長鎖シークエンス技術を用いた肝癌の転写異常の包括的解析

2020 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18H02680
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 藤本 明洋 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (30525853)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 肝癌 / 長鎖シークエンス / トランスクリプトーム

Outline of Annual Research Achievements

肝癌は、世界の癌死の第３位に挙げられる予後不良の癌であり、有効な治療法の確立が急務である。これらの疾患の発症機序解明や治療ターゲットの発見のために、多くのゲノム、転写産物の研究が行われてきた。申請者らも、国際がんゲノムコンソーシアムの研究に参加し、肝癌の全ゲノムシークエンスを行ってきた。これらの研究により、肝癌の変異や転写産物が包括的に明らかとなり、肝癌のドライバー遺伝子、HBVゲノムのヒトゲノムへの挿入、HBVとヒトの融合遺伝子などが発見されてきた。しかし、それらの先行研究は、短鎖（リード長が短い）の次世代シークエンサー（NGS）を用いて行われており、リピートを介した構造異常の検出や、転写産物の全長の解析が不可能であった。申請者らは、この問題点を解決するために、長鎖シークエンサーを用いたゲノム／転写産物解析に取り組んだ。
長鎖シークエンスを用いたトランスクリプトームの解析手法（SPLICEソフトウエア）を開発するとともに、肝癌および非癌部肝臓42ペア（そのうちHBV陽性 16ペア）の転写産物の解析をおこなった。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ソフトウエアを開発した。また、配列解析もほぼ終了してる。引き続き分子生物学実験を行う予定である。

Strategy for Future Research Activity

肝癌のドライバー遺伝子候補を同定したため、それらの機能的意義解明のため、過剰発現実験を行う。また、論文を作成する。