Tsunoda T
-
Journal Title
Sci Rep
Volume: 8
Pages: 10367
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
-
-
-
-
-
