• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2019 Fiscal Year Annual Research Report

Novel mechanisms of protein quality control mediated by the cooperation of ERp44 and zinc ions in the early secretory pathway

Research Project

Project/Area Number 18H03978
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

稲葉 謙次  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (10423039)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywordsタンパク質品質管理 / ゴルジ体 / 亜鉛トランスポーター / クライオ電子顕微鏡 / ERp44
Outline of Annual Research Achievements

2019年2月に、初期分泌経路のタンパク質品質管理を担うERp44の亜鉛依存的な構造機能制御に関する仕事をまとめNature Communicationに発表した。そこで2019年度は、初期分泌経路に存在する亜鉛トランスポーターのうち、主としてどの因子がERp44の機能を制御するのかを系統的ノックダウン実験により明らかにした。さらにER, ERGIC, シス、ミディアル、トランスゴルジのサブオルガネラにターゲッティングされる亜鉛蛍光プローブを本学の水上進教授のグループと共同で開発し、それを用いて各サブオルガネラにおける亜鉛濃度の定量、および亜鉛濃度制御を司る亜鉛トランスポーターの同定を行った。以上の結果から、亜鉛トランスポーターを介したERp44の機能制御機構の詳細が解明され、現在論文執筆を開始したところである。これら研究成果について、2019年5月にドイツで開催されたER-Redox meetingや9月に京都で開かれた亜鉛国際会議で招待講演を行った。また日本蛋白質学会や分子生物学会のシンポジウムでも招待講演を行った。
一方、もう一つの重要な課題である亜鉛トランスポーターの構造解析について、ERp44の機能制御を担う主たる亜鉛トランスポーターのX線結晶構造解析およびクライオ電子顕微鏡単粒子解析を精力的に進め、特にクライオ電子顕微鏡を用いた解析では、12Å分解能の全体構造の電子密度マップが得るに至った。現在、さらなる分解能向上を目指し、この亜鉛トランスポーターとモノクローナル抗体Fabフラグメントとの複合体の構造解析に取り組んでいる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

昨年度の第一目標として、ERp44の機能制御を担う亜鉛トランスポーターの同定、ならびに新しく開発した亜鉛蛍光プローブを用いた初期分泌経路における各サブオルガネラの亜鉛濃度定量とそれを司る亜鉛トランスポーターの同定を挙げていた。これらいずれの課題も達成したため、おおむね順調に進展していると判断した。一方、亜鉛トランスポーターの高分解能構造解析にはまだ至っていないため、当初の計画以上に進展しているとは結論できない。

Strategy for Future Research Activity

ERp44を制御する亜鉛トランスポーターの同定及び亜鉛蛍光プローブを用いた各サブオルガネラにおける亜鉛濃度定量に関する話を関連づけ、フルペーパーを発表することを最優先に置く。さらにERp44を制御する主たる亜鉛トランスポーターの高分解能構造解析に向け、現在特異的に認識するモノクローナル抗体を作製中であり、それが作製でき次第Fabフラグメント化し、亜鉛トランスポーターとの複合体を調製する。その上で、クライオ電子顕微鏡単粒子解析を主たる手法として用い、2020年度中の高分解能構造決定に全力を注ぐ。

  • Research Products

    (39 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 8 results) Book (3 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] San Rafaelle Scientific Institute(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      San Rafaelle Scientific Institute
  • [Int'l Joint Research] Academia Sinica(台湾)

    • Country Name
      その他の国・地域
    • Counterpart Institution
      Academia Sinica
  • [Journal Article] The Protein Disulfide Isomerase Family: from proteostasis to pathogenesis2020

    • Author(s)
      Matsusaki Motonori、Kanemura Shingo、Kinoshita Misaki、Lee Young-Ho、Inaba Kenji、Okumura Masaki
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1864 Pages: 129338~129338

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.04.003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis of Sarco/Endoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase 2b Regulation via Transmembrane Helix Interplay2019

    • Author(s)
      Inoue Michio、Sakuta Nanami、Watanabe Satoshi、Zhang Yuxia、Yoshikaie Kunihito、Tanaka Yoshiki、Ushioda Ryo、Kato Yukinari、Takagi Junichi、Tsukazaki Tomoya、Nagata Kazuhiro、Inaba Kenji
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 27 Pages: 1221~1230.e3

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2019.03.106

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] High-Resolution Crystal Structure of Arabidopsis FLOWERING LOCUS T Illuminates Its Phospholipid-Binding Site in Flowering2019

