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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Whole genome analysis to investigate the hybridization process between Japanese indigenous citrus and foreign derived citrus

Research Project

Project/Area Number 18K05623
Research InstitutionSaga University

Principal Investigator

永野 幸生  佐賀大学, 総合分析実験センター, 准教授 (00263038)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山本 雅史  鹿児島大学, 農水産獣医学域農学系, 教授 (00305161)
古藤田 信博  佐賀大学, 農学部, 准教授 (50355426)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywordsカンキツ / タチバナ / シークヮーサー / 日本固有 / ゲノム
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、日本固有のカンキツ及び、日本固有カンキツと海外由来カンキツの交雑の結果で生まれた栽培種について、全ゲノムリシーケンシングを実施し、日本のカンキツの歴史を知ることを目的としている。
これまで、日本固有のカンキツは、タチバナ、シークヮーサー、コウライタチバナに分けられていた。しかし、タチバナは、日本本土のものと琉球のものに大きく二つに分けられることが、全ゲノム情報から明確に分かった。より詳細な結果、有史以前に、琉球のタチバナと海外由来のマンダリンの間に交雑が起こった結果、日本本土のタチバナ、シークヮーサー、コウライタチバナが生じた可能性が示唆された。しかし、この仮説の解決のためは、台湾に自生するタチバナを解析する必要がある。
さて、主要なカンキツの品種は、ウンシュウミカン、スイートオレンジなど、マンダリンとブンタイ(いずれも、海外由来カンキツ)の交雑の結果、生じたものが多い。全ゲノム情報の主成分解析から、この「マンダリンとブンタイの交雑のために形成された連続体(主成分解析の結果、ほぼ直線になる群)」と「琉球のタチバナとマンダリンの交雑のために形成された連続体」の間に、九州・沖縄の10種類以上の在来カンキツが位置していた。これは、二つの連続体の間の交雑の結果、起こるものである。すなわち、研究の目的であった、日本固有カンキツと海外由来カンキツの交雑が、日本国内の様々なカンキツの形成に寄与していることが明確になった。
また、「マンダリンとブンタイの交雑のために形成された連続体」とユズの間に、5種類以上の日本の在来カンキツが位置していた。これらは、日本国内における、両者の間の交雑の結果、生じたものであろう。他にも、マンダリンとシトロンの交雑の結果により生じたカンキツを日本国内で見つけた。これは、同様の組み合わせのラフレモンやヒマラヤンライムとは、遺伝的由来が異なっていた。

  • Research Products

    (6 results)

All 2022 2021

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results)

  • [Journal Article] Development of Monascus purpureus monacolin K-hyperproducing mutant strains by synchrotron light irradiation and their comparative genome analysis2022

    • Author(s)
      Ketkaeo Sittichoke、Nagano Yukio、Baba Shuichiro、Kimura Kei、Futagami Taiki、Sanpamongkolchai Werasit、Kobayashi Genta、Goto Masatoshi
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 133 Pages: 362~368

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2021.11.011

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Draft Genome Sequences of Two Antimicrobial Compound-Producing Strains of <i>Bacillus</i> Species, TM-R and SY1-12022

    • Author(s)
      Ryuda Noriko、Someya Takashi、Nagano Yukio
    • Journal Title

      Microbiology Resource Announcements

      Volume: 11 Pages: 1~2

    • DOI

      10.1128/mra.01010-21

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genetic diversity and population structure of razor clam Sinonovacula constricta in Ariake Bay, Japan, revealed using RAD-Seq SNP markers2021

    • Author(s)
      Orita Ryo、Nagano Yukio、Kawamura Yoshio、Kimura Kei、Kobayashi Genta
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 1~9

    • DOI

      10.1038/s41598-021-87395-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genomic diversity of 39 samples of Pyropia species grown in Japan2021

    • Author(s)
      Nagano Yukio、Kimura Kei、Kobayashi Genta、Kawamura Yoshio
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 16 Pages: 1~22

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0252207

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Breeding sake yeast and identification of mutation patterns by synchrotron light irradiation2021

    • Author(s)
      Baba Shuichiro、Hamasaki Tomohiro、Sawada Kazutaka、Orita Ryo、Nagano Yukio、Kimura Kei、Goto Masatoshi、Kobayashi Genta
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 132 Pages: 265~270

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2021.04.013

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Potential application of simple easy-to-use insertion-deletion (InDel) markers in citrus cultivar identification2021

    • Author(s)
      Noda Takahiro、Daiou Kaoru、Mihara Takashi、Nagano Yukio
    • Journal Title

      Breeding Science

      Volume: 71 Pages: 601~608

    • DOI

      10.1270/jsbbs.21021

    • Peer Reviewed / Open Access

URL: 

Published: 2022-12-28  

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