Analysis of chromosomal structural variations associated with increased expression of tumor growth factor-alpha in triple-negative breast cancer

2020 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 18K07320
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 50020:Tumor diagnostics and therapeutics-related
• Research Institution: National Cancer Center Japan
• Principal Investigator: Kawazu Masahito 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (20401078)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 乳がん / ロングリードシーケンサー / 全長RNAシーケンス / 染色体構造異常

Outline of Final Research Achievements

To elucidate the pathogenesis of triple-negative breast cancer （TNBC）, we performed comprehensive full-length RNA sequencing by long read sequencing using clinical specimens from 14 TNBCs and 8 estrogen receptor-positive breast cancers. We revealed a landscape of the transcriptome in breast cancer and identified subtype-specific isoforms in several genes. In particular, we found that a novel variant of TNS3, a gene involved in cytoskeletal regulation, is expressed specifically in TNBC and has implication in its pathogenesis. In addition, we discovered a novel mechanism of immune evasion in which the expression of the endogenous retroviral gene ERVFRD-1 is de-repressed as a consequence of chromosomal structural abnormalities.

Free Research Field

腫瘍生物学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ここ数年のロングリードシーケンサー技術の進歩により、がんゲノム解析研究へのロングリードシーケンサーの応用の期待が高まっている。しかしながら、そのデータ解析手法は発展途上であり、詳細なデータ解析が十分に行われていないのが現状である。本研究においては網羅的全長RNAシーケンスの解析パイプラインを開発し、それによりこれまで知られていなかったトリプルネガティブ乳がんの病態を明らかにした。本研究で示した解析の枠組みを応用することで、ロングリードシーケンサーによるがんゲノム研究が推進されることが期待される。