    • Author(s)
      Nakamura Yuki、Lin Ying-Chen、Watanabe Satoshi、Liu Yu-chi、Katsuyama Kentaro、Kanehara Kazue、Inaba Kenji
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 21 Pages: 577~586

    • DOI

      10.1016/j.isci.2019.10.045

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dynamic assembly of protein disulfide isomerase in catalysis of oxidative folding2019

    • Author(s)
      Okumura Masaki、Noi Kentaro、Kanemura Shingo、Kinoshita Misaki、Saio Tomohide、Inoue Yuichi、Hikima Takaaki、Akiyama Shuji、Ogura Teru、Inaba Kenji
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: 15 Pages: 499~509

    • DOI

      10.1038/s41589-019-0268-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coupling effects of thiol and urea-type groups for promotion of oxidative protein folding2019

    • Author(s)
      Okada Shunsuke、Matsusaki Motonori、Arai Kenta、Hidaka Yuji、Inaba Kenji、Okumura Masaki、Muraoka Takahiro
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 55 Pages: 759~762

    • DOI

      10.1039/c8cc08657e

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Molecular basis for the cooperation of ERp44 and zinc for protein quality control at the ER-Golgi interface2019

    • Author(s)
      Inaba, K.
    • Organizer
      The 14th ER & Redox Club Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular basis for the pH- and zinc-dependent protein quality control at the ER-Golgi interface2019

    • Author(s)
      Inaba, K.
    • Organizer
      Structural Biology Seminar at Weissman Institute of Science
    • Invited
  • [Presentation] Molecular basis for the pH- and zinc-dependent protein quality control at the ER-Golgi interface2019

    • Author(s)
      Inaba, K.
    • Organizer
      Structural Biology Seminar at Technical University of Munich
    • Invited
  • [Presentation] Structural basis of zinc-dependent protein quality control in the early secretory pathway2019

    • Author(s)
      Watanabe, S., Amagai, Y., Sannino, S., Yamada, M., Sitia, R. and Inaba, K.
    • Organizer
      Cell Biology of Metals, Gordon Research Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamic assembly/disassembly of Protein Disulfide Isomerase during the catalysis of oxidative protein folding2019

    • Author(s)
      M. Okumura, K. Noi, S. Kanemura, M. Kinoshita, T. Saio, Y. Inoue, T. Hikima, S. Akiyama, T. Ogura, and K. Inaba
    • Organizer
      The 14th ER & Redox Club Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Visualization of zinc in the ER and Golgi2019

    • Author(s)
      Amagai, Y., Yamada, M., Watanabe, T., Kowada, T., Naramoto, S., Watanabe, S., Kyozuka, J., Sitia, R., Mizukami, S. and Inaba, K.
    • Organizer
      The 14th ER & Redox Club Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanisms of translation-coupled oxidative folding2019

    • Author(s)
      C. Hirayama, M. Okumura, K. Machida, K. Noi, T. Ogura, H. Imataka, K. Inaba
    • Organizer
      The 14th ER & Redox Club Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Newly developed thiol-disulfide exchange agent, guanidino-thiol2019

    • Author(s)
      M. Matsusaki, S. Okada, K. Arai, Y. Hidaka, K. Inaba, T. Muraoka, and M. Okumura
    • Organizer
      The 14th ER & Redox Club Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ERp44 acquires Zinc ions at the ER-Golgi intermediate compartment via ZnT72019

    • Author(s)
      Amagai, Y., Yamada, M., Watanabe, T., Kowada, T., Naramoto, S., Watanabe, S., Kyozuka, J., Sitia, S., Mizukami, S. and Inaba, K.
    • Organizer
      The 6th Meeting of International Society for Zinc Biology
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanisms of disulfide bond formation of newly synthesized polypeptide chains in the endoplasmic reticulum2019

    • Author(s)
      S. Kanemura, M. Okumura, P.J. Robinson, N.J. Bulleid, and K. Inaba
    • Organizer
      International Symposium on Disordered Proteins, Protein Folding, and Disease-causing Aggregation
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Coupling effects of thiol and urea-type groups for promotion of oxidative folding2019

    • Author(s)
      M. Matsusaki, S. Okada, K. Inaba, T. Muraoka, and M. Okumura
    • Organizer
      International Symposium on Disordered Proteins, Protein Folding, and Disease-causing Aggregation
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Zinc ions regulate ERp44-dependent protein quality control in the early secretory pathway2019

