2022 Fiscal Year Annual Research Report
非コードRNA遺伝子をゲノムワイドに発見する汎用システム
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18H04127
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 教授 (10287427)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
佐々木 えりか 公益財団法人実験動物中央研究所, マーモセット医学生物学研究部, 部長 (70390739)
星野 敦 基礎生物学研究所, 分野横断研究ユニット, 助教 (80312205)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 非コードRNA / 遺伝子発見 / バイオインフォマティクス / 深層学習 / 腸内細菌叢 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2021年度からの研究計画として腸内細菌叢に着目し，消化管に沿った腸内細菌叢の機能的変化を解明するため，メタゲノムとメタトランスクリプトームを統合し，細菌叢未知遺伝子の予測までを行う一連の解析手法を開発し，コモンマーモセットの消化管に沿った腸内細菌叢の機能的解析に応用した．その成果を論文にまとめ，国際学術誌（mSystems誌掲載済）に掲載した．
さらに，宿主消化管に対する腸内細菌叢が与える効果を検証することを目指し，無菌コモンマーモセットの消化管部位ごとに遺伝子発現差の定量解析を行った．霊長類における腸内細菌叢の生体恒常性維持に果たす機能の解析をめざして，小型の霊長類のコモンマーモセットにおいて帝王切開から人工哺育・育成・維持までの技術を整備して無菌マーモセットを作出した．作出され性成熟に達した無菌マーモセット個体を用いて，これまでに報告のない無菌の霊長類の消化管組織の遺伝子発現の解析を実施した．結果として，発現上昇の遺伝子は主に細胞局在，生物的プロセスの調節，刺激への応答，発現低下の遺伝子は主に免疫系プロセス，多細胞生物的プロセス，代謝系プロセスに機能することがわかった．
また，昨年度までに行ったRNA-seqのデータを解析して，アサガオ花弁における経時的な遺伝子発現のデータベースを作成した．この解析に用いたtotal RNAをプールして，非コードRNAを探索するためのRNA-seq解析も行った．検出された非コードRNAについても経時的な発現レベルを算出してデータベース化した．概日リズムの解析により，24時間周期で発現変動する非コードRNAを見出した．ゲノム編集で変異導入したアサガオについて子房の発生に異常があることを確認した．
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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