2018 Fiscal Year Research-status Report
A fundamental study for construction of bile duct cancer early diagnosis method by DNA methylation analysis.
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18K07326
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| Research Institution | Kagoshima University |
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Principal Investigator |
横山 勢也 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 助教 (20569941)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
谷本 昭英 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 教授 (10217151)
東 美智代 鹿児島大学, 医歯学域附属病院, 准教授 (60315405)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 胆管癌 / DNA methyaltion / 次世代シークエンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
がん細胞株においてエピジェネティクスによるがん遺伝子・がん抑制遺伝子の発現制御が明らかにされてきた．近年においては，様々なヒト組織において発がん過程におけるがん遺伝子・がん抑制遺伝子の発現とエピジェネティクスの関係が報告されている．また当該研究室におけるこれまでの研究において，膵臓癌正常組織におけるムチン遺伝子のメチル化とその予後との相関関係を明らかにしてきた．くわえてメチル化情報を用いた予後予測システムの開発を行っている．
そこで，胆管組織検体・胆汁液検体において，がん遺伝子であるムチン分子ファミリーの発現と，DNAメチル化の関係性を明らかにできれば，希少性の高い難治がんである，胆管癌の早期発見に向けた臨床応用が可能になると考えられる．
本研究計画においては，ムチン遺伝子（３遺伝子），がん抑制遺伝子（４遺伝子），がん遺伝子（７遺伝子）の計14遺伝子の２０領域を標的とし，手術時摘出組織検体や細胞診余剰検体，胆汁膵液などの体液検体などの臨床検体を用いた解析を企画している．そこで本年度は，標的遺伝子のメチル化解析を次世代シークエンサー（ＮＧＳ）により行い，その数値化を図ることを目的とし，ＮＧＳ用解析パネルの開発を行った．現在，がん細胞株を用いた解析パネルの評価，ならびに解析ソフトウエアの構築を行っている．また，胆管癌組織検体よりDNAの抽出を順次行っており，そのクオリティーチェックを行っている．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
特に問題なく当初の予定通り進捗している．
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| Strategy for Future Research Activity |
開発したNGS用パネルを用いて各種遺伝子のメチル化状況を測定する．加えて，正常・胆管腫瘍の悪性度の異なる各病型・前癌病変・胆管癌の各ステージにおける，各ムチン遺伝子のメチル化指数・発現量解析結果を用いて，ロジスティック回帰やCox回帰を活用しつつ，さらに機械学習手法のアイデアも取り入れてより強力な判別システムを開発する．予後や再発・治療の奏功性においても同様の解析を行い，胆管癌におけるリスクマーカーとしての有用性を評価する．
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| Causes of Carryover |
概ね消化している
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