    • Author(s)
      Inaba, K.
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • Invited
  • [Presentation] Novel protein quality control system cooperated by zinc ions and ERp44 in the early secretory pathway2019

    • Author(s)
      Inaba, K.
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 構造生物学が明らかにする細胞のタンパク質品質管理機構2019

    • Author(s)
      稲葉 謙次
    • Organizer
      第1回バイオ単分子研究会
    • Invited
  • [Presentation] 亜鉛イオンとシャペロンタンパク質ERp44による新たなタンパク質品質管理機構2019

    • Author(s)
      渡部 聡, 天貝佑太, 山田桃, Roberto Sitia, 稲葉謙次
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 亜鉛が制御する初期分泌経路のタンパク質品質管理機構2019

    • Author(s)
      天貝佑太、山田桃、渡邊朝美、小和田俊行、渡部聡、水上進、稲葉謙次
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Mechanistic basis and physiological functions of GPx7 and GPx8, newly identified PDI oxidases in the mammalian endoplasmic reticulum2019

    • Author(s)
      E.F. Sofia, S. Kanemura, H. Kadokura, M. Okumura, and K. Inaba
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] PDIファミリー酵素による新生鎖の酸化的フォールディングの触媒機構2019

    • Author(s)
      平山千尋、奥村正樹、町田幸大、野井健太郎、小椋光、今高寛晃、稲葉謙次
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 酸化的フォールディングを触媒するPDIの可視化2019

    • Author(s)
      奥村正樹、野井健太郎、金村進吾、木下岬、斉尾智英、井上裕一、引間孝明、秋山修志、小椋光、稲葉謙次
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
  • [Presentation] Understanding the mechanism by PDI family control proteostasis2019

    • Author(s)
      奥村正樹、稲葉謙次
    • Organizer
      第92回日本生化学大会
    • Invited
  • [Presentation] ZnT7 regulates ERp44 through the control of Zn2+ concentrations at the ERGIC/cis-Golgi2019

    • Author(s)
      Yuta Amagai, Momo Yamada, Tomomi Watanabe, Toshiyuki Kowada, Satoshi Naramoto, Satoshi Watanabe, Junko Kyozuka, Roberto Sitia, Shin Mizukami, Kenji Inaba
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 新生鎖の立体構造形成を補助するPDIファミリー酵素のジスルフィド結合導入機構2019

    • Author(s)
      平山千尋、町田幸大、野井健太郎、奥村正樹、小椋光、今高寛晃、稲葉謙次
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] PDIファミリーメンバーP5の新規構造と機能2019

    • Author(s)
      奥村正樹、金村進吾、松崎元紀、木下岬、荒井堅太、平山千尋、天貝佑太、門倉広、秋山修志、稲葉謙次
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ヒト細胞小胞体機能の低下を鋭敏に検出するレポーターの開発と応用2019

    • Author(s)
      八巻聡、河野憲二、稲葉謙次、門倉広
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ERdj5とBiPの共役による構造異常タンパク質中のジスルフィド結合還元機構2019

    • Author(s)
      伊藤 翔悟、井上 道雄、稲葉 謙次
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 分泌経路局在型カルシウムポンプSPCA1の機能解析2019

    • Author(s)
      橋田 丈徳、井上 道雄、稲葉 謙次
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Structural basis of Sarco/Endoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase 2b regulation via transmembrane helix interplay2019

    • Author(s)
      Zhang, Y., Inoue, M., Watanabe, S., Tsutsumi, A., Nishizawa, T., Kikkawa, M., Nagata, K. and Inaba, K.
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Book] 実験医学2020

    • Author(s)
      天貝 佑太、渡部 聡、稲葉 謙次
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      羊土社
  • [Book] 日本生化学会誌2020

    • Author(s)
      奥村 正樹、稲葉 謙次
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      日本生化学会誌
  • [Book] 月刊『細胞』2019

    • Author(s)
      奥村 正樹、稲葉 謙次
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      ニューサイエンス社
  • [Remarks] 東北大学多元物質科学研究所生体分子構造研究分野

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/inaba/html/

  • [Remarks] 東北大学生命科学研究科生体分子構造研究分野 稲葉謙次

    • URL

      https://www.lifesci.tohoku.ac.jp/research/teacher/detail.html?id=16689

URL: 

Published: 2021-01-27   Modified: 2022-08-19  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi