2020 Fiscal Year Research-status Report
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18K06435
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| Research Institution | Osaka Ohtani University |
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Principal Investigator |
見坂 武彦 大阪大谷大学, 薬学部, 准教授 (80397661)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 耐性菌 / 渡り鳥 / 海鳥 / コリスチン |
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| Outline of Annual Research Achievements |
種々の抗生物質耐性菌および耐性遺伝子が渡り鳥の腸内に濃縮され、渡り鳥とともに越境移動し、その生息環境に拡散していることが示唆されている。本研究では、次世代シーケンサーを用いたメタゲノム手法と培養法を併用して、渡り鳥の糞に含まれる耐性菌の群集構造の経時的変化を調査する。同時に糞内容物についてメタバーコーディングを行うことで食性の経時的変化を調べ、日本滞在中の耐性菌群集構造と食性との関連を解析する。
令和2年度は、冬季に大阪府北部に飛来したカモ科、夏季に北海道で繁殖し冬季に本州以南に飛来するカモメ科の渡り鳥を主な対象として、糞に含まれる細菌群集を解析した。以下の知見が得られた。
1) ヒドリガモ
ヒドリガモのエサを調べるために真核生物のrbcL遺伝子をPCR法で増幅し、次世代シーケンサーを用いて網羅的に解析した。食した植物と耐性菌数、細菌群集との相関性を分析している。
2) カモメ
カモメの腸内細菌の16S rRNA遺伝子のV4領域およびエサとなる真核生物のCOI遺伝子をPCR法で増幅し、次世代シーケンサーを用いて、網羅的に解析した。その結果、5月から9月にかけて繁殖地滞在中に耐性菌が増加し、エサの種類も変化した。エサの種類と正の相関および負の相関を示す細菌の属を確認した。またエサと耐性菌の相関を分析したところ、主として昆虫と耐性菌数との間に正の相関がみられ、繁殖地滞在中に耐性菌が増加する因子として昆虫が重要であることがわかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
コロナ禍で当初の計画通りに試料採取ができず、回数が減った。採取を行った試料については、①コリスチン耐性菌の現存量の時期の違い、遺伝子型について知見を得ることができた。②エサの解析を行い、同種の鳥の個体間の違い、年度での違いについて知見を得ることができた。③細菌群集構造の同種の鳥の個体間の違い、年度での違いについて知見を得ることができた。令和3年度の研究計画につながるノウハウを蓄積することができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和2年度までに行ったフィールドでの結果をもとに、飛来する渡り鳥の腸内細菌の年度毎の違いや、地域間での違いに関する知見を検証する。カモ科、カモメ科を主な対象として糞を採取し、以下の検討を行う。①抗生物質耐性菌の現存量、種類、遺伝子型を解析する。②餌の種類の網羅的同定を行い、耐性菌との相関分析を行う。③糞に含まれる細菌群集の網羅的を行う。④①で得られた特徴的な耐性菌について、MIC測定および接合伝達実験を行い、他の細菌への耐性遺伝子の伝達や形質の変化を検討する。⑤得られたデータをもとに、渡り鳥の種間での違い、同種の鳥の個体間での違い、年度毎・地域間での違いについて検証する。GPSを用いた鳥の種類と飛行ルートなどの既知データと照合して、上記の研究結果を考察する。
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| Causes of Carryover |
コロナ禍のため、計画していた試料採取やその試料の解析が実施できなかったため、次年度使用額が生じた。
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