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2020 Fiscal Year Annual Research Report

New development of genome editing technologies and disease models

Research Project

Project/Area Number 18H03974
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

真下 知士  東京大学, 医科学研究所, 教授 (80397554)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 吉見 一人  東京大学, 医科学研究所, 講師 (50709813)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywordsゲノム編集 / 診断薬 / CRISPR-Cas3 / オフターゲット / 受精卵 / 疾患モデル / DNA修復
Outline of Annual Research Achievements

CRISPR-Cas9を利用することで培養細胞やモデル動物において効率的に遺伝子改変ができるようになったが、未だオフターゲット変異などの安全性や特許紛争などの課題がある。本研究では、新規ゲノム編集技術CRISPR-Cas3を用いることで、哺乳動物培養細胞および実験動物受精卵での効率的なゲノム編集法を確立することが目的である。さらに、このゲノム編集技術CRISPR-Cas3によるDNA切断、およびDNA修復メカニズムを解明することで、ゲノム編集の効率化およびオフターゲット変異の評価等を行う。最後に、確立した新規ゲノム編集技術CRISPR-Cas3を利用して、ヒト遺伝性疾患のex vivo治療、in vivo治療モデルを開発する。本研究により、新しいヒト疾患モデル動物の開発、および新たなゲノム編集治療における革新的基盤技術の開発を目指している。
これまでの研究成果は、論文として取りまとめて投稿している。関連する研究内容を査読付き英文論文12編、国内図書7編に取りまとめた。Cas3タンパク質を製造する方法(特願2021-31907)について、特許出願を行った。その他、招待講演として国際2回、国内7回の講演を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

新規ゲノム編集技術CRISPR-Cas3による哺乳動物細胞および受精卵におけるゲノム編集法の確立、およびゲノム編集動物の作製、治療モデルの開発を目的として、以下の研究を実施した。
① CRISPR-Cas3タンパク質によるDNA切断:大腸菌CRISPR-Cas3システムからタンパク質を精製して、試験管内でのDNA切断を確認した。Cas3の特異的な二本鎖DNA切断の際に、非特異的な一本鎖DNA切断が起こることを発見し、CONANと名付けた。この新しい核酸検出技術を用いて、新型コロナなど新興感染症に対する迅速診断薬の開発を行っている。
② ヒト培養細胞におけるゲノム編集:ヒト培養細胞において、CRISPR-Cas3によるゲノム編集を実施した。大腸菌CRISPR-Cas3システムから精製した高品質タンパク質を利用することでヒト細胞において高効率ゲノム編集に成功した。
③ CRISPR-Cas3システムによるゲノム編集メカニズムの解明、オフターゲット評価:Cas3タンパク質による in vitroゲノム編集を実施して、CRISPR-Cas3システムによるゲノム編集メカニズムの一端を解明した。高速原子力顕微鏡AFMによるDNA二本鎖切断の可視化に成功した。
④ CRISPR/Cas3システムによるゲノム編集モデル動物の作成:CRISPR-Cas3システムをマウス受精卵にマイクロインジェクションにより導入して、マウスTyr遺伝子ノックアウトに成功した。
以上のことから、平成30年度、令和1、2年度開始当初の研究計画に一部の変更はあったものの、おおむね順調に進展していると自己評価する。

Strategy for Future Research Activity

CRISPR-Cas3による哺乳動物細胞および受精卵におけるゲノム編集法の確立、およびゲノム編集動物の作製、治療モデルの開発を目的として、令和3年度は引き続き、以下の研究を実施する。
① CRISPR-Cas3による核酸検出法:令和1年度に発見したCRISPR-Cas3による非特異的一本鎖DNA切断技術を用いて、新型コロナ変異型やインフレエンザなど新興感染症に対する迅速診断薬の開発を継続する。
② ヒト細胞におけるゲノム編集: 大腸菌CRISPR-Cas3システムから精製した高品質タンパク質を利用して、さらなるヒト細胞における高効率ゲノム編集を実施し、オフターゲット解析による安全性の向上を検討する。
③ CRISPR-Cas3システムによるゲノム編集メカニズムの解明:Cas3タンパク質によるゲノム編集、高速原子力顕微鏡AFMによるDNA二本鎖切断の可視化、DNA修復因子の同定等を行うことで、CRISPR-Cas3によるDNA二本鎖切断およびDNA修復メカニズムを解明する。
④ CRISPR/Cas3システムによるゲノム編集モデル動物の作成:CRISPR-Cas3によるヒト疾患モデル動物の開発を実施する。CRISPR-Cas3発現マウスにおけるin vivoゲノム編集治療モデルの開発を検討する。

  • Research Products

    (31 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (19 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 12 results,  Open Access: 4 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 9 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] PHF24 is expressed in the inhibitory interneurons in rats2021

    • Author(s)
      Numakura Yuki、Uemura Risa、Tanaka Miyuu、Izawa Takeshi、Yamate Jyoji、Kuramoto Takashi、Kaneko Takehito、Mashimo Tomoji、Yamamoto Takashi、Serikawa Tadao、Kuwamura Mitsuru
    • Journal Title

      Experimental Animals

      Volume: 70 Pages: 137~143

    • DOI

      10.1538/expanim.20-0105

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Digenic mutations in ALDH2 and ADH5 impair formaldehyde clearance and cause a multisystem disorder, AMeD syndrome2020

    • Author(s)
      Oka Yasuyoshi, Hamada Motoharu, Nakazawa Yuka, Mashimo Tomoji, Kojima Seiji, Ogi Tomoo
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 6 Pages: 7197~7197

    • DOI

      10.1126/sciadv.abd7197

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genetic deletion of the 67‐kDa isoform of glutamate decarboxylase alters conditioned fear behavior in rats2020

    • Author(s)
      Fujihara Kazuyuki、Sato Takumi、Miyasaka Yoshiki、Mashimo Tomoji、Yanagawa Yuchio
    • Journal Title

      FEBS Open Bio

      Volume: 11 Pages: 340~353

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13065

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] CRISPR/Cas9-engineered Gad1 elimination in rats leads to complex behavioral changes: implications for schizophrenia2020

    • Author(s)
      Fujihara Kazuyuki、Yamada Kazuo、Ichitani Yukio、Kakizaki Toshikazu、Jiang Weiru、Miyata Shigeo、Suto Takashi、Kato Daiki、Saito Shigeru、Watanabe Masahiko、Kajita Yuki、Ohshiro Tomokazu、Mushiake Hajime、Miyasaka Yoshiki、Mashimo Tomoji、Yasuda Hiroki、Yanagawa Yuchio
    • Journal Title

      Translational Psychiatry

      Volume: 10 Pages: 426

    • DOI

      10.1038/s41398-020-01108-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Down syndrome cell adhesion molecule like-1 (DSCAML1) links the GABA system and seizure susceptibility2020

    • Author(s)
      Hayase Yoneko, Amano Shigeru, Hashizume Koichi, Tominaga Mashimo Tomoji, Serikawa, Tadao, Sekine Akihiro, Nakagawa Eiji, Takeshita Eri, Yoshikawa Takeo, Waga Chikako, Inoue Ken, Goto Yu-ichi, Nabeshima Yoichi, Ihara Nobuo, Yamakawa Kazuhiro, Taya Shinichiro, Hoshino Mikio
    • Journal Title

      Acta Neuropathologica Communications

      Volume: 8 Pages: 206

    • DOI

      10.1186/s40478-020-01082-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Photoactivatable Cre knock-in mice for spatiotemporal control of genetic engineering in vivo2020

    • Author(s)
      Yoshimi Kazuto、Yamauchi Yuko、Tanaka Takao、Shimada Toshio、Sato Moritoshi、Mashimo Tomoji
    • Journal Title

      Laboratory Investigation

      Volume: 101 Pages: 125~135

    • DOI

      10.1038/s41374-020-00482-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Aspects of Gene Therapy Products Using Current Genome-Editing Technology in Japan2020

