2020 Fiscal Year Annual Research Report
Development of reasoning technology of open data to contribute aging studies
| Project/Area Number |
18H03298
|
|---|
| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
|---|
Principal Investigator |
桝屋 啓志 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, 室長 (40321814)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
古崎 晃司 大阪電気通信大学, 情報通信工学部, 教授 (00362624)
小林 紀郎 国立研究開発法人理化学研究所, 情報システム本部, ユニットリーダー (20415160)
山田 一作 公益財団法人野口研究所, 研究部, プロジェクトリーダー (50370185)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| Keywords | オントロジー / 推論 / 老化 / LOD / 化合物 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
加齢による生理変化と病的因子によって進行する病的老化に分けて、約350の概念を記述した老化オントロジーを作成した。老化において観察される機能の低下、病名等を、症状、原因と関連づけて分類した。本オントロジーは、後述の検索システムのクエリに利用する目的で利用する。
さらに、2年間の成果をまとめて1つのツールとするプロトタイプを作成した。本ツールは、オントロジーに基づいて作成された複雑なクエリをバッチ検索として実行し、膨大な文献情報に対して、検索キーワードに対する、遺伝子、バイオリソース、疾患、代謝産物、薬剤等との関連度情報をResource Description Framework (RDF)あるいはそれに準ずる形式で出力し、その結果を老化研究に資するOpen Linked Dataとして公開できるように設計されており、老化関連データを検索するシステム Aging Minerとして公開予定である。
検索ジョブには、検索式、ターゲット検索経路を最大500組投入でき、検索経路は(A) 文献→データセット、(B) 文献→データセット→データセット、(C)文献→データセット→データセット→データセットの経路のいずれかを選ぶことが可能である。検索結果はJSON, JSON-LD, および ttl形式で出力される。これを用いることで、老化に紐づく遺伝子、バイオリソース、疾患、代謝産物、薬剤等を、根拠となる論文との関連性も含めた結果をRDFとして出力し、その知識を記述したRDFを様々なシステムで運用可能となる。
|
| Research Progress Status |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
|
