2018 Fiscal Year Research-status Report
脳動脈瘤における血管疾患感受性遺伝子RNF213のレアバリアント関連解析
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18K08953
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| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
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Principal Investigator |
糟谷 英俊 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (50169455)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
広田 健吾 東京女子医科大学, 医学部, 助教 (10532690)
恩田 英明 東京女子医科大学, 医学部, 非常勤講師 (60185692)
赤川 浩之 東京女子医科大学, 医学部, 准教授 (60398807)
米山 琢 東京女子医科大学, 医学部, 講師 (90318105)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | aneurysm / genetics |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年、もやもや病をはじめとした種々の血管疾患との関連が注目されているRNF213遺伝子のレアバリアントが脳動脈瘤とも関連していることが報告され（Zhouら. Am J Hum Genet. 2016）、我々の保有する多数の日本人脳動脈瘤患者を用いてこれを検証する準備を進めてきた。コストを抑えながら、できるだけ多数の検体を解析できるよう、以下の如く我々の先行研究のデータや知見を活用することとした。まず対照データについては、当施設のもやもや病の患者対照研究（Motekiら. J Am Heart Assoc. 2015）で使用した対照190例のデータを使用することとした。全例、もやもや病のみならず脳動脈瘤も存在しないことを頭部画像検査で確認してある良質な対照サンプルである。RNF213遺伝子の全エクソンのうちおよそ半数でサンガー法によるターゲットリシーケンスが完了していたため、本年度は残りのエクソンについてサンガー法によるターゲットリシーケンスを実施し、対照データの整備を行った。このデータに、1000人ゲノムデータベースの日本人104人（JPTパネル、http://www.internationalgenome.org/）のデータを加えて、合計294例の対照データとする。一方、患者のターゲットリシーケンスはIon PGMシーケンサー（Thermo Fisher Scientific）による次世代シーケンシングにて行うが、マルチプレックスPCR法によるターゲットの濃縮では、試薬のコストが大きく大規模な患者の解析が難しい。そこで、これも先行のもやもや病研究で利用した長鎖PCR法により行うこととした。産物を物理的に破砕してライブラリーとすることにより、マルチプレックスPCR法よりも安価に多数の検体を処理することが可能となる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
対照データの整備がほぼ完了し、また患者のターゲットリシーケンシングの実験条件の検討を行った。
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| Strategy for Future Research Activity |
今年度に策定した実験プロトコールに則り、次年度より患者群の次世代シーケンシングを実施していく。
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| Causes of Carryover |
対照データを整備するにあたり、多量のキャピラリーシーケンシングを実施した。またこのビッグデータを解析するための環境の整備も必要であった。
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