    • Author(s)
      Yamaguchi Teruhide、Uchida Eriko、Okada Takashi、Ozawa Keiya、Onodera Masafumi、Kume Akihiro、Shimada Takashi、Takahashi Satoru、Tani Kenzaburo、Nasu Yasutomo、Mashimo Tomoji、Mizuguchi Hiroyuki、Mitani Kohnosuke、Maki Kazushige
    • Journal Title

      Human Gene Therapy

      Volume: 31 Pages: 1043~1053

    • DOI

      10.1089/hum.2020.156

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pathophysiological significance of Stim1 mutation in sympathetic response to stress and cardiovascular phenotypes in SHRSP/Izm: In vivo evaluation by creation of a novel gene knock-in rat using CRISPR/Cas92020

    • Author(s)
      Odongoo Batbayar、Ohara Hiroki、Ngarashi Davis、Kaneko Takehito、Kunihiro Yayoi、Mashimo Tomoji、Nabika Toru
    • Journal Title

      Clinical and Experimental Hypertension

      Volume: 43 Pages: 34~41

    • DOI

      10.1080/10641963.2020.1797085

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Combi-CRISPR: combination of NHEJ and HDR provides efficient and precise plasmid-based knock-ins in mice and rats2020

    • Author(s)
      Yoshimi Kazuto、Oka Yuichiro、Miyasaka Yoshiki、Kotani Yuko、Yasumura Misato、Uno Yoshihiro、Hattori Kosuke、Tanigawa Arisa、Sato Makoto、Oya Manami、Nakamura Kazuhiro、Matsushita Natsuki、Kobayashi Kazuto、Mashimo Tomoji
    • Journal Title

      Human Genetics

      Volume: 140 Pages: 277~287

    • DOI

      10.1007/s00439-020-02198-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Generation of knockout rabbits with X-linked severe combined immunodeficiency (X-SCID) using CRISPR/Cas92020

    • Author(s)
      Hashikawa Yoshiko、Hayashi Ryuhei、Tajima Masaru、Okubo Toru、Azuma Shohei、Kuwamura Mitsuru、Takai Naofumi、Osada Yasuyuki、Kunihiro Yayoi、Mashimo Tomoji、Nishida Kohji
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 9957

    • DOI

      10.1038/s41598-020-66780-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Assembly and Function of a Bioengineered Human Liver for Transplantation Generated Solely from Induced Pluripotent Stem Cells2020

    • Author(s)
      Takeishi Kazuki, Collin de l’Hortet Alexandra, Wang Yang,Mashimo Tomoji, Fox Ira J., Soto-Gutierrez Alejandro
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 31 Pages: 107711~107711

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.107711

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] LOX-1 (Lectin-Like Oxidized Low-Density Lipoprotein Receptor-1) Deletion Has Protective Effects on Stroke in the Genetic Background of Stroke-Prone Spontaneously Hypertensive Rat2020

    • Author(s)
      Liang Yi-Qiang、Kakino Akemi、Matsuzaka Yasunari、Mashimo Tomoji、Isono Masato、Akamatsu Tomohisa、Shimizu Hana、Tajima Michiko、Kaneko Takehito、Li Lei、Takeuchi Fumihiko、Sawamura Tatsuya、Kato Norihiro
    • Journal Title

      Stroke

      Volume: 51 Pages: 1835~1843

    • DOI

      10.1161/STROKEAHA.120.029421

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ゲノム編集医療-技術開発・治療応用戦略を中心に、特集コーディネーター2020

    • Author(s)
      真下 知士、吉見 一人
    • Journal Title

      遺伝子医学

      Volume: 第10巻第4号(通巻34号) Pages: 1~176

  • [Journal Article] 新規ゲノム編集ツールCRISPR-Cas32020

    • Author(s)
      真下 知士、吉見 一人
    • Journal Title

      Precision Medicine

      Volume: 3(6) Pages: 512-515

  • [Journal Article] 効率的なゲノム編集ラットの作製方法2020

    • Author(s)
      服部晃佑、吉見一人、松下夏樹、小林和人、真下知士
    • Journal Title

      マウス・ラットモデル作製・解析プロフェッショナル. あなたの研究をステップアップさせる最新・最適手技. 先端モデル動物支援プラットフォーム(AdAMS)

      Volume: - Pages: 54~63

  • [Journal Article] ゲノム編集技術CRISPR-Cas3とその遺伝子治療および診断への応用2020

    • Author(s)
      藤井智明、吉見一人、真下知士
    • Journal Title

      実験医学(増刊)新規の創薬モダリティ 細胞医療

      Volume: Vol.38, No.17 Pages: 49-54

  • [Journal Article] 高血圧関連疾患モデル動物作製の現状と展望2020

    • Author(s)
      山内祐子、真下知士
    • Journal Title

      日本臨牀増刊号「高血圧学(上)」

      Volume: 78巻 Pages: 379-384

  • [Journal Article] CRISPR-Cas3を用いた新しいゲノム編集2020

    • Author(s)
      吉見一人、真下知士
    • Journal Title

      医学のあゆみ「ゲノム編集の未来」

      Volume: Vol.273(9) Pages: 751-755

  • [Journal Article] ゲノム編集技術を用いた遺伝子改変ラットの作製2020

    • Author(s)
      宮坂佳樹、真下知士
    • Journal Title

      医学のあゆみ「ゲノム編集の未来」

      Volume: Vol.273(9) Pages: 785-794

  • [Presentation] 新規ゲノム編集技術を用いた次世代CAR-T細胞療法の開発2020

    • Author(s)
      真下知士
    • Organizer
      先端的バイオ創薬等基盤技術開発事業研究者交流会
    • Invited
  • [Presentation] ゲノム編集技術開発の現状と今後2020

    • Author(s)
      真下知士
    • Organizer
      ゲノム問題検討会議
    • Invited
  • [Presentation] 遺伝子編集が拓く疾患モデル研究のフロンティア2020

    • Author(s)
      真下知士
    • Organizer
      第56回高血圧関連疾患モデル学会学術総会、理事長企画/未病栄養シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] CRISPR-Cas3がもたらす新たなゲノム編集基盤技術2020

    • Author(s)
      真下知士
    • Organizer
      基盤技術」」千里ライフサイエンスセミナー「ゲノム編集がもたらす革新と更なる展望」
    • Invited
  • [Presentation] CRISPR-Cas3: a new tool for genome editing and nucleic acid detection2020

    • Author(s)
      Tomoji Mashimo
    • Organizer
      The 15th International Symposium of the Institute Network for Biomedical Sciences
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Rapid and accurate detection of novel coronavirus SARS-CoV-2 using CRISPR-Cas32020

    • Author(s)
      Tomoji Mashimo
    • Organizer
      A Paradigm shift in Infectious Diseases: A Virtual Conference hosted by Merck KGaA
    • Invited
  • [Presentation] New CRISPR Technology for Genome Editing2020

    • Author(s)
      Tomoji Mashimo
    • Organizer
      第84回日本循環器学会学術集会Genome editing: CRISPR, Stem cells, and Beyond
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] CRISPR-Cas3 による新しいゲノム編集2020

    • Author(s)
      真下知士
    • Organizer
      第72回日本細胞生物学会大会S10次世代型ゲノム編集技術の開発とその応用
    • Invited
  • [Presentation] 国産新規ゲノム編集技術 CRISPR-Cas32020

    • Author(s)
      真下知士
    • Organizer
      細胞・遺伝子治療―遺伝子解析のその先へー
    • Invited
  • [Remarks] 東京大学医科学研究所実験動物研究施設先進動物ゲノム研究分野

    • URL

      https://www.ims.u-tokyo.ac.jp/animal-genetics/index.html

  • [Remarks] 東京大学医科学研究所システム疾患モデル研究センター先進モデル動物作製コア

    • URL

      https://www.ims.u-tokyo.ac.jp/cemsb/public_html/index.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] Cas3タンパク質を製造する方法2021

    • Inventor(s)
      真下知士、吉見一人、竹下浩平、山本雅貴、渋村里美
    • Industrial Property Rights Holder
      東京大学、理化学研究所、C4U株式会社
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2021-31907

URL: 

Published: 2021-12-27  

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